(1)辦公室
負責文電、秘書、機要、檔案等機關日常政務工作；承辦新聞宣傳、政務公開、政務信息、公文管理、信訪、保密、應急、行政管理、安全保衛等工作；承擔重要會議和活動的組織協調和決策事項的監督；負責局機關內部綜合管理、規章制度建設、房地產管理等行政事務；承擔蘇州開放型經濟發展協調領導小組辦公室的具體工作。
(2)綜合辦公室(信息辦公室)
研究經濟全球化、區域經濟合作和現代流通模式的發展趨勢；擬定全市業務發展戰略和實施方案，制定全市業務目標和綜合評價考核辦法，監測分析業務運行狀況並提出意見和建議；承擔業務系統的信息研究，起草業務運作的綜合文稿；匯總編制業務系統的各類統計報表；建立健全商務信息公共服務體系，承擔電子政務和網站管理工作，指導商務系統信息化和電子商務工作。
(3)財務部
貫徹執行國家、省、市財政、稅收、金融和價格政策；參與制定促進全市商業經濟發展的金融政策和措施；調查、跟蹤和分析業務經濟發展的總體運行情況，提出財務建議；負責商務局所轄各項業務和專項資金的具體使用和管理；編制本部門的預算和決算；承擔本部門的財務管理、資產管理、基本建設和內部審計工作；協調處理原下屬單位改制遺留的財務問題。
(四)市場秩序處(生豬屠宰管理辦公室)
帶頭協調整頓和規範市場經濟秩序；負責商務綜合行政執法，建立商務舉報投訴服務網絡；推進商務領域信用建設，引導商業信用銷售，建立市場誠信服務平臺；承擔生豬屠宰行業的管理、監督和執法工作；負責全市儲備豬肉的組織和管理；參與打擊商品流通領域侵犯知識產權行為，組織開展打擊商業欺詐工作；開展“放心肉”服務體系建設；蘇州市生豬屠宰管理領導小組辦公室承擔具體工作。
(5)市場體系建設部
起草完善和規範市場體系的地方性法規、規章和標準，促進流通標準化；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為；研究提出引導各類資金投入市場體系建設的政策，負責商業網點規劃和商業體系建設，推進農村市場和農產品流通體系建設；負責大宗產品批發市場規劃，指導大宗產品批發市場規劃；負責品牌培育和建設；根據有關規定，對拍賣、租賃、舊貨流通、汽車流通等行業進行監督管理；參與市重點商業設施建設項目的論證、監督和管理；負責典當機構設立的審批等具體業務工作。
(6)商業服務管理辦公室
制定現代流通服務業發展戰略，提出優化流通產業結構、深化流通體制改革、促進中小商貿企業發展的政策建議，負責推進連鎖經營、商業特許經營、電子商務、商貿物流配送等現代流通模式的建設和發展；組織開拓城鄉市場，負責全市社區商業的建設和發展，指導流通領域節能降耗工作，指導流通企業改革；負責餐飲業、住宿業、國內展覽業等商務服務業的行業管理；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導再生資源回收管理工作；指導全市行業協會、學會及其他相關社會中介組織的工作。
(7)市場運行調節辦公室(繭絲綢辦公室、酒類管理辦公室)
監測分析市場運行和商品供求情況，進行市場預測、預警和信息發布，提出相應的調控建議；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；承擔重要消費品(肉類、食糖、小包裝食品等)儲備管理和市場調節的相關工作。);牽頭承擔商貿流通業的綜合工作；會同有關部門，做好商貿流通行業的商品質量、商品標準計量和價格管理工作；承擔繭絲綢辦公室和酒類管理辦公室的具體工作。
(8)產業損害調查辦公室(反壟斷辦公室)
貫徹執行國家有關反傾銷、反補貼和保障措施的法律、法規和政策；承擔產業損害調查；評估相關貿易政策的實施對我市產業的影響和效果，提出采取相應措施的建議；建立和完善我市產業損害預警機制；調查產業國際競爭力，指導和協調產業安全應對；受商務部和省商務廳委托，依法對蘇州市經營者集中行為進行反壟斷審查，指導企業開展反壟斷調查。
(9)開發區辦公室(口岸辦)
貫徹執行有關開發區建設的法律和政策；參與制定開發區的發展規劃和相關政策措施；指導、協調和服務全市各類國家級和省級開發區；承擔省級以上開發區設立和撤銷的審核工作；負責全市開發區的統計、運行分析和綜合評價；研究開發區發展動態，為上級提供決策依據；參與海關特殊監管區域相關事宜的協調；負責口岸開放和運營的相關工作；提供港口政策和投資環境的咨詢服務。
(十)對外貿易辦公室
