綜合保稅區的區域範圍按照《國務院關於同意設立舟山港綜合保稅區的批復》(國函[2012]148號)執行。第三條綜合保稅區應當加強綜合配套改革，創新體制機制；充分利用港口資源和功能優勢，發展現代海洋產業、商品國際貿易和大宗商品港口物流，建設功能完善、運行高效、開放度高、具有國際競爭力的新型貿易港口。第四條省、舟山市人民政府應當落實土地、資金、人才等方面的相關促進和優惠措施，支持綜合保稅區的建設和發展。第五條鼓勵國內外企業及其他經濟組織和個人在綜合保稅區內興辦企業、投資入股或設立機構。
綜合保稅區內的企業、機構和個人依法享受國家、省和舟山市有關綜合保稅區的優惠政策，其合法權益受法律保護。
綜合保稅區內的企業、機構和個人應當遵守法律和社會公德，誠實守信，依法經營。第六條舟山港綜合保稅區管理委員會(以下簡稱綜合保稅區管委會)負責綜合保稅區的管理，依法履行下列職責:
(壹)制定綜合保稅區經濟發展規劃並組織實施；
(二)根據國家和省有關產業政策，編制產業發展目錄，統籌產業布局，並實施管理；
(三)負責綜合保稅區發展改革、科技、金融、國有資產、建設、交通、人力資源和社會保障、環境保護、商務、安全生產等方面的管理工作；
(四)協調和配合海關、檢驗檢疫、海事、邊檢、港航、稅務、外匯、國土資源、規劃、工商行政管理、質量技術監督等部門的管理工作；
(五)根據舟山市人民政府授權或委托有關部門，負責綜合保稅區配套區域的管理工作；
(六)負責綜合保稅區的信息化工作，推進公共信息平臺建設；
(七)舟山市人民政府依法賦予的其他職責。
綜合保稅區的治安、消防和道路交通管理職責，由有關行政管理部門依照國家有關法律、法規和規章行使。第七條綜合保稅區企業的生產經營活動應當符合產業發展要求，對高耗能、高汙染、高資源的產品或者列入《加工貿易禁止類商品目錄》的商品，不得開展加工貿易業務。第八條綜合保稅區管委會應當根據國家有關規定，結合浙江省舟山群島新區產業特點，制定產業扶持政策，對符合區域功能和產業政策的企業予以扶持。第九條綜合保稅區管委會應當制定統壹的管理規範和服務標準，提高行政效率，為企業提供高效便捷的服務。第十條綜合保稅區管委會應當會同海關、檢驗檢疫、海事、邊檢、港航等部門做好信息資源整合共享工作，建設統壹的信息平臺，及時發布公共信息，為企業發展和通關管理提供服務。第十壹條綜合保稅區應當設立行政審批綜合服務場所，集中辦理下列事項:
(壹)投資項目的審批和備案；
(二)建設項目選址意見書、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證和施工許可證的審批；
(三)新增建設用地以外的建設項目用地和國有土地使用權劃撥、出讓的審批程序；
(四)舟山市人民政府及其相關部門委托的其他事項。
辦理前款規定的事項，實行統壹受理、集中審批、限時辦結、跟蹤服務的制度。第十二條對綜合保稅區內因業務需要頻繁出國或出境的人員，可實行“壹次性審批，壹年內多次有效”的辦法；可以辦理壹定期限內多次往返香港特別行政區的手續。第十三條綜合保稅區實行口岸聯合監管和協調制度。綜合保稅區內應當設立通關服務場所，由海關、檢驗檢疫、海事、邊檢、港航等常駐機構進駐並聯合運作。
綜合保稅區管委會應當會同海關、檢驗檢疫、海事、邊檢、港航等常駐機構，建立口岸監管協調信息系統，實現區域和口岸聯動，提高通關效率。第十四條綜合保稅區實行封閉管理。進出綜合保稅區的運輸工具和人員應當通過海關指定的專用通道接受檢查。
進駐區內的海關、檢驗檢疫機構應當采取措施，保障進出綜合保稅區的人員和運輸工具正常、有序、便捷通行。