1.位置:福州汽車南站位於福州南部，靠近福州南站，福州市中心；福州汽車北站位於福州北部，靠近福州火車北站和福州郊區。
2.車次和目的地:由於位置的不同，福州汽車南站和福州汽車北站的車次和目的地也有所不同。總的來說，福州汽車南站的客運班車更多服務於福州市內及周邊地區，而福州汽車北站則更多提供前往福建省內其他城市和鄉村的長途客運班車。
3.設施和規模:福州汽車南站和汽車北站的設施和規模也不壹樣。福州汽車南站作為地鐵站、火車站附近的交通樞紐，規模比較大，候車室、售票窗口等服務設施較多。福州汽車北站規模比較小，設施簡單。
需要註意的是，以上是壹般差異，具體車次和目的地可能會有變化。如有具體需求，建議查詢相關交通信息或撥打客運站電話咨詢。