中心設有沈積與能源研究室、青藏高原地質研究室、礦產資源室、水文地質環境地質室、技術方法室、分析測試中心六個業務室。分析測試中心通過國家計量認證,擁有掃描電鏡、電子探針、原子吸收光譜儀、陰極發光顯微鏡、光譜儀、數字旋轉磁力儀等大型設備和巖礦分析測試技術手段。沈積盆地與流體動力學開放實驗室是部級重點實驗室。公開出版的地球科學雜誌包括《沈積作用》和《特提斯地質學》(季刊)。