1、2、4
新壹和青梅竹馬的蘭壹起去遊樂園時，無意中目睹了黑衣人神秘的地下交易。當他被伏特加和杜松子酒發現後，他強迫藥物變小。之後，他把這件事告訴了阿笠博士，並決定隱藏自己的身份。他改名江戶川柯南，轉學到迪丹小學，成為少年偵探隊的壹員。
五
五十二個
柯南在漫畫中學會了杜松子酒和伏特加的代號(在動畫中，是霧狗殺事件的標題)。
13
在漫畫中，宮野明美被杜松子酒殺死，但動畫版被改為被警察逮捕。
43
工藤和妻子得知了柯南的身份。
48-49
服部平次出現了，柯南白喝了，暫時恢復了。
54
柯南偶遇黑組織成員龍舌蘭，但被殺。
57-58
服部平次知道柯南的身份，開始合作。
128-131
宮野誌保的妹妹宮野明美被杜松子酒殺死，宮野誌保也變小了，逃離了組織，住在阿笠博士的房子裏。她改名為APTX4869，轉學到迪丹小學。後來，海原愛還透露，該組織在半個世紀前就已經策劃了壹個大計劃。
176-178
柯南和足原在放學回家的路上發現了金的保時捷，於是他們對其進行了追蹤，但金卻在上面發現了追蹤器。但柯南還是查出了黑衣組織要在巴渝酒店實施暗殺活動的是代號為皮斯科的組織成員。柯南和足原到達北湖酒店，但金已經通知皮耶斯基雪莉在跟蹤她，並告訴他雪莉壹定會去北湖酒店。在皮耶斯克刺殺成功後，她找到了阿沙拉，給她下了藥，藏在酒店的酒窖裏。柯南在和足原取得聯系後，讓她白喝了。阿沙拉回過神來，從煙囪逃到酒店頂樓。沒想到，杜松子酒和伏特加已經在頂樓了。在杜松子酒的折磨下，足原拒絕說出自己脫離組織後的所作所為，身中數槍。柯南這時趕到，用麻醉槍打了金。與此同時，阿沙拉再次從煙囪逃回酒窖。此時，白功的藥效已經過去，阿莎拉的身體又變回來了。派斯克露出了他的真面目。在即將處決足原的時候，柯南再次趕來營救足原，而皮耶斯克則因為刺殺過程中的壹個無法挽回的錯誤，被琴酒滅口。(貝爾摩當時也在現場，事後拍了照片，在日本定居。因為艾覺得當時有其他組織的成員在場，所以事後柯南開始懷疑她也是該組織的成員。)
170-171
新出智明的父親被繼母殺害，在柯南的幫助下破案。
-隨著年齡的增長，朱迪加入了美國聯邦調查局，跟蹤貝爾摩到了日本，並在迪丹高中當了壹名英語老師。
-
貝爾摩制造了壹場車禍，企圖殺死新出智明壹家，但新的壹家受到了美國聯邦調查局的秘密保護。貝爾摩開始偽造他的新身份。
226-227
朱迪出道認識了柯南，看到他在園方的幫助下破案。
230-231
少年偵探隊和醫生在公交車上遇到了壹起去美術館的朱迪和辛楚。這時，艾覺得車上的組織成員變得非常害怕。後來，大巴被劫匪劫持。雖然在大家的努力下劫匪終於被抓到，但艾還是待在快要爆炸的車裏想死。最後被柯南救了。布蘭奇打電話來的時候，他說他在看壹個人。
253-254
新醫生(假扮貝爾摩)可能發現柯南在分析案情，使用變聲器。
258-259
柯南和其他人認識了來自芝加哥的老人詹姆斯·布萊克。後來因為被誤認為名人而被綁架。後來在柯南的幫助下獲救，被赤井接走。與此同時，詹姆斯也發現柯南不同尋常，並稱柯南為福爾摩斯和酷哥。
269-270
高木提到，與毛利小五郎有關的文件被盜，然後被送回。赤井監視毛利偵探社。
271-272
朱迪提到了美國聯邦調查局；在她的談話中；貝爾摩給金發了壹封郵件，提到了雪莉，並把飛鏢發給了的交叉照片，還有柯南和蘭的照片。
277-278
