壹、物流業涉及的營業稅稅目及稅率
1，交通運輸，稅率為3%
征收範圍包括:陸運、水運、空運、管道運輸、裝卸。
2.郵電通信業，稅率為3%
本稅目的征收範圍包括:郵政業和電信業。從事信件、包裹快遞業務的單位和個人，按“郵電通信業”稅目征收營業稅。
3.服務業，稅率為5%
本稅目的征收範圍包括:代理、酒店、餐飲、旅遊、倉儲、租賃、廣告及其他服務業。物流業中的代理和倉儲屬於本稅目範圍。
需要註意的是，開展物流業務的單位和個人，應按照收入性質分別核算，提供運輸服務取得的運輸收入，應按“運輸業”稅目征稅，並開具貨物運輸發票；其他服務業提供服務的收入，按照“服務業”稅目征收營業稅，並開具服務業發票。
未按規定分別核算不同稅目營業額的，按照適用的高稅率征收營業稅。
案例:某汽車運輸公司6月份運輸業務收入20萬元，裝卸業務收入4萬元，倉儲業務收入3萬元，計算該公司6月份應繳納的營業稅。
根據稅法規定:運輸和裝卸業務收入屬於“運輸業”稅目，按3%的稅率繳納營業稅。應納稅額=(20+4)×3%=萬元)
倉儲業務收入屬於“服務業”稅目，稅率為5%，應納稅額=3×5%= 1萬元)
公司6月份營業收入應納稅額=萬元)
二、物流業稅收依據
1，運輸稅基礎
運輸業營業額是指從事運輸的納稅人提供運輸服務所取得的全部經營收入，包括全部價款和其他費用。土地、水、氣、裝卸的計稅依據都要按照這個原則來確定。
納稅人將承包運輸業務轉包給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和其他費用扣除支付給其他單位或者個人的運輸費用後的余額為營業額。公路和內河貨物運輸發票納稅人從事聯運業務的，其代開的營業額征收營業稅。
中國* *航空股份有限公司(以下簡稱國航)、中國國際貨運航空股份有限公司(以下簡稱貨運航空公司)開展客機腹艙聯運業務時，國航以收到的腹艙收入作為營業額；貨運航空公司的營業額是其收到的貨運收入減去支付給國航的收入後的余額。
案例:某運輸公司(自開票納稅人)2003年5月取得運費收入58000元(含1%保險費)，其中18000元支付給其他關聯運輸公司。請計算壹下該公司5月份應繳納的營業稅。本公司當月應交營業稅=(58000-18000)×3% = 1200元。
2、代理計稅依據
從事貨運代理業務的納稅人，其營業額為其向客戶收取的全部價款和價外費用，減去港口費、運輸費、倉儲費、出入境檢疫費、熏蒸費、倉儲費、裝卸費和支付給其他單位的其他代理費。上述“其他代理費”是指:向海、空、陸港口支付的港口建設費和鐵路建設基金；向海關支付的報關費；已支付的集裝箱費用(包括倉儲費、集裝箱吊裝費、包裝費、開箱費和集裝箱清洗費)；已支付的貨物保險費；支付給運輸機構的代理費；省地方稅務局確認的其他費用。
國稅發[2000]139號規定，航空運輸企業向包機公司收取的包機費，按“運輸”稅目征收營業稅；包機公司向旅客或托運人收取的經營收入，按“服務業-代理業”項目征收營業稅，其營業額為向旅客或托運人收取的總價和價外費用扣除支付給航空運輸企業的包機費後的余額。
國稅函〔2006〕1312號規定，NVOCC業務應適用“服務業-代理業”稅目。從事NVOCC業務的納稅人，以其向客戶收取的全部價外費用，扣除其支付的海運費、報關費、港雜費和裝卸費後的余額，為應納稅所得額申報繳納營業稅。
3、入庫計稅依據
關於試點物流企業開展物流業務營業稅的征稅問題，國稅發〔2005〕208號規定，試點企業自2006年6月65438+10月1日起，將承包倉儲業務分發給其他單位並向其統壹收取價款的，按照本企業取得的全部收入減去支付給其他倉儲合作方的倉儲費後的余額計算營業稅。
三、物流業抵扣憑證
1，運輸扣款憑證
《中華人民共和國國家稅務總局關於使用新版公路、內河貨物運輸統壹發票的通知》(國稅發[2007]101)規定，從事公路、內河貨物運輸的運輸單位(或個人)應當向付款人開具收取全部價款的貨運發票。合作運輸單位(或個人)應向運輸單位(或個人)開具向運輸單位(或個人)收取的全價運費發票，運輸單位(或個人)憑合作運輸單位(或個人)開具的運費發票作為繳納營業稅差額的抵扣憑證。
2.代理扣除憑證
從事無船承運業務的納稅人，應當按照其在無船承運業務中取得的全部價外費用向客戶開具發票，同時以其取得的發票或者其他合法有效憑證作為差額抵扣憑證繳納營業稅。
3.倉儲業抵扣憑證
國稅發[2005]208號文對營業額抵扣項目憑證的管理提出了要求:營業額抵扣項目付款發生在中國境內的，抵扣項目付款憑證必須是發票或者稅務機關認可的合法有效憑證；在境外支付的，扣除工程款的憑證必須是外匯支付憑證，或者是境外公司的收據和境外公司出具的公證證明。
第四，相關特殊情況
遠洋運輸企業對不同的業務適用不同的稅目和稅率。
根據遠洋運輸企業的不同業務，營業稅政策規定了不同的適用稅率。國稅發[2002]25號規定，對從事旅程租賃、定期租賃業務的遠洋運輸企業和從事濕式租賃業務的航空運輸企業取得的收入，按照“運輸業”稅目征收營業稅。
文件規定，從事輕租賃業務的遠洋運輸企業和從事幹租賃業務的航空運輸企業取得的收入，按照“服務業-租賃業”項目征收營業稅。