(1)辦公室。協助局領導處理和協調機關日常政務工作；負責內部規章制度建設，組織實施年度工作目標責任制；負責文秘、機要、監察、檔案、保密、政府信息公開、政府信息公開工作；組織辦理建議、提案、答復和來信來訪；負責辦公自動化和信息網絡建設；負責機關行政事務和服務中心工作；承擔省海洋經濟工作領導小組辦公室的日常工作。
(2)政策法規司。組織制定海洋與漁業發展戰略和政策；擬訂海洋與漁業行政(行業)管理法制建設規劃，起草地方性法規草案；指導漁業經濟體制改革；負責海洋與漁業行政執法監督、行政復議和行政訴訟；負責全省海洋與漁業執法人員的培訓；負責本機關規範性文件的合法性審核；負責海洋與漁業政策法規咨詢和普法宣傳教育。
(3)計劃財務部。組織制定海洋與漁業發展中長期規劃和計劃並監督實施；編制部門預算和決算，監督管理預算執行和專項資金、資本項目；負責海洋經濟和漁業經濟運行的統計(核算)、分析和評價；負責局機關財務和國有資產管理，監督和指導直屬事業單位財務、政府采購和內部審計工作；負責非稅收入的征收和管理；監督管理減輕漁民負擔工作；負責局機關企事業單位的改制工作。
(4)科技對外經濟關系司。負責海洋與漁業科技管理工作；負責科技下鄉工作；指導省級科研院所建設；組織實施水產技術推廣；組織制定和實施近海漁業發展規劃和計劃，負責近海漁業產業和開發項目管理，協調處理近海涉外事件；負責海洋與漁業標準化體系建設，制定海洋資源管理和漁業的技術標準、法規、規範和方法，以及地方海洋環境質量標準；負責漁業機械化和節能工作；組織全省海洋與漁業之間以及與香港、澳門特別行政區和臺灣省的經濟技術交流與合作，負責有關外事和國外智力引進工作。
(5)海洋利用規劃司。負責海洋事務的綜合協調；組織制定全省海洋功能區劃、海洋主體功能區規劃、海岸帶保護和利用規劃、海島保護和利用規劃並監督實施；負責海洋、海島和海岸資源的調查；組織海域界線的劃定和管理；負責無居民海島的使用和管理；參與海洋、島嶼和沿海地區重大項目的審計和監督；協調海洋部門和行業的海洋開發活動；引導新興海洋產業發展；負責漁港規劃建設管理，並承擔省標準漁港建設協調小組辦公室的日常工作。
(6)海事管理處。組織制定海域使用規劃和計劃並監督實施；組織實施海域使用許可制度和海域有償使用制度；負責管轄海域海底電纜、管道的勘測、鋪設，海上人工構築物的安裝和海礦、海砂開采的監督管理；負責海域登記調查、海域使用權登記和海域使用統計；組織實施海域使用權市場監管和相關糾紛的調查處理。
(7)環境部。組織制定並監督實施全省海洋與漁業水域環境保護和整治規劃和計劃；監督管理海洋與漁業水域環境的調查、監測、監視和評價；匯編和出版海洋環境信息；建設和管理海洋環境監測和監視網絡，會同有關部門制定汙染物排放入海標準和總量控制制度，監督陸源汙染物排放入海；承擔海洋工程建設項目、海洋傾倒及其他開發利用活動對海洋和漁業水域環境汙染的防治；審查新建、改建、擴建海岸工程的環境影響報告書；組織海洋和漁業水域汙染事故的監測和調查；監督海洋生物多樣性，監督管理海洋自然保護區和特別保護區。
(八)水產部門(掛水產品質量安全監督管理部門牌子)。組織制定全省漁業發展專項規劃和計劃並監督實施；指導漁業產業結構調整和產業化，負責水產養殖、養殖、加工、市場流通、新興漁業等產業政策的實施；負責初級水產品質量安全監督管理；組織實施水生動植物防疫檢疫工作，負責水產養殖疫病防控網絡體系的建設和管理；組織實施水產養殖證制度；指導水產品原(好)種體系建設；組織實施水產種苗生產許可證制度，辦理水產種苗進出口審批；負責新水產品的審核。
(9)漁政漁政監督所(稱浙江省漁政管理局)。組織制定並監督實施全省漁業資源保護和管理規劃和計劃；負責實施捕撈強度控制方案和捕撈許可證、專項(特許)證書制度；負責落實保護區、禁漁區、禁漁期和禁漁期制度；監督管理水生生物保護區；負責漁業資源、水生生物濕地、水生野生動物和水產種質資源的保護，組織實施漁業資源增殖；負責漁港和漁船安全生產的監督管理；參與海事、漁業糾紛的調查處理。
⑽防災減災司。組織制定海洋災害風險區劃和海洋防災規劃並監督實施；承擔海洋觀測、預報和評估的管理工作；組織編制和實施防災減災專項應急預案；指導全省海洋觀測預報網絡的建設和管理；負責海洋預報預警，發布海洋和漁業災害信息；組織協調突發事件的應急指揮和處置；指導開展海洋與漁業自然災害影響評估；組織實施海洋與漁業防災減災體系建設；配合海上搜救工作；組織實施海洋領域應對氣候變化工作；承擔省海洋災害應急指揮部辦公室的職責，並負責指揮部的日常工作。
(十壹)人事部門(離退休幹部及其辦公室)。組織制定並監督實施全省海洋與漁業人才隊伍建設規劃；負責機構編制、人事、勞動工資、出國政審等工作。局機關及直屬單位；負責局機關和指導直屬單位退休人員的管理和服務工作；負責本系統專業技術人員的管理和行業技能鑒定；協助有關部門做好漁民技術職稱評定工作；指導實施幹部職工專業人才培訓、交流和教育。
直屬機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。