深圳市國家稅務局成立於9月28日，1994。根據國家分稅制改革的安排，原深圳市稅務局分為“深圳市國家稅務局”和“深圳市地方稅務局”。深圳市國家稅務局(以下簡稱“深圳市國稅局”)是深圳市主管國稅工作的職能部門，是正廳級全功能局。
1994年9月28日，根據中央部署，原深圳市稅務局分為“深圳市國家稅務局”和“深圳市地方稅務局”。經過歷次機構改革，深圳市國家稅務局目前共有16個行政處(室)、4個直屬機構、5個事業單位，設9個正局級全職能地區局。即羅湖區局、福田區局、南山區局、鹽田區局、寶安區局、龍崗區局、光明新區局、坪山新區局、蛇口國稅局。寶安、龍崗區局11非全功能稅務局。除鹽田區局、光明新區局、坪山新區局外，其余6個區局均設有副處級稽查局。