(2)政策法規司
組織研究經濟社會發展和改革開放的重大問題；組織起草有關地方性法規和政府規章草案；承擔本委員會重要規範性文件的合法性審核工作；負責聽證、行政復議、應訴和國家賠償；組織普法系統的發展和改革；參與制定非公有制經濟發展政策；指導和協調招標工作；督辦NPC代表和CPPCC委員的提案。
(3)發展規劃辦公室
提出國民經濟和社會發展戰略，規劃生產力布局，制定國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策；組織編制國民經濟和社會中長期發展規劃、主體功能區規劃，並對規劃實施情況進行監測和評估；制定推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；協調經濟社會發展專項規劃和區域規劃；參與重大項目前期工作，參與重大項目安排，負責重大項目與規劃的銜接和協調；負責國內建設項目進口技術設備免稅確認的審批和辦理。
(4)綜合辦公室
監測、分析和研究宏觀經濟形勢，對宏觀經濟和社會發展進行預測和預警；負責經濟運行分析；研究總量平衡，綜合運用各種經濟手段和政策，提出宏觀調控目標和建議；組織制定國民經濟和社會發展年度計劃；制定和協調重要物資儲備計劃；負責新聞宣傳工作。
(5)宏觀經濟調節辦公室
提出重要商品平衡年度總量目標和相關政策建議，監測經濟運行情況並提出相關政策建議；協調解決經濟運行中的重大問題，組織全社會重要物資的緊急調度；參與應對重大突發事件，提出安排重要應急物資儲備和動用政府物資儲備的建議。
(6)經濟體制綜合改革司
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題，指導推進和綜合協調經濟體制改革；組織制定綜合性經濟體制改革方案；參與有關方面制定的特殊經濟體制改革方案的研究和銜接，協調推進特殊經濟體制改革；指導經濟體制改革試點和改革試驗區的工作；協調解決經濟體制改革過程中的重大問題。
(7)固定資產投資辦公室
監測和分析全社會固定資產投資形勢，制定全社會固定資產投資總規模和投資結構的調控目標、政策和措施；起草固定資產投資管理的地方性法規草案；提出深化投資體制改革和修訂《雲南省投資核準目錄》的建議；提出省級財政建設資金安排計劃建議，均衡安排省級財政建設資金計劃；負責安排省級機關、城市基礎設施、保障性住房和廉租房建設投資計劃；指導固定資產投資項目前期工作，安排前期工作經費；參與金融合作項目的組織和篩選，參與投資項目融資方案的制定；指導工程咨詢業發展和項目後評價；負責組織實施省級預算內投資的公益性項目建設；指導實施公益性項目代建制。
(八)利用外資和海外投資司
綜合分析利用外資和境外投資形勢，制定利用外資和境外投資發展戰略、規劃和政策，協調解決重大問題；編制利用外資和境外投資的長期和年度計劃；協助招商引資；負責港口建設項目的審批。
(9)區域經濟辦公室
組織編制區域經濟發展規劃和重點流域綜合治理規劃；參與制定土地利用規劃、水資源平衡和節約規劃、生態建設和環境整治規劃；組織實施主體功能區規劃；提出區域經濟發展和土地改良、開發、利用、保護的政策建議；負責制定重點流域綜合治理規劃、“老、小、邊、窮”地區經濟發展規劃和以工代賑、易地扶貧開發規劃；審批重點流域綜合治理規劃項目；組織編制土地利用規劃和基礎測繪規劃，參與防震減災協調工作；負責雲南省“興邊富民工程”領導小組辦公室的具體工作。
(10)西部開發部
組織協調國家西部大開發戰略、規劃和政策的實施；組織制定雲南省實施國家西部大開發戰略的規劃；負責退耕還林還草的綜合協調和年度計劃的編制，鞏固成果；提出建立和完善生態補償機制的建議並落實相關工作；擬定促進基本公共服務均等化的政策措施並協調實施；承辦中央支持雲南民族地區發展的相關工作；組織實施西部人才開發工程；負責貧困縣小額貸款貼息和西部開發稅收優惠；負責雲南省西部大開發領導小組辦公室的具體工作。
(Xi)農村經濟司
綜合分析農業和農村經濟發展情況，協調農業和農村經濟發展的重大問題；提出農村經濟發展的戰略、體制改革和有關政策建議，銜接和平衡農業、林業、水利、氣象、畜牧、水產、農墾的發展規劃、計劃和政策；制定農業基本建設投資計劃，安排下達省級預算內基本建設資金，審批安排農業基礎設施重大建設項目並協調實施。
(12)基礎工業司
協調能源交通發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃的銜接與平衡；負責組織編制綜合交通運輸體系規劃，牽頭建立綜合交通運輸體系協調機制；綜合分析能源和交通運行情況，協調重大問題，提出相關政策建議；安排和下達省級預算內基本建設資金，按照規定權限審批有關項目。
(13)工業協調辦公室
綜合分析工業和服務業發展中的重大問題，組織制定綜合性產業政策，研究提出綜合性政策建議；協調工業和服務業發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；會同有關部門制定服務業發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
(14)高技術產業司
