綜合協調局機關日常政務工作；負責文秘、檔案、機要、政務信息、宣傳、保密、後勤保障等行政事務；負責本局的輿情信息監測；承擔發言人與網絡發言人的聯絡工作；負責市人大代表建議、CPPCC委員提案和群眾來信來訪；制定和實施本局各項工作制度；起草總體工作計劃和綜合文稿；負責本系統、局的安全生產、綜合治理、節能減排工作；負責健康創建和系統性能評估；負責本局的信息化建設。
(2)組織人事部門
制定並組織實施全市衛生人才發展規劃，合理配置衛生人才資源，指導衛生機構人事分配制度改革；負責市衛生系統的機構設置、人事管理和幹部培訓；指導直屬單位黨的思想建設、組織建設、作風建設和領導班子建設；負責局機關離退休人員的服務和管理工作；負責出國人員的政治審批；負責全市衛生系統的綜合表彰；負責市級衛生系統統戰、對口聯系和援疆援藏工作，以及農村指導員和科技特派員。
(3)政策法規司(行政審批司)
負責組織綜合政策研究，綜合分析全市衛生改革發展情況，制定衛生工作相關政策；負責制定衛生立法規劃，組織起草衛生行政方面的地方性法規；負責衛生行政許可；負責衛生行政復議、行政訴訟和行政聽證；負責指導全市衛生法制宣傳教育；負責規範性文件的審查和備案；負責衛生涉外事務、對外合作與交流以及機關和直屬單位的外事活動；組織和管理衛生救助工作；協調管理衛生系統信息化，開展智慧健康保障體系建設。
(4)計劃財務部
負責擬訂全市衛生發展規劃，指導區域衛生規劃的編制；負責市級衛生財務管理，安排、使用和管理衛生經費；參與制定全市衛生經濟政策和系統的財務規章制度；參與全市醫療保健服務收費的制定和管理；負責全市衛生統計工作；負責市級衛生基本建設計劃的制定、項目論證、立項和管理，指導縣(市)重大衛生建設項目；負責本局的會計和財務管理；負責市級醫療衛生單位的政府采購管理；負責醫療設備集中采購的實施和日常監管；負責直屬單位法定代表人經濟責任審計和其他審計的具體實施；參與全市城鎮職工基本醫療保險制度的改革和管理；參與醫療衛生機構設置和醫療設備準入管理；負責實施國家基本藥物制度；負責全市衛生財政轉移支付資金的安排、使用和管理。
(5)醫務管理和中藥部
制定地方醫療機構質量和服務標準，監督管理醫療機構的醫療質量和服務質量；負責醫療機構、醫生、護士、醫療技術和醫療設備等醫療服務要素的準入管理；負責醫療糾紛的管理；負責醫療救護、獻血和輸血、征兵和招生體檢的管理工作；制定並組織實施中醫藥和中西醫結合發展規劃，依法管理全市中醫藥(中西醫結合)工作；負責城市醫院支援農村醫療工作(對口支援)；參與醫療機構發展規劃、基建項目審核和衛生經費管理；制定並組織實施全市醫學科技和教育發展規劃；指導全市醫學科學、技術和教育工作；負責管理全市醫學科技計劃、繼續醫學教育、重點學科建設、科技信息、科技成果及推廣。(六)基層衛生和婦幼保健管理辦公室(新型農村合作醫療辦公室)
擬訂社區衛生、農村衛生、婦幼衛生和初級衛生保健的發展規劃、相關政策、建設規範和專項技術標準；負責管理、指導和監督社區衛生、農村衛生、婦幼衛生工作和各類人員的培訓；制定提高出生人口素質的規劃、措施和技術標準；依法監督母嬰保健專項技術的實施；協助人口和計劃生育部門做好計劃生育技術服務、流動人口計劃生育管理和生殖保健服務工作；負責制定流動人口婦女兒童保健管理制度，並組織實施和監督；負責制定全市新型農村合作醫療發展規劃、相關政策和制度，並組織實施和監督；承擔新型農村合作醫療協調小組辦公室的日常事務，協調相關部門推進新型農村合作醫療工作。
(七)疾病控制部門(衛生應急辦公室、公共衛生應急指揮中心)
負責制定傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病和精神疾病的防治規劃和措施，並組織實施；負責制定免疫規劃工作計劃和措施，並組織實施；負責組織傳染病和健康危害的監測，建立預警機制，預防和控制疫情的發生和蔓延；負責法定傳染病疫情管理和突發公共衛生事件的報告和信息發布；負責指導和管理醫療機構的疾病預防相關工作；依法管理傳染病、慢性病、地方病防治工作，組織防治工作的監督、考核和評估；指導疾病預防控制體系和隊伍建設，組織隊伍培訓和管理；組織協調市公共衛生委員會成員單位的工作；組織制定突發公共衛生事件應急預案、工作方案和措施；建立和完善公共衛生事件監測和預警系統；組織突發公共衛生事件演練、應急知識和處置技能培訓；組織協調突發公共衛生事件的應急處理；指導縣(市)應對突發公共衛生事件和其他突發事件的預防控制和應急處理。
(8)衛生監督所
綜合管理衛生監督執法工作，制定地方性衛生執法監督規範、規程、標準和相關規章制度並組織實施；依法對消毒產品、飲用水及涉及飲用水衛生安全的產品實施監督管理；依法實施公共場所、職業、放射和學校衛生監督管理；依法對醫療衛生機構、采供血機構及其從業人員進行監督管理，整頓和規範醫療市場，打擊非法行醫和非法采供血行為；監督檢查《傳染病防治法》、《職業病防治法》等衛生法律法規的執行情況；組織和監督違法違規案件的查處，依法發布衛生監督相關信息，組織衛生執法檢查；承擔衛生執法隊伍的培訓和管理工作。
(9)市衛生委員會辦公室
擬訂全市幹部保健計劃，經批準後監督實施；負責中央領導、知名人士、重要外賓來寧波的醫療保健，以及國際、國家、省、市重大活動的衛生保健工作；負責和管理市衛生委員會確定的保健對象的醫療保健和健康檢查；擬訂幹部醫療保健方案及相關規章制度；負責全市幹部保健部門的業務指導；承擔市衛生委員會的日常工作。
(10)愛國衛生運動委員會辦公室。
根據市愛國衛生協會的決議，制定愛國衛生運動計劃；組織協調市艾薇協會成員單位的工作；負責貫徹和監督本市愛國衛生工作的有關法律、法規和政策；組織和指導全市創建衛生城市(縣)和衛生單位；指導城鄉除四害和健康教育工作；做好愛國衛生運動的科學研究活動、信息交流和經驗推廣工作；承擔愛國衛生運動委員會的日常工作。
機關黨委。負責局黨群工作。