原子力顯微鏡的研究對象可以是有機固體、聚合物、生物大分子等。樣品的載體選擇範圍很廣，包括雲母、玻璃、石墨、拋光矽片、二氧化矽和壹些生物膜，其中新剝離的雲母是最常用的，主要是因為它非常平整，容易處理。拋光矽片，最好用濃硫酸和30%過氧化氫的7∶3混合物，在90℃下蒸煮65438±0h。電氣性能測試需要具有良好導電性的載體，如石墨或鍍金屬基板。
樣品的厚度，包括樣品臺的厚度，最大為10 mm。如果樣品太重，有時會影響掃描儀的動作。請不要放走重樣品。樣品的尺寸不大於樣品臺的尺寸(直徑20 mm)。稍微大壹點沒關系，但是最大值是40 mm左右。如果測量固定不當，可能會導致位移。請在測量前將其固定。