為進壹步加強和改進外國公司運輸收入稅收管理和國際航運業對外支付管理，國家稅務總局和國家外匯管理局於2月4日發布了《關於加強外國公司運輸收入稅收管理和國際航運業對外支付管理的通知》(國稅發[2006 54 38+0]139號)(以下簡稱《通知》)。本通知自2002年5時起執行，1。
根據通知，直接或間接向取得航運收入的外國公司支付運費的單位或個人為外國公司應納稅額的扣繳義務人，包括外商獨資船務公司、國家船務代理公司、國際貨運代理公司和其他支付國際航運運費的單位或個人。扣繳義務人在每次對外支付運費前，應當將對外支付的運費總額作為應納稅所得額總額，按照規定的稅串，從納稅人的運費總額中直接扣除應納稅額。同時，扣繳義務人應分別向當地主管國家稅務局(扣繳外國公司船舶運輸收入所得稅申報表)和地方稅務局(扣繳外國公司船舶運輸收入營業稅申報表)報送。
按照我國與其他國家締結的避免雙重征稅、相互免除海運企業國際運輸收入的協定、海運協定及相關協議或英國與其他國家的換文規定，可以享受減免稅的外國公司必須向當地主管國家稅務局申報(外國公司運輸收入免征企業所得稅證明表)，向當地主管地方稅務局申報(外國公司運輸收入免征營業稅證明表)，並提供其他相關證明文件。未申請免稅或未提供相關證明文件的，不得享受免稅待遇。貨代、外企不能及時提交免稅證明的，應先按規定納稅，取得免稅證明後再辦理退稅。
扣繳義務人在國際貿易出口項下向外國公司支付運費時，應當向外匯指定銀行提交完稅憑證或者免稅證明。不能按規定提供完稅憑證或免稅證明的，不得付匯。根據《稅收牧業征收管理法》的規定，扣繳義務人未依法征收稅款的，由稅務機關向貨運代理人和其他納稅人追繳稅款，並處已征收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。
NVOCC的稅收管理
根據《國際梅園條例》及相關規定，中國企業法人和境外國際航運公司在中國境內從事NVOCC業務，應向交通部提出申請並提交相關申請材料，取得《NVOCC經營資格登記證》。《國家稅務總局關於國際無船承運業務使用發票有關問題的通知》(國〔2002〕404號)規定，在中國境內註冊並依法取得交通部註冊證書(無船承運業務經營資格)的貨運代理企業，可以向稅務機關申請領購和使用國際海運專用發票。
有壹段時間，關於無船承運業務收入應按照交通運輸業營業稅(稅率為3%)還是服務業營業稅(稅率為5%)繳納的問題，成為爭論的焦點。
認為應按照運輸業稅目納稅的人認為，從事無船承運業務的貨代企業作為承運人接受托運人的貸款，自行簽發提單或運輸證明，向托運人收取運費，承擔承運人的責任，從事運輸經營活動。因此，應根據交通運輸稅項目納稅。
認為應按照服務業稅目納稅的人認為，交通運輸業是指利用交通工具或人力、畜力將貨物或旅客運送到目的地，使其空間位置發生轉移的經營活動。NVOCC雖然在NVOCC業務中充當承運人，但並不從事稅法規定的運輸經營活動。在商業活動中，NVOCC只以自己的名義而不是以承運人的名義簽發提單。雖然其收入被稱為運費，但其實際收入仍然是提供運輸作業的組織活動所獲得的服務費收入，無論貨運代理的收入是代理服務費收入還是其他服務費收入。因此，NVOCC商業仍需按服務稅目征稅。
隨著貨運代理企業規模和實力的不斷擴大，其業務範圍也在不斷擴大。部分貨運代理企業除貸款、運輸代理業務外，還從事運輸、倉儲等經營活動。這些經營活動雖然都要繳納營業稅，但屬於不同的營業稅稅目，稅率不同。根據稅法規定，貨運代理企業和納稅人有不同稅目應稅行為的，應當分別核算不同稅目的營業額；不單獨核算營業額的，適用較高的稅率。因此；貨運代理企業應分別核算各項經營活動取得的收入，避免因會計處理不當而多繳稅款。
此外，貨運代理人從事財產租賃、貨物運輸或者倉儲等經營活動的，應當繳納印花稅。如機動車輛、機械設備、船舶等。屬於出租的，按財產租賃合同金額的千分之壹繳納印花稅。從事貨物運輸的，按貨物運輸合同金額的0.5 ‰繳納印花稅。從事倉儲保管業務的，按照倉儲保管合同的三分之壹繳納印花稅。貨運代理中，未開合同只開單證，或者合同不規範的，應當按照實際計算的金額繳納印花稅。
另外，2065438+2003年8月增值稅提高6%，貨代需要根據船公司多收的費用適當調整運費價格。