負責高新技術產業發展的規劃、指導、協調和服務；綜合分析高技術產業和產業技術發展趨勢，組織制定高技術產業發展和產業技術進步的戰略、規劃、重大政策和重點發展領域指導目錄；協調推進高新技術產業發展的重大示範工程，申報並協調實施國家高新技術產業基地、國家重大產業化示範工程、國家重大產業關鍵技術開發、國家工程研究中心、國家工程實驗室、國家企業技術中心等發展規劃；協調實施省級重大產業關鍵技術開發和省級高新技術產業化示範項目計劃；組織推進產業技術創新能力和產學研建設，協調實施省級工程研究中心和工程實驗室建設項目計劃；協調信息化發展規劃與國民經濟和社會發展規劃和計劃；促進國民經濟新興產業的形成。
(十五)資源節約和環境保護廳(氣候變化廳、雲南省節能減排領導小組辦公室)
綜合分析經濟、社會、資源、環境協調發展中的重大戰略問題，促進可持續發展；組織制定並協調實施能源資源節約、綜合利用和發展循環經濟的規劃和政策措施；研究提出環境保護政策建議，參與環境保護規劃的編制，組織制定促進環保產業發展和推行清潔生產的規劃和政策；提出資源節約和環境保護、城鎮汙水和垃圾處理等相關領域的省級財政貼息資金和補助資金，以及相關領域節能與綜合利用、循環經濟、汙染防治等重點項目的省級財政貼息和補助投資安排建議；負責節能減排綜合協調、項目申報、資助等工作，具體工作由雲南省節能減排領導小組辦公室負責；牽頭制定應對氣候變化的重大戰略、規劃和政策，組織實施減緩和適應氣候變化的措施，組織應對氣候變化的宣傳工作；負責制定應對氣候變化的能力建設計劃；牽頭組織清潔發展機制項目的初審。
(十六)社會發展司
綜合提出社會發展戰略，組織制定和協調社會發展規劃和年度計劃；統籌人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、旅遊、民政等發展政策；提出深化醫藥衛生體制改革的政策措施建議；推進社會事業建設；協調社會事業發展和改革的重大問題。
(十七)就業和收入分配司
綜合分析就業與人力資源、收入分配與社會保障的關系，提出促進就業、調節收入分配、提高社會保障與經濟協調發展的戰略和政策建議；推進相關機構改革，協調解決重大問題。
(十八)經濟貿易辦事處
監測和分析市場形勢，負責重要商品的總量平衡和宏觀調控；負責編制重要農產品、工業品和原材料的進出口計劃並監督執行，根據經濟運行變化提出計劃調整建議；指導和監督重要商品的收購、儲存、利用和輪換，會同有關部門共同管理糧食儲備、食用油儲備、豬肉儲備、食糖儲備、化肥儲備和成品油儲備；擬訂現代物流業發展戰略、規劃和重大政策；協調流通體制改革的重大問題；負責編制流通設施基本建設計劃，負責現代物流業發展重大建設項目的審批、核準和備案。
(十九)財政和貨幣事務部
研究分析全社會資金平衡情況，聯系和協調財政金融工作；動態分析財政金融政策執行情況，提出對策建議；研究提出直接融資的發展戰略和政策建議，參與基本建設專項資金的設立和管理；負責企業債券的發行和管理，牽頭推動產業投資基金和創業投資的發展和制度建設。
(二十)重點項目建設處(雲南省人民政府重點建設辦公室)
參與編制省級預算中的前期工作項目計劃和前期工作經費安排計劃；負責全社會年度固定資產投資項目前期儲備的建立和項目支持的實施；參與省內重點前期項目和在建重點項目的預可行性、可行性研究和初步設計的審批和審查；督促重點項目前期工作，協調前期審批中存在的問題；制定並組織實施重點建設項目計劃；協調解決重點建設項目實施中的重大問題；組織重點建設項目的竣工驗收；牽頭組織重大項目並聯審批聯審會；參與和協調重點建設項目的招標工作；負責重點建設項目的後評價。
(二十壹)經濟合作辦公室
組織制定經濟合作發展計劃；擬訂經濟技術合作和產業轉移的政策措施並協調實施；負責雲南省經濟合作項目的選擇和推薦，提出引導資金使用建議；負責參與國際和區域經濟合作項目的協調和指導，制定參與國際和區域經濟合作的中長期規劃和具體政策措施。
(22)聯絡處
負責聯系和匯報國家發改委及相關部委，協調項目申報服務，跟蹤實施情況；負責收集整理經濟社會發展和改革信息。
(二十三)交通戰備辦公室
組織編制交通戰備規劃和計劃；研究交通戰備與交通建設的關系，協調相關重大問題；組織實施交通戰備相關工作；負責雲南省國防動員委員會交通戰備辦公室的具體工作。
(二十四)國民經濟動員辦公室(雲南戰區善後與建設辦公室)
組織制定國民經濟動員規劃和計劃；研究國民經濟動員與國民經濟的關系，研究國民經濟動員與國防建設的關系，協調有關重大問題；組織實施國民經濟動員的有關工作；統籌國民經濟平戰轉換能力建設；負責戰區的恢復和建設；管理項目以解決戰區遺留的問題。
(二十五)重點項目稽察特派員辦公室。
組織對重點項目的檢查；跟蹤檢查相關行業、州(市)落實國家投資政策法規的情況；組織對省級財政建設資金投資安排的執行情況進行監督檢查；負責按照國家有關規定，提出對違規行為的處理意見。
(26)民航辦公室
組織研究民航重大問題和發展規劃並提出政策建議，負責機場安全運行和項目建設的指導、協調和監督，負責雲南省民航工作領導小組辦公室、雲南省機場應急救援領導小組辦公室、昆明新機場建設聯合協調領導小組辦公室的具體工作。
(二十七)鐵路辦公室
組織研究鐵路重大項目和發展規劃並提出政策建議，負責鐵路安全運營和項目建設的指導、協調和監督，負責雲南鐵路領導小組辦公室的具體工作。
(二十八)人事部
負責機關及直屬單位的組織人事工作；負責幹部的培訓和教育；負責日常外事工作。
黨委
負責機關及直屬單位黨群工作。
退休人員辦公室
負責機關及直屬單位離退休人員工作。