做出重大行政決策，應當遵循科學決策、民主決策、依法決策的原則，適應經濟社會發展和全面深化改革的要求，保證人民群眾通過多種渠道和形式參與決策，保證決策內容符合法律、法規和規章。
在進行重大行政決策時，要堅持決策質量和效率並重，避免形式主義，根據決策事項的具體情況，正確履行相關程序。第五條決策機關辦公廳(室)負責推進、指導、協調、監督本行政區域的重大行政決策工作和決策機關與重大行政決策相關的日常工作，履行下列職責:
(壹)指導下級行政機關的重大行政決策工作；
(二)研究起草決策事項目錄和標準；
(三)辦理決策事項的建議、發起、討論和調整；
(四)研究擬定向決策機關提交決策草案的材料清單；
(五)研究起草對下級行政機關重大行政決策的監督措施，經決策機關批準後組織實施；
(六)研究制定決策咨詢論證專家庫管理制度，負責專家庫的建立和運行管理；
(七)決策機關規定的其他職責。第六條公民、法人和其他組織有權對行政機關的重大行政決策工作進行監督，並提出批評和建議。第二章決策草案的形成第七條決策機關指定有關單位對決策事項建議進行研究論證的，應當明確完成時限。
負責調研論證的單位應當在規定期限內形成調研論證報告，提出是否啟動決策程序的建議及其理由和依據。第八條決策機關決定啟動決策程序，可以通過通知、領導批示等方式做出。第九條決策單位準備決策草案的時間，壹般不超過三個月；因特殊情況不能在三個月內完成的，應當向決策機關說明理由，提出需要延長的期限。第十條決策承辦單位在起草決策草案時，應當書面征求決策機關所屬部門、下級人民政府以及決策事項涉及的其他單位的意見。
存在較大分歧的，決策承辦單位應當與相關單位充分協商；協商不能達成壹致意見的，可以報請決策機關領導協調，形成處理意見。第十壹條決策單位對決策事項進行成本效益分析和預測，應當掌握綜合信息，運用科學方法，做出客觀結論，並形成分析預測報告。分析預測報告應當包括基本信息和來源、分析預測方法和過程、分析預測結論及其對決策事項的影響。第十二條決策事項與企業生產經營密切相關，決策承辦單位應當通過召開座談會、書面征求意見等方式，充分聽取相關企業和行業組織的意見。第十三條決策事項向社會公開征求意見的，決策承辦單位應當公開說明公眾意見的采納情況。第十四條決策事項聽證會應當公開舉行，允許旁聽和新聞報道，但依法不公開的除外。第十五條決策承辦單位舉行聽證會，應當形成聽證報告。
聽證報告應當包括聽證會的基本情況、聽證參加人的主要意見、意見采納情況及理由。第十六條決策承辦單位可以從高等院校、科研機構、社會團體、管理部門等單位中選擇專家和專業機構組織專家論證。第十七條參加論證的專家應當包括行業專家和法律專家，以行業專家為主。
參與論證的行業專家和專業機構的專業特長應當與決策事項相壹致，在本專業領域具有壹定的權威性和代表性。
決策事項涉及多個專業領域的，應當選擇相應專業領域的專家和專業機構參與論證。第十八條決策承辦單位應當對專家意見進行匯總分析，並形成專家論證報告。
專家論證報告應當包括參與論證的專家和專業機構的基本情況、論證的方法和過程、專家意見、意見采納情況及理由等。第十九條開展風險評估，應當重點評估決策實施在社會穩定、生態環境、金融、公共安全等方面的風險。