上海海事大學水運經濟研究所經交通部批準正式成立。設有港口與物流經濟、國際航運與管理現代化三個研究室和航運信息咨詢部,並設有“技術經濟與管理”碩士學位。
上海海事大學航海科學研究所屬於商船學院航海領域的科學研究和學科建設基地。目前有許多研究人員,包括正教授、船長、副教授、計算機和軟件工程師等專業人員,能夠保質保量地完成各種預定的科技任務。