1.內設機構較多:雲南省生態環境科學院環境經濟研究中心有高原湖泊研究中心(洱海研究中心)、生態環境保護研究中心、大氣環境保護研究中心等11科研部門，以及院辦公室、院黨委辦公室、院計劃財務部三個管理部門。
2.科研平臺眾多:雲南省生態環境科學院環境經濟研究中心擁有10個科技創新平臺和學術委員會，雲南省環境標準委員會和國家科技學術期刊《環境科學指南》，包括雲南省高原湖泊流域汙染過程與管理重點實驗室、雲南省重金屬汙染控制工程技術研究中心、雲南省生態環境智庫等。