擬定全市貨物進出口相關政策措施；推進以質取勝和市場多元化戰略；指導展銷會、交易會等對外貿易促進活動，推動對外貿易促進體系建設；承擔貨物進出口的統計和運行分析；申報和下達重要工業品、原材料和重要農產品的進出口總量計劃；進出口商品配額和關稅配額年度計劃的實施工作；根據授權，承擔進出口許可證管理的相關工作；負責與各進出口商會的溝通協調；推進進出口貿易標準化和外貿信用體系建設；負責各類企業外貿業務的備案和管理；規範外貿經營秩序，推進出口品牌和出口基地建設；促進國際電子商務的發展；負責與海關、出入境檢驗檢疫部門合作，促進貿易便利化。
(Xi)服務貿易辦公室
擬訂全市服務貿易中長期發展規劃、政策和措施並組織實施；編制全市服務貿易發展年度研究報告；負責服務貿易促進和服務貿易統計；牽頭擬定貿易促進活動年度計劃，主辦相關貿易促進活動；負責全市技術進出口合同的管理；負責全市軟件進出口合同的管理和統計；負責國際物流的推廣，協助省廳做好本市國際貨運代理企業的備案工作；根據分工，承擔涉外知識產權工作；承擔蘇州省級電子口岸相關工作的推進。
(12)機電工業和科技工業司(機電產品進出口辦公室)
貫徹執行國家有關機電產品、高新技術產品進出口和成套設備出口的政策法規；參與制定鼓勵機電產品出口的地方性法規和措施；承擔機電產品和高新技術產品出口體系建設和貿易促進工作；承擔機電產品進出口管理工作；貫徹國家進出口管制政策，依法負責兩用物項和技術進出口許可證的審核；負責全市科技出口創新基地的建設。
(13)外國投資管理辦公室
擬定全市外商投資政策和改革方案並組織實施；研究全市外商投資情況，報告動態和建議；擬訂改善投資環境、促進投資便利化的措施並組織實施；依法審批外商投資企業的設立和變更，審批法律規定的外商投資項目的合同章程和變更；指導全市招商引資工作，參與組織全市重大涉外經貿促進活動，規範招商引資工作。
(14)外商投資企業管理處
負責全市外商投資企業的管理和服務；依法監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規、規章和合同章程的情況；監測外商投資企業的生產經營情況，對實際利用外資情況進行統計分析；承擔加工貿易業務的審批管理；受理和協調外商及外商投資企業的投訴和糾紛；協調解決外商投資企業生產經營中的有關問題；牽頭政府有關部門開展外商投資企業聯合年檢，指導和監督外國企業清算、註銷和合並；指導市外商投資企業協會的工作。
(15)服務外包辦公室
貫徹落實促進服務外包產業發展的法律和政策；參與制定全市服務外包產業發展規劃；會同有關部門制定促進服務外包產業發展的政策措施並組織實施；指導和協調服務外包平臺建設；做好服務外包產業的資金爭取和扶持工作；組織協調服務外包招商和推介活動；加強對各類服務外包企業的管理和服務；承擔服務外包的統計工作；承擔蘇州市推進國際服務外包領導小組辦公室的具體工作。
(十六)外國投資和經濟合作司
依法管理、指導和監督全市對外投資、對外承包工程、對外勞務合作和其他對外合作業務；制定全市人員境外就業政策，依法管理境外就業；承辦境外投資的企事業單位(金融企業除外)的審批；承辦對外承包工程、對外設計咨詢、對外勞務合作和境外就業業務資質的審批；承擔勞務合作項目的審核和境外勞務招聘備案工作；承擔對外援助管理工作，接受國際多邊和雙邊對我市的援助和贈款；推動全市對外經濟合作促進和服務體系建設。
(17)政策法規司(公平貿易司、行政許可服務司)
組織起草相關地方性法規及其實施細則；研究起草業務發展的政策建議，參與起草局機關重要文件；協調執行相關的國家法律、法規、條約和協定；承擔本機關相關規範性文件的審核工作；承辦相關的行政復議和行政訴訟；承辦業務系統的法制宣傳教育；承辦進出口公平貿易相關工作；參與對我市出口商品歧視性貿易政策、法律法規及其做法的調查；建立進出口公平貿易預警機制，依法開展貿易救濟調查，指導和協調我市出口商品反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；指導貿易糾紛的訴訟；承擔蘇州世界貿易組織的相關工作；負責本局的行政許可服務工作。
(十八)外事辦公室
承擔本部門的外事管理、聯絡和接待工作；承辦全市對外經濟貿易出國任務的初審和審批；承辦邀請在本市工作的對外經濟貿易人員及其直系親屬來蘇州的有關工作；負責聯系外國政府或私營經濟部門的經貿合作網絡；配合有關部門協調落實對香港、澳門特別行政區和臺灣省的經貿規劃、政策和措施；承擔新加坡-江蘇合作委員會江蘇秘書處交辦的相關工作。
(十九)組織人事部門
承擔機構編制、人事管理、幹部管理、勞動工資、隊伍建設、教育培訓等工作；負責局機關出國人員的政審和業務系列專業技術資格初審；指導業務系統人才隊伍建設；負責雙擁工作。
(二十)離休幹部。
負責本機關和歸口管理的改制單位退休人員的管理和服務工作。
此外，根據有關規定，設置紀檢組、監察室(合署辦公)、機關黨委。