20世紀80年代，附近的村民開始修復這座寺廟。2002年，該寺現任住持石慈光與其他四人心意相同。他翻修了舊臥佛堂，重修了山門、寮房、齋堂，投資80多萬元修建了佛禪堂(後殿)，使道場初具規模，恢復了佛教活動。
修復和重建:
改革開放以來，隨著黨和國家宗教政策的全面落實，古老的長安歸元寺迎來了新生。特別是自2002年邀請上慈夏光大師主持歸元寺以來，歸元寺發展迅速。
至今，歸元寺先後修復了三門、天王廟、地藏館、方丈室、五觀堂、廖芳，修繕了臥佛堂，修建了歸元寺讀經堂。？