南京城的建設可以分為四個階段。第壹階段是在南唐以來的中山西南麓和金陵老城建立新的帝都。第二階段是從老城西北端沿外秦淮河向北，直至龍江關(今下關)修築新城墻；第三階段是修建聚寶門、三山門、同濟門的正門，以及玄武湖旁的城墻和主要街道。第四階段是修建外郭城。宮城與帝都:移三山填雀
宮城，俗稱“紫禁城”，是首都的核心，位於南京首都的東角，被禦河環繞。也就是故宮周邊今明兩天。
1366，即明朝開國前兩年，朱元璋下令修建皇城，擴建應天府城。雖然劉伯溫等人劃定的宮城位置位於中山“龍頭”之前，符合封建迷信的要求，但朱元璋不得不動員數十萬民工填湖，因為這壹帶是千戶湖(燕子湖)的湖體，地勢很低。因為填湖需要大量的土石方，所以南京有“移三山填麻雀”的傳說，也有傳言說，朱元璋在填湖的過程中，曾經把壹個住在湖邊的名叫田德滿的老人活活地放進湖底，作為“填起來”的“吉兆”，後來還封他為“神”。
經過艱巨的填湖工程，基本解決了地基問題。為了防止地基下沈，當時采取了壹些措施，比如在城墻下部鋪設巨石，在宮殿下面打入密集的木樁，用磚石結構鋪設大型下水道。但在朱元璋晚年，宮殿地基下沈非常嚴重。整個宮殿的地形顯示出南高北低。今天，午門以南較高，以北較低。按照封建迷信的說法，這是非常不利於後代的，甚至是“下不為例”。此時朱元璋年老體衰，後悔不已。他不得不在壹篇《犧牲廚房》的文章中哀嘆，他想再次遷都，但力不從心，只好聽天由命。後來也有封建史學家說，朱元璋死後僅四年，皇帝的曾孫朱允炆就因南靖明故宮風水不好，被朱迪(即明成祖)逼自焚而死(說是出家去南洋了)。這當然是無稽之談。
明代南京宮城南北長2.5公裏，東西寬2公裏。平面呈長方形，坐北朝南，分為前三大殿和後六殿兩部分。宮城城墻上有五個城門:午門、左城門、右城門、東華門、西華門、玄武門。皇城是守衛宮城最近的城墻。城墻上有洪武門、長安左門、長安右門、東安門、Xi安門、北安門。
皇城、宮城以及包括的建築統稱為宮殿。按照《禮記》五門三廳的舊制，宮殿從外到內依次為洪武門、承天門、端門、午門、鳳天門。五門之後是三大殿——奉天殿、蓋華殿、神神廟——皇城南面的正門叫洪武門，在光華門略北，再有壹條寬闊的禦道貫穿南北。禦道以東有吏部、戶部、禮部、兵部、工部等中央高級行政機構(緊急出口外只有刑部)。禦道以西是最高軍事機構——“五軍總督署”所在地。禦道北部是“外五龍橋”，橋的北部是承天門和端門。如今光華門禦道街中段的外五龍橋，依然是明初的原貌，只是後來加了橋欄桿。
承天門和端門相當於北京故宮的天安門廣場和端門，其次是宮城(故宮)的正門“午門”。午門主體部分仍矗立在禦道街北端，俗稱午門。這座城門有五個城門洞，但城樓早已坍塌，只剩下石柱的地基，東西角樓的地基也早些年拆除了。大門北面還有壹座“內五龍橋”，是明朝的真跡。午門主要是傳達聖旨的地方，也是皇帝懲罰大臣們所謂的“宮廷杖”(即打棍子)的地方。至於因犯罪而斬首，壹般是在太平門外的刑部“天牢”或鬧市區進行。在承天門、端門、午門以東，有壹座供奉朱元璋祖先的“祠堂”。在這條線的西邊，還有壹個“社會祭壇”，供奉著主宰封建國家命運的神。這和北京故宮天安門廣場東邊有祠堂(現勞動人民文化宮)，西邊有國壇(現中山公園)的情況壹模壹樣。午門東北，據說是當年“冷宮”的舊址，犯了宮人都被關進冷宮。
午門內就是所謂的“前院”。位於中軸線上的三大大殿是“奉天殿”、“蓋華殿”和“神龕殿”，相當於今天北京紫禁城的太和殿。中和殿和保和殿合稱為“三大殿”。其中奉天殿最大，俗稱“金殿”，是皇帝即位等封建儀式舉行的地方，其遺址在今中山東路吳朝門公園對面的馬路北側。今天保存在五毛門公園的石刻，主要是奉天寺前的奉天門遺跡，以及五門與奉天門之間的“內五龍橋”，以及橋旁的明代碑刻。