案卷的丟失讓柯南非常不安。他基本肯定克裏斯是該組織成員，並進壹步懷疑朱迪=克裏斯。碰巧來到這裏的服部哲對此很感興趣，於是鼓勵柯南去朱迪的公寓探險，雙方接觸過程中發生了壹起命案。雖然案子破了，但是朱迪的探索失敗了。最後，壹張柯南和蘭的照片出現在朱迪浴室的鏡子後面，照片上的字跡和貝爾摩的壹模壹樣。隨後的情節顯示，這是朱迪潛入新房間(也就是貝爾摩)發現相關照片後復制的。與此同時，朱迪也了解到貝爾莫爾的目標是莫寧，柯南最後說除了朱迪之外的另外兩個可疑人物應該是阿凱和紐莫爾。
284-288
毛利蘭回憶起她和新壹去紐約玩時發生的事情。
289-290
Haibara Ai提到，沼淵己壹郎是該組織的成員。
307-311
小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓。從當事人的對話中，柯南得知他是龍舌蘭酒的聯系對象，龍舌蘭酒是在電子遊戲公司謀殺案中被殺的組織成員。最後，通過追查案情，柯南得到了該組織的線索——板倉日記(案件最後，柯南和藍遇到了，並提到了，此外，柯南還得知了藍和阿凱的相遇)，得知了黑組織的行蹤，並試圖冒充板倉和伏特加酒的接頭，但被琴酒識破未果，差點被琴酒抓住(柯南和艾離開時，恰好被阿凱看到)。在板倉的日記中提到，黑組織的龐大計劃甚至影響著人類的未來。
329-330
阿笠博士提到艾未未的父親宮野厚司是壹位著名的瘋狂科學家，而他的母親艾琳娜是壹名英國學生，黑組織可能正在從事壹項起死回生的計劃。
335-336
柯南和艾都覺得自己被跟蹤了，但跟蹤者最終被迫放棄。(最後，赤井秀壹的出現表明跟蹤他們的人是美國聯邦調查局。由於艾與照片中的人物相似，美國聯邦調查局猜測她就是貝爾摩的目標。此外，赤井最後對艾的照片說“太像了”，暗示他和艾以前就認識。奇怪的是，朱迪和阿凱似乎並不經常聯系，也不經常交換信息。
338-339
340-341
艾感冒發燒，醫生和柯南送他去醫院，卻被壹個命案堵在停車場。後來，他遇到了蘭，花園和朱迪在購物，和，誰發現了他們的行蹤，跟著他。最後柯南破案了，醫生卻借了朱迪的車送艾回家，找了新醫生給艾看病。在故事的最後，貝爾摩燒掉了艾的照片，說:“妳準備好了嗎？我找到了，我去找妳”，貝爾摩和美國聯邦調查局夫婦都知道她的地址，貝爾摩還在醫生家裏裝了竊聽器。在博士家被竊聽後，博士帶著柯南和艾去拜訪艾父親生前的摯友，設計師出島試圖了解更多關於艾父親的情況。另壹起命案發生在設計院。柯南在破案的同時，還找到了艾姐姐設法藏在設計院，艾媽媽留給艾的錄音帶，並提到了壹些驚人的事情。之後，貝爾莫爾打電話給該組織成員卡爾瓦多斯尋求幫助，並正在策劃壹項行動。
343-344
朱迪辭去了迪丹高中的教師職務。當蘭和淵源去朱迪家聚會時，蘭意外地發現了鏡子後面的照片。
345
貝爾摩利用鬼船活動，邀請小五郎、新壹、金試圖轉移柯南的註意力，暗殺艾。朱迪得知了這個計劃，先帶走了艾，並試圖把貝爾莫爾引入陷阱，但貝爾莫爾卻制定了壹個計劃。另壹方面，柯南邀請服部平次喬裝打扮去參加聚會，並在母親佑希的幫助下化妝成喪，試圖聯系黑組織；我不放心柯南去跟著他；蘭想知道朱蒂的真實身份，躲在朱蒂的汽車後備箱裏，在最後壹刻救了艾。貝爾摩拒絕向蘭開槍，稱她為天使，躲過了赤井的追擊，把柯南和艾藏在琴酒裏，而朱迪設法騙過了蘭，柯南聽到了貝爾摩給那位先生發郵件時的擊鍵聲。
346-347海巴拉艾拒絕證人保護計劃。
361-362
真正的新醫生回來了。
374-375
385-387
394-396
