(1)，協助院長協調研究生院日常行政工作；
(2)負責各種資金的管理和使用；
(3)、負責月度工作總結、學期工作總結和工作計劃的總結和上報；
(4)、負責信函的管理和使用，信函、文件的管理和歸檔；
(5)負責計算機網絡和信息管理；
(6)、負責對外接待和聯絡，各類會議的組織和安排；
(7)、負責院長辦公會議和全院工作會議；
(8)、負責員工人事工資事宜；
(9)、負責各類物品的管理和使用。
招生辦公室
(1)，組織博士招生；
(二)組織碩士研究生招生；
(三)組織港澳臺地區研究生招生；
(四)組織在職申請碩士研究生招生；
(5)參加江蘇省招生辦公室指定的報名點、考點、評卷點；
(6)參加江蘇省學位辦指定的報名點和考點。
培訓辦公室
(1)，制定或修訂南京大學研究生培養管理的各類規章制度和改革措施；
(2)、制定或修訂全校研究生學科、專業培養計劃，並監督檢查研究生培養措施；
(3)、負責檢查、督促研究生課程教學內容的更新，制定研究生課程建設規劃，組織編寫、資助教材的出版和更新；
(4)、負責研究生的日常教學管理，課程安排，教學計劃實施，組織公共課教學，包括教師招聘、教材訂購和印刷、考試等。；
(5)、負責研究生出國(境)選拔和自費出國留學手續，研究生出國延期和回國恢復學籍，審核和辦理研究生出國成績和學歷證書；
(6)、負責來華留學生資格的審核，外國和港澳臺研究生的學位和課程教學管理；
(7)、負責研究生學籍管理(入學登記、註冊、糧油戶口遷移、發放各種材料)；
(8)、辦理畢業生轉學、休學、復學、轉專業、退學、提前畢業、延期畢業、攻讀碩士學位等手續，並負責畢業生證書、校徽和畢業證書的發放和管理；
(9)、審核研究生助學金的標準，配合財務部做好研究生助學金的日常管理工作；
(10)，定期向教育部和江蘇省教委上報各類統計報表；
(11)，負責評估各部門研究生教育質量，結合本職工作從事學位和研究生教育管理方面的科研工作。
學位管理辦公室
(1)，負責全校博士、碩士學位的資格審查，配合學位委員會組織審批各部門授予的博士、碩士學位；
(2)負責在職人員申請同等學力博士、碩士學位的資格審查和各項管理工作；
(3)負責組織博士生導師的遴選和管理、碩士生導師的審批和管理；
(4)負責優秀博士、碩士論文的評選、獎勵和申報工作；
(5)、負責博士和碩士學位論文的抽樣；
(6)負責各系內外研究生課程的計劃提交、教學管理、經費結算等工作；
(7)、代表學校負責審核研究生課程和培養研究生的驗收和管理。
思想教育與管理辦公室
(1)，根據學校要求，制定研究生思想政治工作的規章制度和計劃，組織實施研究生各類重大宣傳和主題思想教育活動；
(2)、負責研究生德育評估、研究生政審、畢業鑒定和向用人單位晉升；
(3)負責研究生的日常行為管理、生活管理和宿舍管理，參加學校各項學生教育活動；
(4)、負責研究生(優秀研究生、優秀研究生幹部、標兵)的評定和各類獎學金的評獎，以及南大師傳梁毅優秀青年教育基金的管理、評獎；
(5)、負責貧困生工作和各種困難補助；
(6)、會同人事部門，組織實施研究生兼職“三助”工作；
(7)指導團工委、研究生會、各類社團活動和校園文化活動的工作，指導南京大學研究生的編輯發行工作；
(8)、開展省內外研究生社會實踐活動；
(9)、指導各部門開展研究生思想教育活動和教育管理工作；負責全校“畢業生思想政治工作助理”的管理；
(10)，負責各類研究生素質教育工作，組織開展全校範圍的素質教育活動；包括各類校園學術講座、課外科技創新活動和誌願者活動；
(11)，負責全校“研究生勤工助學基金”的管理，結合學校事業發展需要和研究生實際開展研究生勤工助學工作；
(12)，與銀行、醫院合作，負責研究生貸款、醫保、平安保險，包括協助還貸、理賠；
(13)，協助學校做好校園穩定工作，負責處理各類研究生突發事件和違紀事件；
(14)，定期開展研究生思想政治工作調查研究，開展研究生德育和思想政治工作研究；
(15)，負責研究生學風教育和建設；
(16)，負責研究生院網和研究生網信息的監管。
專業學位管理辦公室
(1)，審核招生計劃，組織入學考試；
(2)審核教學計劃，組織教學秩序檢查，制定培訓計劃；
(三)審核學生材料，組織學位授予、證書頒發和管理；
(4)、審核校外導師資格；
(5)審核收費標準，實行共享；
(6)建立日常評估機制，協助教育部開展評估活動。