負責文電、會議、機要、機要、檔案、信息、督查、保密等機關的日常運行，承擔政府信息和新聞發布工作，起草重要文稿。
(2)戰略規劃和經濟司。
組織起草並監督實施海洋發展戰略、海洋事業發展、海洋主體功能區等規劃，推動完善海洋事務統籌規劃和綜合協調機制，掌握和分析海洋經濟發展形勢和存在的問題，提出完善體制機制和工作的建議。承擔國家海洋委員會辦公室的日常工作。
(3)政策法律事務和島嶼權益部。
組織起草法律、法規和規章。組織海島自然資源調查評價，組織建立海島統計調查制度和管理信息系統，發布海島統計調查公報，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理無居民海島使用行政許可，並承擔相應責任。承擔規範性文件合法性審核，承擔行政執法監督、行政復議和行政訴訟。
(4)海警署(海警指揮部，中國海警局指揮中心)。
組織起草海洋維權執法制度和措施，制定執法規範和程序，承擔統壹指揮調度海警隊伍開展海洋維權執法活動的具體工作，組織編制和實施海警業務建設規劃和計劃，組織海警隊伍業務培訓。
(5)生態環境保護司。
掌握和分析海洋生態環境保護的形勢和存在的問題，提出完善體制機制和工作的建議，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海洋環境保護行政許可，並承擔相應責任。依法監督陸源汙染物排海，組織起草海洋自然保護區和特別保護區管理制度和技術規範並監督實施，完善海洋生態補償制度，組織海洋生物多樣性保護，組織實施重大海洋生態修復工程。
(6)海事綜合管理司。
掌握和分析海域使用情況、存在的問題並提出完善體制機制和工作的建議，嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海域使用行政許可並承擔相應責任。組織起草海域使用政策和技術規範，承擔海域動態監測，組織劃定海岸線和沿海省區界線。
(7)預報減災司。
組織起草海洋觀測、預報和評估管理辦法並監督實施，構建海洋環境安全保障體系。推動建立海洋防災減災體制機制，組織編制海洋災害應急預案，指導協調地方海洋防災減災工作，參與重大海洋災害應急處置。
(8)科技司。
組織起草海洋科技發展規劃、技術標準、計量、標準化和實施監督，組織海洋基礎調查、綜合調查、專項調查和海洋科技研究應用，推進海水利用和海洋可再生能源開發利用，承擔海洋領域數字海洋建設和衛星應用的相關工作。
國際合作司(港澳臺辦公室)。
組織海洋領域的國際交流與合作，以及與港澳臺的交流與合作。嚴格按照法律法規規定的條件和程序辦理海洋涉外科研行政許可並承擔相應責任。參與涉外海洋事務的談判和磋商，組織實施有關國際海洋公約、條約和協定。
(10)人事部(水警政治部)。
承擔機關及直屬單位人事管理、機構編制、教育培訓工作，擬定海洋人才隊伍建設規劃和政策。組織起草海警部隊黨的組織建設和幹部隊伍建設的政策法規，指導思想政治工作的開展，承擔海警部隊幹部的考核和任免工作。
財務裝備部(水警後勤裝備部)。
承辦機關及直屬單位預決算、財務和國有資產管理工作。擬訂並組織實施海警部隊基礎設施、裝備和後勤建設的規劃和計劃，制定經費、物資、裝備的標準和管理制度，組織裝備物資采購。
機關黨委。負責機關及直屬單位黨群工作。
老幹部局。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。國家海洋局極地考察辦公室
中國大洋礦產資源研究開發協會辦公室
國家海洋局研究所辦公室
國家海洋局北海分局
國家海洋局東海分局
國家海洋局南海分局
國家海洋信息中心
國家海洋環境監測中心
國家海洋環境預報中心
國家衛星海洋應用中心
國家海洋技術中心
國家海洋標準測量中心
中國極地研究所
國家深海基地管理中心
國家海洋局第壹海洋研究所
國家海洋局第二海洋研究所
國家海洋局第三海洋研究所
國家海洋局海水淡化與綜合利用研究所
國家海洋局海洋發展戰略研究所
國家海洋局海洋咨詢中心
國家海洋局宣傳教育中心
海洋出版社
中國海洋報社
國家海洋減災服務局
國家海洋局機關服務中心