協調和處理機關的日常工作。負責會議組織、黨務人事、文電處理、檔案、安全保衛、公務接待、群團工作等行政事務；負責政府信息和政務公開工作；負責全區環境信息化建設的組織實施。制定、組織、指導和協調全區環境保護宣傳教育規劃和計劃的實施；負責全區重大環境新聞的審核和發布，協調環境新聞報道工作；會同有關部門開展環境教育和培訓；推動公眾和社會組織參與環境保護；收集、分析和提交環境輿情動態信息；承擔全區環境保護的社會表彰和各類環境獎項的評選；編制並組織實施本區汙染防治專項資金和環境保護專項資金的使用計劃；負責全區排汙費征收、管理和使用的財務管理；負責本局的財務管理；參與環保國有資產監管，負責內部審計；負責對外交流與合作等外事工作；負責組織協調環境投訴和咨詢服務，負責環境投訴的分發、處理和回復，負責人大代表建議、CPPCC委員提案、領導批件和領導信箱的辦理。
政策和法規科
制定區域環境保護政策和宏觀戰略，參與財政、稅收、貿易、信貸、證券、保險、價格和收費等領域環境經濟政策的制定，組織環境政策法規實施後評估；負責落實環境保護行政執法責任制，參與環境保護執法檢查，指導和監督環境保護行政依法行政；負責管理行政處罰；組織環境保護行政復議、行政賠償和行政訴訟，指導全區環境保護系統的行政復議和訴訟工作；負責實施企業環境行為評價和公示；組織對相關單位環保守法情況的後評估論證和審核；負責全區環境保護宣傳，組織環境法制培訓，負責局機關行政執法證件管理；負責全區上市企業上市和再融資的環保核查。
環境影響評估組
負責整個區域的環境監測和管理；負責環境保護科技管理工作；組織實施全區規劃環境影響評價和建設項目環境保護管理的法律、法規和規章；按規定審查重大開發建設領域、行業(產業)發展規劃的環境影響評價文件；負責全區區級權限內除核與輻射以外的建設項目環境影響評價文件的審批和竣工環境保護驗收；參與區級以上機關建設項目的環境管理，審查各類規劃環境影響評價文件；負責處理本區域跨區域建設項目環境管理中的爭議；提出區域性、行業性審批限制建議，並組織實施；負責環境影響後評估；組織實施重大建設項目施工期間的環境監理；協助國家、省、市環境保護部門管理本地區經認證的環境影響評價單位和環境管理咨詢機構。
汙染預防和控制科
組織實施大氣、水汙染和噪聲汙染防治的法律、法規和管理制度；組織實施全區汙染源限期治理、行政執行等環境管理制度；組織編制大氣、水、噪聲環境功能區劃，組織制定和監督重點流域、重點區域、重點汙染企業的汙染防治規劃；負責本區直管企業及相關行業工業汙染環境保護工作的監督管理；配合有關部門管理汙染企業搬遷，實施汙染集中治理，淘汰汙染嚴重的落後工藝和設備；指導環境汙染防治示範工程建設。負責對全區機動車汙染防治工作實施統壹監督管理，制定並組織實施全區機動車汙染防治規劃、年度計劃和政策措施。負責落實全市減排目標和任務。組織實施主要汙染物排放總量控制和排汙許可證制度，並進行監督管理，提出排放總量控制的汙染物名稱和控制指標，組織制定和實施汙染減排計劃，監督、督促和核實汙染物減排任務完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。負責全區排汙權交易管理工作。組織全區汙染源普查。組織企業循環經濟試點和清潔生產審核。
固體廢物及核和輻射管理科
負責全區固體廢物汙染環境防治的統壹監督管理；制定全區固體廢物汙染防治工作計劃；組織實施全區固體廢物申報登記工作；負責關閉、停止、合並、轉移和搬遷工業企業汙染場地的監督管理；制定應急處置預案，應對全區域廢棄危險化學品造成的危險廢物轉移和汙染事故。負責全區核與輻射安全和輻射環境保護的監督管理；協助國家、省、市環保部門做好本地區放射工作單位安全許可證發放、放射性同位素轉移和轉移活動審批和備案、電離輻射和電磁輻射建設項目環境影響評價文件審批、竣工環保驗收等工作；負責全區放射性廢物處置的監督管理；管理全區輻射汙染事故和糾紛的調查處理工作。
自然生態保護科
組織制定和實施全區環境保護長遠規劃、年度計劃和排汙費征收計劃；編制全區汙染物排放總量控制和削減計劃；參與制定全區經濟社會發展的長遠規劃和計劃，以及國土開發整治規劃、區域經濟發展規劃、產業發展規劃、資源節約和綜合利用規劃，參與編制城市總體規劃中的環境保護內容；組織協調國際環境保護條約地區的實施，負責生態保護工作的指導、協調和監督。組織編制生態功能區劃，指導和協調各類重要生態功能保護區和自然保護區的環境保護工作。協調有關部門開展生態保護工作，提出新建自然保護區的建議，提出區級自然保護區的審批意見。協調、監督、檢查野生動植物、珍稀瀕危物種和濕地環境的保護；牽頭管理生物技術環境安全；組織生態狀況評估，監督對生態環境有影響的資源開發活動、重要生態環境建設和生態損害恢復；監督和指導旅遊生態環境保護。負責指導、協調和監督農村生態環境保護。指導生態示範創建，推進生態文明建設；指導農村環境綜合整治，考核農村環境綜合整治目標責任制落實情況；監督管理農村土壤汙染防治，指導生態農業建設；組織城鄉環境綜合整治定量考核；組織協調鄉鎮環境保護工作；組織實施中央、省、市財政農村環境保護專項資金項目。負責飲用水水源的日常監督管理。牽頭組織實施飲用水水源保護區的劃定；制定全區飲用水源環境保護規劃並監督實施；負責飲用水水源地環境治理和監測項目計劃，協助有關部門組織項目申報和使用國家、省、市財政流域汙染治理專項資金。
環境監測小組
宣傳貫徹國家和地方有關環境保護的法律、法規和規章；監督檢查管轄範圍內的單位和個人執行環境保護法律、法規的情況；監督轄區內各項環保制度的執行情況；監督檢查生態破壞事件；調查環境汙染事故和環境汙染糾紛並參與處理；負責排汙費的征收；向違反環境法律法規的單位、個人和其他組織調查取證，在委托權限範圍內對環境違法行為實施行政處罰。
環境監測站
負責監測環境空氣、地表水、地下水、土壤、固體廢物、噪音、生物和生態條件；負責分析排汙單位申報的汙染物排放濃度和總量數據，監督監測各排汙單位的排放源；負責建設項目的環境影響評價和監測；監測建設項目環境保護設施竣工驗收和汙染源限期驗收情況；負責環境汙染事故的應急監測和環境汙染糾紛的仲裁監測；負責開展環境監測和科學研究，分析環境中汙染因子的運動規律，掌握環境質量和生態環境變化趨勢，開展環境質量預測預報；負責建立環境監測動態數據庫，及時向上級業務主管部門和行政主管部門報送各類環境質量數據、環境統計數據、排汙單位申報的相關信息和突發事故。