茅山道教的起源:相傳上古時期，帝嚳高辛的展演在曲曲山伏龍地(今茅山鎮陳余)修行，距今近五千年；郭嗣超，周燕人，也曾在陳余寺修煉，後被封為太尉寶光真人。先秦時期，李明居住在古代煉丹院(今甘源寺)，丹井至今仍存。漢朝時，陜西鹹陽的毛氏三兄弟(茅穎、毛古、毛中)在曲曲山下(今夏波宮)修道行善。東晉時，茅山人葛洪在茅山抱樸峰修煉，寫成《抱樸子》，是道教宗教哲學和原始化學煉丹術的重要著作。葛洪是漢魏以來道家學說的集大成者，後人稱但丁學派。他的《抱樸子內篇》為神仙道教構建了較為完整的理論框架，為南北朝道教的成熟準備了條件。
上清派的誕生與興盛:東晉興寧二年(364)，楊、、等人在道道士魏等神仙的教導下，撰寫了《上清大洞真經》(後由王靈祁修訂，流傳於世)，在茅山建立了壹個新的道教派別——上清派。南朝齊梁陶弘景隱居茅山四十余年。他收集了楊、的手跡和其他門派的重要法門，編纂了《真誥》，編纂了《升真秘笈》，編纂了《真靈位圖》，使上清派的教義、教法和神仙譜系更加完備。陶弘景是上清派的主要傳承人。因為茅山是山，所以又叫茅山派或茅山派。茅山道教以三兄弟為開山祖師，尊魏為第壹代道士，尊楊為第壹代道士。唐宋時期是茅山道教的鼎盛時期，深受朝廷推崇。李朝自稱是道教創始人老子李二的後人。宋真宗還創造了“天書”，還原了道教“聖父降臨”的神話，以神權鞏固皇權。宋徽宗自稱是“道君皇帝，這壹派的領袖”。在宋哲宗，道教很有名，道士們直接給皇帝寫信，由皇帝授予他。朝廷給茅山道士壹個稱號，天都，壹個碑文，壹個寶藏，建了壹座宮廟，發展到250多處。茅山道教遍布全國，並傳播到海外。淳祐九年(1249)，宋理宗禦書《上清宗壇》置於傅園萬寧宮“宗壇殿”。
《三山》左夫歸右壹:宋理宗嘉熙三年(1239)，張克達，第三十五代石天，掌管三山(龍虎山、茅山、格竈山)左夫。到了元代，原本與江南並行的石天、上清、靈寶等道教流派逐漸融合，匯成以福永為主的正統學派。此後，茅山成為正壹派主導的道場，但其教義譜系仍按上青派流傳。
全真派的傳入與發展:北方全真派傳入茅山，其史籍記載於明朝嘉靖、萬歷年間(1522~1619)。嚴希言活在甘源的視野中，傳播了“邱祖甫詞岔派”。明末，沈昌靖(號太和)，龍門派第七代傳人，晚年也住在茅山。清康熙二年(1663)，全真龍門派第七代律師王常月率詹壽春、邵壽山在茅山講經。全真龍門派第八任創始人、清代順治進士笪重光，因仕途艱難而隱退於甘源視野，自稱余剛掃葉道士。
由於他們的推動，全鎮的龍門教派迅速在陳余寺、德佑寺、仁佑寺、白雲寺傳播開來。於是，茅山形成了“五觀”傳道理，“三宮”傳道理的局面，壹直持續到1949。茅山五觀都是真的，但門派也略有不同。甘源和仁佑的觀點傳播了龍門和燕祖教的全部真理，白雲、陳余和德佑的觀點傳播了龍門的全部真理。
近代的曲折發展；
1928年，國民政府頒布《神社存廢標準》，對道教采取限制政策，規定道教“不是好宗教”，“應予廢除”。
1937年冬，侵華日軍入侵句容，橫行茅山，殺人放火燒道觀，褻瀆神靈。22名道士被殺，血跡斑斑。有著千年道統的茅山道教瀕臨滅亡。
1938年6月，新四軍進入茅山，建立了以茅山為中心的蘇南抗日根據地。茅山道教人士積極參與抗日救亡的洪流。抗戰勝利後，小九萬福宮易雲道院住持滕銳誌、學監白玉泉和道士孫在江蘇大茅山發起組織了壹次道教改組會議，以復興茅山道教。
1949年4月23日，金壇解放。蘇南行政公署派張儀到茅山組織道士研究時事政治，闡明宗教信仰自由政策。茅山三宮五觀並入茅山道院。
1954年，公道士當選為句容縣人民代表，同年當選為江蘇省政協委員。從1961調入北京市中國道教協會，歷任中國道教協會副會長、秘書長、會長，政協委員、常委。文革期間，茅山道觀又經歷了壹次浩劫，神像被砸，道士被下放，經書被燒，大量文物字畫流失。十壹屆三中全會後，實行宗教信仰自由政策，恢復開放了九宮和傅園宮。
1993年8月，甘源概念正式對外開放。此後，茅山道院傳播了正教，甘源觀為昆道培育了道場，並傳播到全真龍派。
茅山道教幾經劫難，大量具有珍貴文化藝術價值的文物被毀。鼎盛時期，257座寺廟和寺院中的大部分已經沒有了蹤跡，只能在歷史記載中找到。例如，歷史悠久的崇西萬壽宮於1966年被建成靳東水庫，宮殿遺址被完全淹沒。其他大大小小的道觀，在抗日戰爭中被燒毀，只剩下壹片廢墟，或者在新中國成立後被拆掉改作他用。希望人們能意識到保護道教文物的迫切性。