但並非所有涉密系統都是安全等級高的計算機信息系統；並非所有的高安全性計算機信息系統都是機密信息系統。
例如，壹些企業的計算機信息系統采用了許多安全技術和管理措施來保護其商業秘密，達到了很高的安全級別，但由於沒有涉及國家秘密的信息，因此不能視為保密信息系統；但有壹些黨政機關的涉密網絡，範圍很小，只有壹個或幾個房間的幾臺電腦聯網，采取相對封閉的物理安全措施，與外界物理隔離。雖然沒有采用更多的安全技術，系統的安全級別也不是很高，但是由於管理嚴格，安全可控，系統中運行的是國家秘密信息，所以這些系統屬於涉密信息系統。