因地制宜選擇抗病品種。苗期前徹底處理病稻草，消除越冬菌源。施足基肥，巧施追肥，灌溉以深水轉綠，淺水分蘗，太陽拔節，後期淺水為原則。添加矽肥能有效降低發病率。
(2)種子處理。
播種前用40%多菌靈可濕性粉劑、70%甲基硫菌靈可濕性粉劑、50%稻凈乳油、40%異丙唑乳油浸種。早稻用1000倍藥液浸種48-72小時，晚稻用500倍藥液浸種24小時。
(3)田間噴灑藥物。
苗枯病發生在2 ~ 3葉期，6%稻靈防治1次。移栽時，用25% EC 1500倍液或20%三環唑EC 750倍液浸種3小時，可有效防治稻瘟病。當水稻植株上部三片葉的病葉率達到3%時，及時施藥。為防止穗瘟，第壹次施藥應在斷穗至始穗期進行，然後根據天氣情況在齊穗期進行第二次施藥。20%三環唑可濕性粉劑，或40%稻瘟靈EC，或40%克溫散EC，每畝75 ~ 100g，或50%稻瘟靈EC，每畝100 ~ 150g。