研究院本部外有四個實驗基地,分別是眉山高速水流實驗室、淮河工程實驗基地、新馬橋農業水實驗站、五道溝水文水資源實驗站。經省科技廳批準,農業用水實驗站和水文水資源實驗站被列為“安徽省水資源重點實驗室”。還有安徽省建設工程質量檢驗監督站、安徽省水利工程質量檢測中心站、淮河流域水工程質量檢測中心、安徽省大禹工程建設監理咨詢部、安徽省水利廳大壩安全檢測中心、安徽省水利科技推廣服務中心等檢驗監督機構。