負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作。負責信息、宣傳、政務公開、信訪、安全保密、辦公自動化等工作。負責監督各辦公室落實委員會領導交辦的決定或事項。負責本系統的外事管理。負責機關及下屬單位的財務和國有資產監管。
經濟體制綜合改革司(綜合計劃辦公室綜合改革司)
研究經濟體制改革的重大問題，提出政策建議，指導推進和綜合協調經濟體制改革。組織編制經濟體制改革中長期和年度計劃，組織制定綜合性經濟體制改革規劃，參與制定專項經濟體制改革規劃並協調實施。指導經濟體制改革試點和試驗區改革。協調解決經濟體制改革過程中的重大問題。
統籌改革試點辦公室
協調推進改革總體方案；負責統籌城鄉綜合改革試點工作；負責審查和協調城鄉重點項目；協調和促進城鄉之間的國際合作。
統籌改革信息辦公室
率先推進統籌城鄉改革監督考核；負責對外宣傳和信息工作；負責統籌城鄉綜合改革培訓工作；協調和促進城鄉部門和城市之間的合作；參與統籌指導和協調區縣統籌城鄉改革試驗。
國民經濟綜合司
綜合分析市內外經濟形勢，對經濟社會發展進行監測、預測和預警。開展宏觀調控政策評估，提出宏觀調控的目標、手段和政策建議。組織經濟社會發展重大戰略研究，開展重大問題調查研究，提出政策建議。組織制定國民經濟和社會發展年度計劃。負責科學發展評價。
發展規劃部(西區辦事處)
提出國民經濟和社會中長期發展戰略和生產力布局的建議。提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策。組織制定國民經濟和社會發展規劃、主體功能區規劃和區域規劃，並對實施情況進行監測和評價。提出城市化戰略和政策措施。協調經濟社會發展專項規劃。指導和協調區縣(自治縣)國民經濟和社會發展規劃。完善規劃體系，推進規劃體制改革。
政策法規司
組織經濟社會發展重大政策研究。編制立法規劃和年度計劃，組織起草相關法律、法規和規範性文件。組織審查其他法律法規草案和即將發布的文件中的相關條款，並提出修改意見。承擔機關規範性文件合法性審查工作。制定系統的普法計劃，組織法制宣傳教育。負責行政執法監督。承辦相關的行政復議和行政訴訟。
地區經濟辦公室(重慶區縣經濟發展辦公室、重慶以工代賑辦公室)
研究提出區域經濟發展政策。指導區縣(自治縣)處理經濟社會發展重大問題並提出建議。協調推進“壹圈兩翼”對口幫扶工作。制定以工代賑和易地扶貧搬遷計劃，並協調組織實施。協調實施主體功能區規劃。提出三峽庫區產業發展基金安排意見，參與貧困地區、少數民族地區和三峽庫區發展重大問題研究，參與編制移民工作規劃和地質災害防治中長期規劃。參與開發區的設立審批和政策協調。參與制定土地利用和礦產資源開發利用政策。
固定資產投資辦公室(重慶市重大項目前期工作辦公室)
監測和分析全社會固定資產投資情況，制定投資總規模和投資結構的調控目標、政策和措施。負責編制政府投資中長期規劃和年度計劃，負責年度財政建設資金的安排和平衡。負責權限內或限額以上投資項目的審批(核準)。負責重點建設項目的預算審查。參與建築工程定額標準的制定。會同有關部門制定建設、房地產、軌道交通、市政設施、保障性住房等發展規劃和政策措施。按權限審核上報市政設施、港口設施、軌道交通、政法單位和黨政群項目。起草固定資產投資管理相關法律法規，提出深化投資體制改革、修訂投資核準目錄的建議。引導工程咨詢業發展。
資金平衡辦公室(重慶市重點建設資金籌集辦公室)