三大殿的東邊是文華殿，西邊是武英殿。文華殿東南，有壹座“東華門”。據說公務員入朝都要從這個門進出。武英殿西南還有壹個相對對稱的“西華門”，據說是武官入朝的必經之路。午門的東西兩側，還有壹個紫禁城的大門。
“三大殿”以北就是所謂的“後廳”，是皇帝日常居住的地方。包括奉先殿、柔儀殿、何春殿、幹青宮、坤寧宮和西北角的皇家園林，直到後宰門的戴宇河。那壹帶唯壹保存下來的遺跡是禦花園裏的壹座假山，俗稱“馬娘娘梳妝臺”。1964年，玉帶河西段發現大量明代瓷器，表明禦廚位於後亭以西。據史料記載，禦廚的爐竈都是用銅磚做的。北京:依山傍水，造型獨特。
在皇城外圍，也有都城城墻加強防禦。這部分都城的東南角在通濟門附近與宋元時期的金陵老城相連。南面的正門叫“正陽門”，就是現在的光華門。從正陽門出發，經洪武門、承天門、端門、午門、奉天門、三大殿，到北安門，都位於南北中軸線上。東面的正門是朝陽門，位於中山門略南，與東華門、西華門、金萱橋(今逸仙橋略南)在同壹橫軸上。北面的正門是太平門。當年主宰刑殺大權的“三法”——刑部、都察院、大理寺，就坐落在太平門外的玄武湖上，俗稱“天牢”。由於明太祖和明成祖在南京殺了不少人，太平門外的哭喊聲日夜不絕，所以人們把通往“天牢”的那段太平堤稱為“孤嶺”。
皇城建成後，朱元璋著手向北拓寬都城。但當初他還是拿不定主意是沿著六朝建康城北墻向西修建覆蓋玄武湖南岸舟山、基隆山麓，還是沿著玄武湖西岸向北修建。從現存的遺跡來看，起初他傾向於利用建康城北墻向西延伸至鼓樓和梁青。因為有壹段城墻，俗稱六朝“臺城”，明代加固重建，止於雞籠山北麓。按照這個規劃，明初的都城規模只有今天城市的2/3。事實證明，朱元璋後來放棄了這壹計劃，沿湖北建城，可能更多考慮了鞏固河防的需要。但工程工程量大，沿線多丘陵，人煙稀少。大概是先把建築材料通過秦淮河入口隧道從水路運到漢西門(今漢中門南壹點)和龍將關，然後分段修建，充分利用沿線黃土丘陵增加城墻高度。最後從廁神門(今和平門)向南，從雞鳴寺後的解放門向北，修建了“後湖城”，利用了六朝時期的“十裏長堤”，從而完成了整個“應天府城”的工程。
作為明朝初期的首都，應天府城周長96華裏，是中國最大的理想城市，測量面積為67.35華裏(35.676公裏)。即使與同時期的世界大城市相比，也是首屈壹指，超過了環城29.5公裏的巴黎。外郭:黃土丘陵土城頭
傳說朱元璋建應天府城後，帶著兒子們去中山觀察京城的情況。他們發現宮城離中山太近了。如果在山上裝炮，皇宮很容易被打中，而且還有壹些重要的制高點，比如南邊的雨花臺，北邊的幕府山，對城防非常不利。接著，朱元璋於洪武二十三年(公元1390年)下令修建外郭城。
這個外郭城主主要是由應天府城外的黃土丘陵修築而成，只在壹些防守薄弱的地區修築了壹部分城墻，開了16城門，所以俗稱“土城頭”。它的周長叫做180裏，實際上只有120裏(60公裏)左右，每段的磚部分加起來大概40裏(20公裏)。
外郭呈菱形，最北門為觀音門，最東門為麒麟門，最南門為賈崗門。西邊的外郭城墻沒有被包圍，留下南北兩個缺口分別延伸到長江。起於東郊麒麟門，北經仙鶴門、藥坊門(今藥華門)、觀音門、福寧門、上元門，止於江邊外金川門。從麒麟門往南，經過蒼波門、高橋門、方上門、賈崗門、鳳臺門、大小安德門、大小象馴服門、江東門、柵欄門，也止於河邊，其中外金川門、柵欄門是明末開的。這就是壹般說的南京有“18個外城門”。外城早些年就被破壞了，但人們還是用這些城門的名字作為當地的地名。