市交通行政主管部門所屬的上海市航道管理處(以下簡稱市航道辦)負責本市水路運輸的具體管理工作；區(縣)交通行政主管部門所屬的航道管理處(所)[以下簡稱區(縣)航道管理處(所)]在市航道辦的業務指導下，負責本行政區域內水路運輸的具體管理工作。
本市有關行政管理部門以及海事安全監督、船舶檢驗、海關等行政管理部門應當按照各自職責，協同實施本條例。第四條水路運輸管理應當遵循保護合法經營、維護公平競爭、堅持協調發展的原則，促進水路運輸為國民經濟和社會發展提供安全、準點、快捷、經濟、便利的服務。第五條市交通行政管理部門應當根據經濟社會發展的需要，制定本市水路交通發展規劃，經市人民政府批準後組織實施。第六條水路運輸經營者依法組織的行業協會，應當依據法律法規建立行業自律機制；為經營者提供政策和信息咨詢服務，維護經營者的合法權益，接受市交通行政主管部門的委托，指導水路運輸經營者的經營活動；向市交通行政管理部門提出意見和建議。第二章基本規定第七條本市對營業性水路運輸實行許可制度。
從事營業性水路運輸活動，應當依照法律、法規和國家交通行政主管部門頒發的水路運輸證，取得合法的水路運輸經營資格，並在核定的經營範圍內經營。第八條設立水路貨物運輸和旅客運輸企業，應當具備下列條件:
(壹)有與其業務範圍相適應的船舶，並持有船舶檢驗部門簽發的有效船舶證書；
(二)有相應的組織機構和專業人員；
(三)主要船員持有有效的適任證書；
(四)有固定的經營場所和必要的設施；經營客運的，還應當實施客船沿線停靠；
(五)有與其業務範圍相適應的註冊資本。
設立從事水路貨物運輸或者旅客運輸的個體工商戶，應當符合前款第(壹)、(三)、(四)、(五)項條件。
國家規定必須辦理第三者責任保險、旅客意外傷害保險、船舶保險的，還必須提供保險憑證。第九條設立水路運輸服務企業應當具備下列條件:
(壹)有相應的組織機構和專業人員；
(二)有固定的經營場所和必要的業務設施；
(三)有與其業務範圍相適應的註冊資本。
經營水路運輸業務的個體工商戶的開業條件，按照國家規定辦理。第十條設立水路貨物運輸、客運企業和個體工商戶必須先申請籌建，並經交通行政主管部門批準後，方可籌建和購置船舶。籌建完成後，辦理開業申請。第十壹條申請國內水路運輸，應當向市航務辦公室或者所在區(縣)航管部門(所)提出申請；申請國際水路運輸的，應當向市交通行政管理部門提交申請。
受理機關應當按照審批權限報請有關機關批準。本市審批機關應當在規定的期限內作出書面審批決定。決定批準的，按照其經營範圍分別核發水路運輸許可證、水路運輸服務許可證或者相關批準文件。
外商投資設立水路運輸企業，應當經市交通行政主管部門審批，並按照有關法律法規辦理審批手續。第十二條取得水路運輸許可證和水路運輸服務許可證或者批準文件的，應當持證件或者批準文件向工商、稅務行政管理部門登記，經核準領取營業執照和稅務登記證後，方可經營。第十三條在本市從事國內水路貨物、旅客運輸的經營者，應當根據申請批準的船舶，向市航務處取得船舶營業運輸證及相關經營文件。
船舶營業運輸證書應當隨船攜帶。第十四條本市水路運輸經營者合並、分立或者變更經營範圍，應當報原審批機關批準後換發有關許可證，並到工商、稅務行政管理部門辦理有關手續；變更企業名稱、住所、法定代表人的，在辦理相應的工商、稅務變更登記的同時，應當到原審批機關更換有關許可文件。