教育中心前身是建於20世紀60年代+0950年代的“政府實驗農場”，1986關閉。1987香港政府在附近劃出24公頃土地作為香蕉坑專用地，並獲得國際獅子會基金會(L.C.I.F)捐款20萬美元興建。2月27日，1991，由國際獅子會主席林子幸·比爾·比格斯和漁農處處長李希雨博士共同奠基。同年6月8日，時任港督的大衛·威爾森爵士為它揭幕。
由漁農自然護理署管理的獅子會自然教育中心，為學校、公營及私營機構和市民大眾舉辦各種自然教育、野外研究和康樂活動，協助保護香港的自然環境。