(1)辦公室。
協助辦公室領導處理日常工作，協調政務；負責會議組織、秘書、檔案、政務信息、保密、信訪、新聞宣傳出版歸口管理工作；組織起草相關綜合報告和文件，辦理NPC和CPPCC的建議和提案；制定本機關的相關規章制度並組織實施；負責辦公室財務和固定資產的管理；組織全國農業勞動模範的推薦評選和全區農業先進集體、先進工作者的評選表彰；指導機關後勤服務工作。
(2)人事部門。
承辦機關辦公事務，管理直屬單位人事、勞動工資和機構編制；組織指導直屬單位事業單位人事勞動制度改革、人事檔案管理、在職人員教育培訓工作；組織起草全區農業科技隊伍建設規劃和相關政策措施；組織全區農業技術職稱、農民技術職稱評審和農業職業技能開發；會同有關部門落實農業行業勞動工資政策；組織全區農業系統勞動工資統計工作；監督和指導直屬單位的安全生產工作；組織協調農業農村人才工作。
(3)政策法規司。
參與研究提出減輕農民負擔的農業產業政策和監管政策法規建議，負責組織起草、修訂、審核涉農地方性法規、規章和規範性文件或提出意見；負責全區農業行政執法的指導、管理、協調、監督及相關工作；負責指導全區農業執法統計、法制宣傳教育和政策法規咨詢；負責組織實施農業行政執法系統和標準化服務項目建設；承辦農業行政復議、聽證和重大行政賠償。
(4)農村改革指導辦公室。
指導全區農村改革，總結推廣經驗，為自治區黨委和人民政府提供決策依據；負責指導全區國家農村改革試驗區和縣級綜合改革試點縣(市)；開展調查研究，起草試驗區農村經濟體制改革試驗方案(試點)；審核各地上報的試點項目和方案，跟蹤、監督和完善實施項目，協調相關部門做好服務工作；負責實驗區(試點)幹部培訓；負責與中央農村改革試點業務的聯系和各省、市、自治區試點工作的交流。
(五)農村經濟體制和管理辦公室。
落實農業和農村經濟發展的有關政策措施，提出引導、支持、保護和調節農業和農村經濟的政策建議；研究提出深化農村經濟體制改革的意見；負責穩定和完善中央在農村的基本政策，如家庭聯產承包責任制和統分結合的雙層經營體制；研究和指導農業社會化服務體系建設；負責組織和指導農業產業化經營；指導農村集體經濟組織的建設、財務會計、資產管理和審計工作；指導農村土地承包、農地使用權流轉和合同管理；組織對農村經濟收支、農民收入和農民負擔的監測，監督減輕農民負擔措施的落實，配合行政執法和涉及農民負擔的案件查處；指導農民專業合作經濟組織建設；負責組織和指導農村社會經濟調查固定觀測點工作。
(6)市場與經濟信息辦公室。
組織制定農產品和農業生產資料市場體系建設規劃並組織實施；組織制定農產品營銷推廣計劃，指導和協調農產品流通；研究制定農村經濟信息系統和農業信息化建設規劃，組織實施並指導信息服務業發展；負責農產品質量安全的綜合協調、歸口管理、監督檢查；組織制定農產品質量安全體系、農業標準體系、檢驗檢測體系和認證認可體系建設規劃和項目計劃，並組織實施；組織無公害農產品、綠色食品、有機食品、名牌產品和優質產品的質量安全認證和監督；組織實施農業標準化建設和“菜籃子”工程建設；組織開展農產品和農資市場秩序監管和打假工作，指導農產品和農業投資者質量安全市場準入管理和農業信用體系建設；負責調查、收集、整理農情動態，處理農業災害。
(7)計劃財務部。
研究起草農業產業政策，組織指導農業產業結構的合理調整和農業資源的合理配置；指導農業資源的調查、區劃和開發利用；研究提出行業發展戰略、中長期規劃和發展計劃；負責農業生產統計和成本調查，對農業經濟發展進行宏觀分析和預測；提出農業和農村經濟發展的財稅、信貸、價格、保險等政策建議；組織農業固定資產投資項目、農業開發示範項目和農業利用外資項目的規劃、計劃管理、審查、申報和監督實施；編制主管部門支農資金投資計劃、直屬機構預算，組織指導本部門、直屬機構國有資產管理，管理和指導直屬機構財務工作；負責並組織本系統及本辦公室直屬單位的審計工作。
(8)科技教育司。
研究提出農業科研、教育和技術推廣的發展規劃、計劃和起草有關規範性文件，組織實施科教興農戰略；組織和指導農業科研和教育體制改革；承擔農業科研和技術推廣項目的遴選和實施，歸口管理農業科技成果，組織農業新品種保護；負責協調和監督農業用地、農業灘塗、農業濕地、農村可再生能源的開發利用和農業生物物種資源的保護管理；組織和指導農業生態環境保護和生態農業建設，促進農業可持續發展；負責農業科技推廣，指導科技試驗示範場(站、所)的工作；協調農業、科學和教育的結合；組織和指導全區農民科技培訓和農村勞動力轉移培訓；指導農業職業院校的教育工作。
(9)對外經濟合作辦公室。
研究提出廣西外向型農業發展戰略、規劃和措施，收集研究國內外農業發展新動態；組織協調農業對外經濟技術交流與合作；負責農業招商引資；負責產業利用外資項目的前期工作，建立外資項目庫；承擔本系統機關和出國人員的審批工作，負責工業技術和管理人員的考察、訪問和出國學習，接待外國專家、學者和官員的來訪，承擔國家下達的援外和智力引進任務。
(10)糧油作物部。
研究提出糧油作物發展戰略、規劃、年度計劃、政策建議、重大技術措施和階段性生產管理意見，制定糧油作物新產品開發和新技術試驗計劃並指導實施；具體負責優質糧油產品質量標準的制定和組織實施；負責基本農田保護區的劃定、保護、監管和質量監測；指導糧油作物內部檢疫、品種審定、種子種苗生產認證和種質資源管理；負責糧食生產基地和項目建設。
(十壹)糖料作物。
研究提出糖料作物發展戰略、規劃、年度計劃、政策建議、重大技術措施和階段性生產管理意見；組織建立和完善糖料作物育種和推廣體系；指導糖料作物種子和種苗的鑒定登記、生產認證、經營許可和進出口審查；制定糖料作物新品種、新技術開發規劃並組織實施；負責國家糖業基地建設項目的申報和實施。
(12)經濟作物司。
研究擬定全區水果、蔬菜(食用菌、瓜類)、茶葉、花卉、麻類、蠶桑、煙葉、中藥材、香料等經濟作物的生產發展戰略、規劃、年度計劃、指導性計劃、政策建議、重大技術措施和階段性生產管理意見並組織實施；研究提出經濟作物的總量平衡、結構調整和區域布局，組織經濟作物新產品開發和新技術試驗計劃的制定和實施；組織協調“菜籃子”生產基地建設；負責組織經濟作物基地(項目)建設和良種選育，指導經濟作物技術推廣體系建設，協調生產、科研和加工的關系；指導全區經濟作物內部檢疫、品種審定和種子(種苗)生產認證工作。
退休人員辦公室。負責機關離退休人員的管理和服務；檢查、監督和指導直屬單位退休人員管理工作；做好離退休人員政治生活待遇的落實工作；組織退休人員開展健康有益的文化體育活動。
機關黨委。負責譚勇直屬機關和事業單位的黨群工作。