研究分析全社會資金平衡情況。分析財稅政策和貨幣政策的執行情況並提出建議。研究融資體制改革，提出政策建議。協調金融、保險、證券發展與國民經濟和社會發展規劃和計劃。負責提出政府投資中長期資金平衡計劃、重大融資計劃和貸款貼息計劃。負責市重點建設項目的名單建議、資金籌集和綜合管理，提出直接融資的發展戰略和政策建議，負責公司債券的發行和監管，牽頭推進產業投資基金、創業投資等股權融資的發展和制度建設，負責創業投資企業的備案管理。
招標管理辦公室(重慶市招標管理辦公室)
指導、協調和綜合監督招標工作。組織制定綜合性招標政策和必須招標項目的具體範圍和規模標準。指定全市招標公告的發布媒體，監督招標公告的發布。批準必須進行招標的規模以上基本建設項目和技術改造項目的招標方式，以及國家出資項目的招標範圍。建立和管理綜合評標專家庫。監督檢查重大建設項目和政府投資項目的招標投標活動。調查和處理有關招標投標活動的投訴和舉報。
利用外資和海外投資司(引進國(境)智力工作辦公室)
組織制定利用外資和境外投資的發展戰略、規劃、總量平衡和結構優化目標及政策。承擔全口徑外債總量控制、結構優化和監測。組織起草(修訂)外商投資產業指導目錄。審查和上報利用外資和境外投資的重大項目。負責外資項目進口設備的免稅確認。指導和監督國外貸款資金的使用。對使用國際金融組織貸款、外國政府貸款和國際商業貸款的項目進行指導和監督。參與城市基礎設施和公用事業項目融資、BOT等利用外資項目的審批。參與引進國外(海外)智力。
經濟合作辦公室
綜合研究區域經濟合作和利用國內資本的重大問題。組織制定區域經濟合作和利用國內資本的發展戰略、規劃、計劃和政策。組織協調區域經濟合作，指導區縣(自治縣)開展毗鄰經濟合作。承擔投資項目的宏觀管理和協調工作，協調推進重大投資項目和國內項目的統計工作。對外發布投資信息，會同有關部門組織重大項目推介和投資洽談活動，承擔投資促進政策宣傳和咨詢服務。
農村經濟區劃
綜合分析農業和農村經濟發展趨勢。組織制定農村經濟發展戰略、規劃、計劃和政策。農業、林業、水利、氣象等專項規劃的總體規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃相銜接平衡。提出農業、林業、水利、氣象重大項目布局建議，按權限審核上報重大項目，並協調組織實施。綜合平衡農林水利氣象工程建設資金。
工業部門
產業發展重大問題綜合分析。組織制定產業發展戰略、規劃、年度計劃和政策措施。產業發展總體規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃相銜接平衡。提出推進產業結構調整的重大思路和政策措施，組織協調重大生產力布局和重大產業基地建設，按權限審批和上報產業投資項目。協調重大技術裝備的推廣應用。協調重要礦產資源的開發利用。
高新技術產業處(重慶市高新技術產業化工作辦公室)
綜合分析高新技術產業和產業技術的發展趨勢，組織制定高新技術產業和產業技術進步的發展戰略、規劃、計劃和政策。協調信息化發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃的融合與平衡。組織實施重大高新技術產業化示範工程，推進高新技術產業化。組織制定信息產業發展戰略和規劃，銜接平衡電子信息制造業、電信和郵政業的規劃和政策，監測分析信息產業經濟運行情況。組織編制和實施國家高技術產業化示範工程、重大技術裝備研制、重大產業關鍵技術開發、信息化、重大科技基礎設施、工程研究中心、工程實驗室等發展規劃。促進國民經濟新興產業的形成。協調推進產業投融資體系建設。組織制定和實施市高新技術產業發展項目計劃。參與國民經濟和社會發展計劃中科技投入的綜合平衡，組織推進自主創新基礎能力規劃和建設。
經貿流通處
