目前牛奶加工的主要方法是超高溫瞬間殺菌，可以快速殺滅細菌，破壞細菌分泌的水解酶。雖然細菌被殺死後不會復活，但失活的水解酶在儲存過程中可能會慢慢恢復原來的蛋白質結構。壹旦它們重新浮出水面，牛奶中的蛋白質就會水解成肽，而有些肽是苦的，這就是形成苦奶的原因。
從苦奶的成因來看，這種袋裝奶不會對健康產生明顯影響，因為肽對人體無害，可以正常消化吸收，消費者不必過於擔心。但由於此類產品嚴重影響口感，應盡量避免。