核心區為禁止開發區，中間區為限制開發區，偏遠區為適度開發區。第四條電磁波靜默區環境保護實行科學管理、保障安全、保護資源、促進發展的原則。第五條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地縣級人民政府應當加強對電磁波寧靜區環境保護和管理的領導，建立綜合協調管理機制和應急管理機制，編制國土空間、環境保護和發展規劃，所需經費納入同級財政預算。第六條自治州人民政府和電磁波靜默區所在地的縣級人民政府應當按照有關規定，做好電磁波靜默區內科學研究、科普、考察、參觀、文化、旅遊等活動的組織管理工作。
電磁波靜默區所在地的縣級人民政府負責在電磁波靜默區的重要交通節點設置警示、引導、遊客須知等標誌。第七條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地的縣級人民政府應當做好與射電望遠鏡相關的網絡信息安全工作。第八條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地的縣級人民政府科學技術行政部門負責電磁波寧靜區的環境保護和管理工作。
射電望遠鏡電磁環境保障的有關部門和單位應當按照各自職責做好電磁波寧靜區的環境保護和管理工作。第九條省無線電主管部門派駐國家無線電管理機構承擔電磁靜區電磁環境保護的具體工作。第十條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地的縣級人民政府應當加強電磁波寧靜區環境保護的宣傳工作。
每年的9月25日是自治州的天文科普日。第十壹條公民、法人和其他組織有保護電磁靜區環境的義務，並有權對違反本條例規定的行為進行監督、勸阻和舉報。
對環境保護做出突出貢獻的單位和個人，由自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地的縣級人民政府給予獎勵。第十二條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地縣級人民政府應當加強對電磁波寧靜區植被、水體、地貌的保護，組織制定和實施電磁波寧靜區地質災害防治規劃和氣象災害防治規劃，建立森林防火聯防機制，加強消防基礎設施建設。
核心區為森林防火常年禁火區，中偏遠地區為重點防火區。第十三條地方公益林和核心區林權所有者申請商品林補償參照國家公益林管理，不足的補助資金由當地縣級人民政府承擔。第十四條電磁波靜默區所在地縣級人民政府應當將核心區內15度以上坡度的耕地納入退耕還林規劃並組織實施。第十五條核心區禁止下列行為:
(壹)建設對射電望遠鏡或者輻射無線電波的設施的電磁環境有影響的項目；
(二)采伐、狩獵、開墾、焚燒以及其他破壞環境的活動；
(三)傾倒、遺撒或者堆放固體廢物；
(四)法律法規規定的其他行為。第十六條建設對電磁環境有影響的項目，在中間區域安裝使用無線電臺或者建設輻射無線電波的設施，應當符合射電望遠鏡電磁環境保護要求；項目建設單位必須征求射電望遠鏡管理單位的意見，並征得省人民政府無線電主管部門同意。未經同意，項目審批單位不得批準。第十七條在邊遠地區設置、使用無線電臺或者建設發射無線電波的設施，應當進行電磁兼容分析和論證。演示對射電望遠鏡正常工作有影響的，不得架設、使用、建設；重大項目建設，項目建設單位應當征求省人民政府無線電主管部門的意見。第十八條在中、偏遠地區新建項目的審批，由州人民政府按照電磁波靜默區的相關保護要求進行，重大項目的審批按照有關規定執行。第十九條自治州人民政府和電磁波寧靜區所在地的縣級人民政府有關部門應當做好電磁波寧靜區的檢查和調查工作。