綜合分析服務業和現代物流業發展中的重大問題，組織制定服務業和現代物流業發展戰略、規劃、計劃和政策。提出服務業和現代物流業重大項目布局建議，按權限審核上報重大項目，並協調組織實施。編制並監督實施重要商品總量、重要生產資料平衡和政府儲備計劃，組織糧棉等重要商品進口配額的申報和實施，提出調控政策。監測和分析國內外市場和對外貿易運行情況，提出擴大城鄉居民消費、促進對外貿易發展的政策措施。分析和監測市場價格運行情況，監測價格總水平，參與價格調控。承擔重慶市現代物流業聯席會議辦公室和重慶市服務業聯席會議辦公室的具體工作。
能源部門
綜合分析能源發展、節能和能源發展的重大戰略問題，制定能源發展的中長期和年度規劃和政策並組織實施。組織起草相關能源法律法規和能源體制改革方案。預測和平衡總的能源供求。開展區域能源戰略合作。按照規定權限審批和審核重大能源投資項目，安排財政建設資金。參與協調能源產品價格的調整和實施。指導可再生能源和新能源的開發利用，能源行業的節能和資源綜合利用，能源科技進步。協調實施重大能源示範項目。指導和協調農村能源發展。協調能源發展和改革中的重大問題。承擔市電力發展領導小組辦公室和市核電項目工作協調小組辦公室的具體工作。
通信辦公室
綜合分析綜合運輸發展中的重大問題。參與制定綜合交通發展戰略、規劃、計劃和政策。負責協調綜合交通發展規劃與國民經濟和社會發展計劃之間的整合與平衡。提出鐵路、公路、水運、民航、城市公共交通等重大項目布局建議，按權限審核上報重大項目，並協調組織實施。綜合平衡交通項目建設資金。承擔市鐵路建設領導小組辦公室和市民航建設發展領導小組辦公室的具體工作。
社會發展司
綜合研究協調社會事業發展和改革中的重大問題。組織制定社會發展戰略、規劃、年度計劃和政策。協調人口和計劃生育、文化、廣播電視、新聞出版、教育、衛生、體育、民政、旅遊、就業和社會保障等發展規劃、計劃和政策與國民經濟和社會發展規劃、計劃和政策的銜接和平衡。提出重大社會發展項目布局建議，綜合平衡社會發展項目建設資金。按權限審核上報重大項目，並協調組織實施。研究提出促進就業、調節收入分配、促進社會保障與經濟協調發展的政策建議。
資源、環境和氣候變化應對部
綜合分析經濟、社會、資源、環境協調發展的重大問題。組織制定生態建設、節能減排、資源綜合利用、發展循環經濟和應對氣候變化的戰略、規劃、計劃和政策。參與環境保護規劃的編制。提出重大項目布局和財政資金安排建議，按權限審批(核準)，上報相關項目並協調組織實施。負責氣候變化工作的綜合協調和指導。協調環保產業和清潔生產推廣。協調節能減排新產品、新技術、新設備的推廣應用。組織節能減排和應對氣候變化的國際交流與合作。
人事處
承擔機關及下屬單位的機構設置、人事管理和隊伍建設。負責幹部培訓、統戰和僑務工作。
經濟動員辦公室(重慶市國防動員委員會經濟動員辦公室)
組織制定國民經濟動員規劃和計劃；研究國民經濟動員與國民經濟和國防建設的關系，協調相關重大問題；組織實施國民經濟動員的有關工作；統籌國民經濟平戰轉換能力建設。
重大項目稽察特派員辦公室(重慶市重大項目稽察特派員辦公室)
組織對重大建設項目的檢查；跟蹤檢查國家投資政策法規在相關行業和區縣(自治縣)的落實情況；組織對財政建設資金投資安排的執行情況進行監督檢查；對違規行為，按有關規定提出處理意見。
石油和天然氣辦公室
主要負責貫徹國家油氣戰略意圖、決策、部署和政策，研究提出重慶煉油、乙烯煉化壹體化項目和產業發展的重大問題和措施，做好與中國石油集團在重慶油氣項目的銜接工作。
黨委
負責機關及下屬單位的黨群工作。
退休人員辦公室
負責機關退休人員的管理和服務，指導下屬單位退休人員的管理工作。