1884年，法軍入侵臺灣省，章高元與劉銘傳渡海保衛臺灣。“平日苦練，面對敵人會特別絕望。”此時，法軍已占領基隆。基於愛國熱情，他發誓誓死奮戰，並立即帶領部下“夜舞入法軍士兵基地，肉搏戰，鋒芒畢露，法軍士兵死得更多。”在虎威(今淡水)之戰中，章高元率部浴血奮戰，大獲全勝。戰後升任澎湖鎮總指揮，並被授予“改年號為昌阿巴圖魯”的勇名。他奉命開辟臺灣省山區，這是“壹大功績”。1887年，來慶鎮主兵。1892年秋，率武松錢瑩、武松中營、光武錢瑩、光武中營四個營駐守膠澳。章高元進駐膠澳後，修建了膠澳守備衙門、兵營、炮臺、兵工廠、電報局和前海棧橋碼頭，完成了通往膠州的主要道路。近年來，青島港已成為壹個擁有70多家商店的港口城鎮和壹個海防中心。
1894年，中日甲午戰爭爆發，命宋第八營赴遼東增援旅順。末軍，旅困。“我奉命隨宋慶赴前敵，保衛馬嶺，多次與日軍作戰，殺敵眾多，屢戰屢勝。”。1895 65438+10月10日，日軍第二軍入侵遼東半島。為了支援被困在海城的第壹軍第三師，第壹旅的團長少將·乃木希典被普蘭店派往北方。當率領宋第八營、廣和軍與張光潛親清軍第五營會師蓋平時。聽到日本入侵的消息，帶領宋和廣守衛南門，抵抗正面進攻的敵人；遂命張光潛、、楊壽山、營官李任守東門外鳳凰山。10日中午前5點半，日軍分左、中、右三路進攻蓋坪。日軍從正面進攻的中路，在蓋州河南岸遭到張和宋的猛烈阻擊。章高元命令他的部下“集中炮火，派出大炮攻擊它，炮彈雨點般落下”。戰鬥太激烈了，我們進不去。在蓋坪西南龍王廟子的左翼日軍也遭到清軍頑強抵抗，死傷“將校以下十余人”。日軍左右進攻受挫，右路則是集中力量進攻鳳凰山。在激烈的戰鬥中，被宋隔開的楊壽山和李仁當不幸死於槍下。張廣害怕了，率領軍隊撤退。鳳凰山陣地被日軍占領。日本右翼隊伍攻占鳳凰山後，立即渡過蓋州河，從城墻缺口進入城內。“張繞過軍後，就用退攻”；中路日軍從正面進攻，在蓋州南岸大道兩側壹字排開八個城門，隔岸猛攻南門外高兵馬的陣地。章高元陷入了腹背受敵的境地。危急時刻，營口支援的徐邦道龔偉軍第三營趕到，立即對日軍發起反攻。日軍聞風喪膽，清軍乘勢開槍攻擊，日軍傷亡慘重。但此時，已經入城的右翼日軍已經登城向清軍開炮。清軍前後受敵，“全軍受不了，同時失守”，日軍最終攻占了蓋坪。據日本方面自己承認，日軍此次戰鬥是“36死298傷”，是日軍侵華以來傷亡人數最多的壹次戰鬥。
章高元在清軍中以勇猛著稱，每次臨陣退縮都被戲稱為“張油子”。在保衛蓋坪的戰鬥中，他非常頑強。“等子彈打光了，再來個鋒芒畢露的攻擊。”章高元用愛國主義激勵他的士兵，他所有的士兵都勇敢地向前邁進。雖然戰敗，但他的“優良的軍紀是所有部隊中最高的”，“部下不敢做違法的事”。雖然桃子不值錢，但他們沒有私自拿走。在他的指揮下，宋作戰非常出色，給敵人造成了很大的損失。
甲午戰爭後，他再次回到膠澳。1897，11年10月，德國向膠州灣派出遠東艦隊。11月14日，德軍大規模登陸，以“演習”為名占領所有制高點，將槍口對準各地的總兵衙門和炮兵基地，並向章高元發出最後通牒，要求其率部撤離青島。張立即發電報給直隸總督和山東總督:“如何處理？看速度以示合規。”23日，李秉恒回電說:“雖然敵情橫，但清廷絕不會調兵。”章高元知道很難抵抗，被朝廷強迫不要參戰，所以他命令他的士兵暫時撤離到附近的後四方村，然後到滄口。章高元被德國人威脅要在德國軍營談判後，於25日被德國人拘留。被扣押後，爭論不休，繼而聲討，多次試圖扔進海裏，都被德國人制止了。65438+2月3日，被放回軍營。17日，奉命徹底離開膠澳，退守煙臺。青島和膠州灣最終被德國占領。高遠“再三求戰，卒未能到達，激動得不能言表，耳背”，遂稱自己有病，辭了職。第二年2月，他被解職。