山村操給他的祖母發了壹條信息。剛開始的時候按鍵很像Boss的郵箱。是鳥取縣。後來柯南等人去了壹家琴行後，才知道那天聽到的擊鍵聲是七個孩子的音樂，最後得知了Boss的手機號。
425
小五郎在與播音員的交談中得知她被惡作劇的門鈴所困擾，於是與柯南、蘭壹起來到仁愛的家。雖然小五郎等人抓到了犯人，但此時柯南從安裝的bug中意識到，可惜奈其實是黑組織的幫兇。隨後，黑組制定計劃，於下午1在ADP刺殺壹名代號為DJ的男子。被美國聯邦調查局和柯南攔住，水無憐奈受傷昏迷。
429-430
本堂瑛祐的首次亮相。
462-465
貝爾摩去了水無憐奈壹個事故目擊者的家裏，引起了柯南的註意。小蘭的新同學本堂瑛祐在《毛利偵探社》做客時，有意無意地把話題引到了水無憐奈，希望柯南等人前去調查，這引起了柯南的警惕。目睹水無憐奈事故的孩子被貝爾摩詢問，貝爾摩的咒語出現了。黑人組織的人加緊了對水無憐奈的搜尋，金首先提到了在該組織中臥底的人(也就是兩個堂兄弟的父親伊森·本堂)。
484-485
柯南和海原愛調查並得到了本堂瑛祐父親的照片。本堂瑛祐和水無憐奈的身份變得越來越清晰。
491-504
本堂瑛祐總是給柯南不好的感覺。他到處尋找他的妹妹唐本·英海。唐本·英海和水無憐奈長得壹模壹樣，但是她的血型不對。與此同時，黑衣組織到處尋找水無憐奈，得到美國聯邦調查局幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒。被本堂瑛祐攻擊後，他不得不說出自己的真實身份。原來水無憐奈也是應友的姐姐應海，他們的父親也是中情局的臥底，四年前去世了。水無憐奈答應赤井秀壹重返該組織，但卻接到了任務，並涉嫌殺害赤井秀壹。
507-508
本堂瑛祐知道柯南的身份，並計劃離開日本。柯南對赤井秀壹之死的態度很奇怪。
509
水無憐奈緊急報告，組織派了壹名強有力的波旁偵探。
壹個名叫沖矢昴的新房客搬進了工藤新壹的房子。海原愛對此有所反應。
511
柯南發現沖矢昴推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波旁酒。
521-523
工藤新壹第三次康復。
542-543
海原艾再次感受到了沖矢昴的壓迫感。
563-564
疑似赤井秀壹的刀疤男出現並射殺了柯南。美國聯邦調查局提到赤井秀壹非常喜歡波旁威士忌。
578-581
刀疤秀吉又出現了。與此同時，商場裏的朱迪老師收到壹張紙條“這裏危險，快跑”。這時，沖矢昴正在商場裏，他第壹次見到了刀疤男，但是刀疤男沒有找到他。刀疤男用別人的手機把商場裏發生的案件推理發給了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人試圖測試赤井秀壹是否還活著，以此來證明基爾是否是臥底，但柯南巧妙地引走了他。與此同時，常也在尋找刀疤男，但刀疤男在瞄準時對著眼前的景象詭異地壹笑。
616-621
工藤新壹來到倫敦，第四次康復，第壹次向毛利蘭正面表白；同時，工藤夫婦知道海原愛是APTX4869的開發者。
622-623
阿笠博士被綁架，海原愛再次表達了對沖矢昴的強烈懷疑。
646-651
自稱偵探的世良真純現身，轉學到迪丹高中；後來在《柯南平吉》的偵探對決中，朱迪和卡姆邁耶在看到世良的照片後說世良“像某個人”，而詹姆斯第壹眼就看出世良是個女生。
656-657
