該局在包河區、瑤海區、肥東縣、肥西縣設有4個地方海事所(港航管理處)，在所轄通航水域設有塘溪、石口、板橋、六合、三河、豐樂、新河7個地方海事所(港航管理處)。安徽省南淝河板橋段有壹個交通安全檢查站。局內設有部門:紀委監察室、法規教育處、安監處、船舶船員處、香港空管處、運輸管理處、船檢處、工會、組織人事部、辦公室、財務部、審計部、離退休工作部。
轄區水路總裏程326公裏，其中通航裏程130公裏。主要通航河流有南淝河及其支流、店埠河、排河、豐樂河等。船只通過巢湖進入玉溪河可以到達大海。
合肥港擁有碼頭31個，岸線長4107米，泊位113個，貨場面積25萬平方米，年綜合吞吐量1088萬噸。