在那個風雨飄搖、土匪橫行的年代，學校屢遭洗劫，教學遭殃，但學校仍能在破壞中生存，在困難中茁壯成長，造就了王大策、程紹齋、盧星煥、胡、李伯英等壹批熱心而有影響的優秀教育家，為阜陽的建設和發展培養了大批有用人才。
1948年8月，阜陽解放。黨和政府十分關心教育和學校的建設與發展。1949年春，富陽縣中學、省四中、潁州女子中學聯合成為富陽聯合中學，初高中18個班。1951年春，聯合中學更名為富陽中學。後富陽中學分高中和初中。高中是阜陽壹中；初中仍在原校址，是“安徽省阜陽市第壹初級中學”。班級擴大到18個班。1958，招收高中班，學校命名為“阜陽三中”。學校在黨的領導下，貫徹德智體全面發展的教育方針，全面提高教學質量，取得優異成績，被評為全國紅旗單位。王瑞青校長代表學校赴京參加全國文教會。
1975，學校正式命名為“阜陽三中”。
十壹屆三中全會以來，阜陽三中全面貫徹黨的教育方針，堅持“三個面向”的辦學方向，狠抓校園建設和質量管理，教學質量迅速提高。1979被確定為阜陽地區第壹批重點中學。1996年1月，學校劃入行政區域調整後的地級市阜陽市，成為阜陽市直屬中學。
2002年2月，阜陽三中組建了新的學校領導班子。會長王濤，副會長劉穆斯林和阿朝民；設有辦公室、教導處、教研室、政教處、招生辦、總務處、工會、團委、保衛科等辦公室。學校現有56個教學班，在校學生3860人，教職工214人，其中特級教師2人，高級中學教師48人，壹級中學教師72人，省級教學之星5人，市級教學之星8人，國家級骨幹教師培訓3人，省級骨幹教師培訓8人。學校師資結構合理，師資力量雄厚，為三中教育質量的持續提升構築了堅實的基礎。
阜陽三中占地62畝(41，000平方米)，已初步實現三區合理布局。東校區為教學區，建築面積25000平方米。有教學樓、實驗樓、科技樓(在建)、綜合圖書館樓。有4個計算機房，5個多媒體教室，10理、化、生物實驗室，3個閱覽室，2個美術室，2個音樂室。學生生活區有壹棟1080床位的學生公寓，壹棟1700平米的學生食堂，將於今年年底竣工使用。西院東區為體育活動區，有300米6跑道塑膠操場、三個籃球場和壹個排球場，還有乒乓球、單雙杠等健身活動區。教師生活區共有7棟職工宿舍，建築面積約13000平方米。
多年來，阜陽三中堅持正確的育人方向，堅持以教學為中心，全面實施素質教育，提高教育育人質量，辦學效益顯著。自上世紀90年代末以來，高考升學率逐年上升。2000年本科生309人，其中158人，增長率為51.5%。2001，本科336人，其中重點178人，增幅8.7%。2002年本科405人，其中213，增長率20.5%。清營中學中考成績顯著，年年阜城第壹。優秀的教學質量鍛造了優質學校的品牌。
阜陽三中秉承百年名校的校風和求實進取的精神，憑借雄厚的師資力量和科學細致的管理，培育了自己的辦學優勢，成為全市有影響力的著名中學。其優勢在於:壹、“優秀的人文傳統”。百年的歷史和豐厚的文化積澱，鍛造了三民的優良傳統——生活嚴謹，教學嚴謹，考試嚴格；二是“顯性教學品牌”。教育整體優秀，文科成為三中的優勢品牌；質與量的統壹模式鑄就了清營中學的“初中名牌”；第三是“優秀教師”。依托“國家現代教育技術實驗學校”的優勢，我們經歷了壹支掌握現代教育技術和先進教育理念的骨幹教師隊伍，成長了壹批府城“名師”；四是“高質量的教研成果”，形成了良好的科研氛圍，使三中的教研成果壹直處於全市前列；五是“優越的地理條件”。三中位於老城區，是府城傳統文化發達地區。外部環境良好，交通便利，生活便利，是府城西部唯壹壹所高中。這些都為辦好學校，吸引生源提供了有利的地理條件。
阜陽三中的前身青英書院是阜城知名的文化傳播搖籃。學校前面是三福街，後面是宮媛街，東面是古老的購物中心。古文化環境豐富，造就了阜陽三中濃郁的文化底蘊和鮮明的文科優勢。1992年，包以優異的成績獲得阜城高考文科狀元稱號。1999，曉寒以優異的成績獲得阜陽市文科狀元稱號。近十年高考，市文科生前十名阜陽三中榜上有名，文科生綜合排名壹直在全市前三。阜陽三中既發揮文科優勢，又註重理科教育的發展。近年來，理科進入全國重點大學的學生比例也逐年快速增長。學校還為培養學生的特長提供優越的環境，註重挖掘學生的潛在能力，培養了壹批有特長的優秀學生。2002年高考，李和翟以優異的成績分別考入中央音樂學院鋼琴系和上海戲劇學院表演系。在“龍的傳人”全國演講比賽中，潘燕華獲得三等獎，並作為獲獎代表前往韶山參觀毛澤東同誌故居。謝在全國青少年“熱愛祖國，做四有新人”讀書活動中獲得壹等獎。他出席了在人民大會堂舉行的頒獎典禮，並受到陳和其他領導同誌的親切接見。在全國青少年“熱愛中國，立誌成才”愛國讀書演講活動中，張莉獲得特等獎，在人民大會堂出席頒獎儀式，受到雷潔瓊等國家領導人親切接見。
因其特色鮮明、成績顯著，學校被授予“全國中學實踐教育先進學校”、“全國百家電化教育示範學校”、“全國現代教育技術實驗學校”、“全國青少年閱讀活動先進學校”、“安徽省新課程改革實驗學校”、“安徽省宣傳系統先進單位”、“阜陽市愛國主義教育示範學校”、“阜陽市研究性學習實驗學校”。
根據黨的十六大精神，阜陽三中新校領導班子全面貫徹黨的教育方針，堅持教育創新的要求，根據阜陽市“十五”教育發展規劃和學校實際情況，確定了阜陽三中新的工作思路和五年發展規劃。
阜陽三中堅持“以人為本、自主發展”的辦學理念，遵循“以德建校、依法治校、科研強校、創新興校”的辦學方針，確定了“建設精品學校、追求特色、辦好優質學校”的發展目標。學校制定了分兩步走的五年發展規劃。前三年發展的核心是夯實辦學基礎，實施“321”計劃。即三項工程:校園建設基礎工程、教學管理標準化工程、隊伍建設集中工程；三促進:用繼續教育促進教師教育觀念的更新和轉變，用科研促進教學，促進科研成果向教育質量轉化；中心目標是創建省級示範高中。後兩年發展的核心是實施精品工程，揚長避短，抓精品，創名牌，辦特色。
目前，阜陽三中正加快舊校改造，加強教學管理，全面推進素質教育，以“和諧、進取、實事求是、創新”的精神，圍繞“全面發展、突出特長、開發潛能、完善人格”的培養目標，不斷譜寫嶄新的育人篇章。