石良在第壹次看到醫生上傳的視頻時，就發現了醫生眼鏡上印著的海原愛的影子，並詢問了來自嚴光和源泰的“醫生家的小女孩”(也就是海原愛)和她的鄰居(也就是沖矢昴)，可見她對足原很感興趣。他對著沖矢昴的窗戶說，“我還以為是誰剛搬進來，現在看來，真是杞人憂天……”最後，世良把視頻中灰色平原的意外圖像從電腦中刪除了。
667-668
事件解決後，自稱偵探的安頭出現，並自願成為小五郎的弟子。
671-674
沖矢昴脫口而出“不要露出那種表情”，這似乎讓阿沙拉感到相當擔憂。
伯莫多給波旁打電話，同時，崇雅、世良、安石在接電話。波旁酒似乎是三種酒之壹。
675-676
世良似乎壹早就知道了新的壹些事情，他也對足原表現出了興趣。石亮說，他認識壹個“從來不笑的人”，在註意到刀疤壹休的存在後，他非常關註它。
足原回憶說，沖矢的那句“不要露出那種表情”和壹直在組織臥底的竹興達(也就是赤井秀壹)的用詞很像。
681-683安石頭為高木的指導警官伊達航掃墓，暗示兩人是朋友關系。
684-685足原的行動和他們的對話表明，沖矢的脖子裏藏著壹個秘密。
690-691
沖矢昴行為可疑。雖然他確認了脖子上沒有什麽異常，但是他沒有說話，在他們離開後，他拿出了之前藏起來的梳子。石亮在房間裏發現了壹條女性線索，於是崇雅對自己的真實身份產生了懷疑。後來，根據柯南的敘述，她得知“女性線索”很可能是工藤有希子留下的。沖矢昴得知柯南的真實身份。最後，世良含淚回頭看了柯南和蘭壹眼，說:“果然，我是個壞孩子。”
699-700
世良向小蘭詢問她的汽車的顏色，假裝在群馬縣與柯南見面，並試圖通過手機讓柯南與海原愛聯系。布美等人被困在兇手放火的船艙裏，阿沙拉服用解藥APTX4869幫助大家逃生，暫時康復。在嚴光拍攝的視頻中，石梁對宮野誌保感到非常驚訝，這個視頻也被安世頭和沖矢昴通過網絡看到。
701-704黑衣人組織通過他手中的“鈴木快車”環票知道宮野誌保將乘坐神秘列車。於是貝爾摩偽裝成斯卡·阿凱溜進了鈴木快車，並確認雪莉就在車裏。Bermod給Haibara Ai發了壹條短信，宣稱他將結束自己的生命。阿沙拉離開了盒子，被侵入他手機的沖矢昴邀請“到我的地盤來”。世良在火車上遇到貝爾摩偽裝的赤井秀壹，稱他為“秀哥”後被電暈，但被沖矢昴帶回世良的包廂。貝爾摩扔掉了工藤有希子的變裝工具，啟動了排煙裝置。安世頭配合他謊稱車內起火，帶領乘客逃離避難所。柯南打電話給尤西子，騙貝爾摩不要離開包廂，並在透露海東·黑場的身份後，委托他偽裝成宮野誌保進入最後壹輛客車。安石頭出現，並告訴宮野誌保他的組織代號，波旁，以及之前的刀疤赤井假扮自己，以此來調查赤井的生死，並由此確認赤井的死亡。安世頭把“宮野誌保”強行推進最後壹節車廂，身後突然出現壹個無疤的紅井，在車廂連接處扔了壹顆手榴彈。車廂分開後，伯莫多引爆了炸彈，海東·庫洛巴滑翔逃走。火車停下後，貝爾莫爾發現雪莉沒有死，但沒有告訴組織的其他成員。安世頭對阿凱的死因有懷疑，準備重新調查。沖矢昴展示了和赤井秀壹壹樣的眼睛。
706麻醉室發現柯南使用麻醉針的動作。伯莫德勸安石離開毛利，但安石拒絕了，並表示對《沈睡的小五郎》感興趣。
723安石頭把少年偵探組從危險中解救出來，沖矢昴透過樓上的窗戶看著他離開。
724-725石亮提到“神秘列車”上帽子丟失的事，問小蘭有沒有看到“刀疤阿凱”。
727-728
小蘭看著石良奔跑的背影，忍不住說了壹句“浪”，又說:“看著石良奔跑的背影，耳邊總會蕩漾起浪花。”柯南悄悄走出來:“妳是不是在哪裏見過我？”但石亮沒有直接回答，心想:“對不起，我現在不能告訴妳，因為還不到時候……”