中國駐日本使領館:由於哈爾濱沒有日本駐華使領館，想辦理日本簽證的公民在官網、中國駐日本使領館下載並填寫申請表，準備好申請所需的材料並繳納相應的簽證費用，然後向哈爾濱出入境管理局提交申請，該局位於哈爾濱市道裏區恭城街2號。
為了提高簽發效率，日本使領館簡化了簽發手續，規定除外交簽證外，其他簽證均由駐日使領館指定的機構代理，旅遊簽證由指定的旅行社代理，不接受個人申請。申請日本簽證時，只需將具體資料發送給代辦機構，不必親自去使領館排隊申請。中國國際旅行社和中國青年旅行社都可以辦理。