1，成本高:不完全電商需要維護線下實體店、物流配送服務，需要投入更多的人力、物力、財力，成本高。
2.營銷效果難以衡量:由於不完全電商存在線下門店和渠道，銷售渠道多樣化，難以準確衡量營銷效果，追蹤買家來源和行為。
3.交易風險增加:不完全電子商務的線下交易會增加交易的風險和不確定性，如物流配送過程中的貨物丟失、假冒偽劣產品等。
4.信息不對稱:在不完全電子商務中，由於線下門店和線上平臺之間的信息不對稱，以及銷售人員的主觀態度，消費者很難獲得準確的產品信息和服務信息，容易出現信息不對稱。
5.用戶體驗差:在不完全的電子商務中，由於線下實體店、物流配送流程的存在，用戶的購買流程可能會比較繁瑣，用戶體驗可能會比較差。