(1)辦公室
負責文電、會議、機要文件、檔案等政務工作；承擔重要文稿、信息、信訪、安全保密、政府信息公開、建議和提案辦理等工作；承辦重要事項的組織和監督；負責局機關的綜合協調、日常管理和服務保障；承擔水行政審批和行政許可的集中受理。負責水利信息化建設和管理。
(2)計劃部
組織編制全市水利中長期發展規劃和年度計劃草案並監督實施；審查城市規劃和年度計劃規模內與水有關的固定資產投資項目，負責組織水項目規劃的前期工作；參與水價管理和改革；承擔水務綜合統計工作；指導區、縣(市)水務綜合規劃；指導和管理全市水利經濟工作；負責水利行業的經濟調節工作。
(3)施工管理辦公室
承擔全市水工程建設的管理責任；擬訂水工程建設管理的政策、法規、規範和標準並監督實施；指導全市水務工程建設；監督管理水利建設市場；指導全市水工程質量監督工作；組織審批水利基礎設施項目初步設計文件；負責水工程招標投標的行政監督管理；依法承擔水工程建設管理的行政許可工作；組織重大水項目的技術審查和驗收評估；參與水利和血防工作。
(4)水資源管理辦公室
承擔城鄉水資源供需平衡、環境用水和水電資源管理的職責；負責節約用水；擬訂全市計劃用水發展規劃和年度計劃，擬定水量分配和調度計劃並組織實施；負責水功能區的劃分和水汙染容量的核定，提出限制排汙總量的意見；指導全市水質監測工作，監測轄區內水域的數量和質量；監督水源保護；發放取水許可證；負責礦泉水和地熱水的管理；負責組織編制和監督全市水環境管理規劃，定期發布水資源公報；協調水文工作。
(5)供水管理處
負責全市城市供水行業管理、行業特許經營管理，負責農村居民用水、農村飲水安全工程、村莊供水；參與全市城鄉供水價格核算的論證；按照權限對城市公共供水企業(包括自建設施對外供水企業)進行資質審查；負責進入城市供水系統(含二次供水設施)的飲用水衛生安全監督管理；協調城市建設中供水管網和自來水廠的改建、擴建和建設；指導和監督全市城鄉供水行業的服務質量和安全生產；會同有關部門調整水價。
(6)水汙染控制部門
承擔全市城鄉排水、汙水處理、再生水和再生水利用的行業管理職責；編制全市城鄉排水、汙水處理、再生水和再生水利用的發展規劃和年度計劃；參與排水管網建設規劃；審核湖泊、水庫、河流排汙口的設置、改建和擴建；審批全市城市排水許可證；監督管理公共排水、汙水處理、中水和中水利用設施的維護和安全運行；指導排水行業的水質檢驗工作；指導汙水處理費的征收管理。
(7)水利水電管理處(水土保持處)
負責編制全市農田水利建設發展規劃和年度計劃草案並組織實施；組織、指導和協調灌溉用水、農田水利設施管理和農業節水；負責基層水利管理單位的監督管理；負責水利工程的運行和管理；配合有關部門指導地方水電站和涉水電網管理工作；貫徹執行本市有關水土保持的法律法規；承擔全市水土流失綜合防治工作；組織編制全市水土保持規劃草案並監督實施；承擔全市水土流失的監測和管理責任；負責市政開發建設項目水土保持方案的審批和設施的竣工驗收；審查開發建設項目水土保持方案並監督實施；負責水土保持補償費的征收。
(8)信息管理辦公室
指導全市水利信息化和水利信息資源管理工作，組織編制全市水利信息化和水利信息資源管理規劃和技術標準，並監督實施；負責全市水務信息系統的建設、運行和維護，開展信息成果的交流、推廣和信息技術培訓；負責水信息資源的整合、分析和服務，負責水信息的發布和宣傳；負責水務局門戶網站的管理。
(九)河道堤防(砂)管理處
負責河道工程建設項目的評估、審批；負責河道采砂許可證的發放和河道采砂管理費的征收；牽頭組織全市水域範圍內砂石資源的開發、利用和保護；組織和指導全市水工程劃界工作；參與全市河道管理範圍內建設項目的評估、審批和河道行政許可；組織和指導河流、水庫、湖泊、灘塗的管理和開發；負責堤防工程管理，承擔市轄區防洪堤堤頂、堤臺的公路審批工作；承擔全市河湖(包括城市水體、人工水道、行洪區、蓄滯洪區)的管理責任；組織和指導水域及其海岸線的管理和保護。
(10)總工程師辦公室
負責局系統的技術管理；組織重大工程項目的方案審查和復雜技術問題的專家咨詢；參與工程事故的分析、鑒定和處理；負責本市水利系統的科技工作；組織重大水利科學研究、技術引進和推廣；指導總體系統技術資料和業務文件的整理，負責各類技術審批文件的審核；指導和參與全市水利規劃研究工作。
(十壹)法規與安全監管司(應急管理辦公室)
組織起草本市水務方面的地方性法規草案和政府規章草案；對本部門制定的規範性文件進行合法性審查；擬訂全市水務工作政策和法制建設規劃草案；負責本部門行政執法人員的管理、監督、考核和證件管理；負責本部門的行政執法工作；負責局機關系統的普法工作；承擔水務行業安全生產工作和水工程安全監管，組織或參與重大水上安全事故的調查處理；承擔市水務局應急管理辦公室的日常工作。
(12)財務審計局
負責編制局機關系統基金收支計劃和局機關部門預算，組織指導局機關下屬單位預算編制；管理各種水專項資金；負責支出、會計核算、財務管理、國有資產監督管理，指導局機關及下屬單位財務管理和國有資產監督管理工作；承擔局機關的審計工作，指導下屬單位；配合相關部門開展專項審計和檢查；負責市水務行業相關費用的使用和管理。
(十三)人事教育司
負責局機關直屬單位的組織、人事管理、教育培訓、隊伍建設、宣傳、黨群統戰、精神文明建設等工作；領導績效考核的組織和協調工作；負責水行業協會和學會的管理；負責水系統的職業教育和技術培訓及專業技術職務評審工作；承辦對外科技交流與合作；指導水行業知識產權保護工作。
(十四)機關黨委
負責局機關黨群工作和離退休人員管理工作。
(15)紀檢監察室
協助局黨委做好黨風廉政建設和反腐敗工作；負責行使上級紀檢部門規定的職能；負責全市水利系統反腐倡廉工作，組織反腐倡廉學習教育活動；制定各種反腐倡廉措施；負責監督招投標、工程建設、水利建設資金及重大事項；
(16)團委
1，負責起草共青團組織的各項制度和規定，並監督基層組織執行；
2、負責基層組織、幹部和黨員的統計工作；
3、負責發展會員，團體卡的發放、登記、更換；
4、負責組織關系的轉移和團籍管理，團費的收取；
5、負責組織團校、團幹在職培訓、掛職鍛煉、理論研討等培訓工作；
6、負責組織考評工作，包括團委工作考評、團支部工作水平考評、優秀學生幹部評選等；
7、負責先進集體和先進個人的材料，並及時向上級匯報；
8.了解和掌握基層組織工作；
9、開展宣傳工作，指導下級組織協助同級黨組織做好積極分子工作；
10，審核積極分子入黨材料，推薦優秀團員作為黨的發展對象；
11.完成領導交辦的其他任務。