農牧局的主要職能是:
1、國家農業法律法規和黨在農村的有關方針政策的貫徹執行情況；
2.指導農牧業社會化服務體系建設、農畜產品商品生產基地建設和無公害農產品生產；
3、研究和協調農畜產品市場體系、農牧業生產資料市場體系的建設；
4.制定並組織實施農牧業新技術、新品種的引進和推廣計劃，組織農牧業發展項目的選擇和實施，發展農牧業教育和職業技能；
5、指導實施全縣農業生產的防災、抗災、救災工作。
6.承擔提高農畜產品質量安全水平的責任，依法開展農畜產品質量安全風險評估，發布農畜產品質量安全狀況信息，負責農畜產品質量安全監測；負責審核農牧業轉基因生物的生產和加工；會同有關部門組織實施農畜產品質量安全國家評價標準；指導農牧業檢驗檢測體系建設；依法對符合安全標準的農畜產品實施認證和監督管理。
7.組織協調農業生產資料市場體系建設，依法開展農作物種子(種苗)、草種、畜禽、農藥、獸藥、飼料、飼料添加劑的生產銷售審核和監督管理；負責醫療器械及相關肥料的監督管理；組織飼料資源的保護和合理開發利用；負責飼料產品質量安全管理；負責農業機械產品質量的監督管理。
8、負責農作物病蟲害和牲畜疾病的防治，會同有關部門制定東芝防疫檢疫措施，並組織實施；負責指導動植物防疫建議體系建設，組織監督全旗動植物防疫檢疫工作，負責疫情發布和組織撲滅工作；負責組織職業檢疫性有害生物普查；負責獸藥、獸藥和生物安全；負責執業獸醫的管理。
9、承擔農牧業防災減災責任，負責監測和發布農牧業災情，組織儲備和調撥種子、化肥等救災物資；對生產救災資金的安排和使用提出建議，指導搶險救災和災後生產恢復。
10，負責農牧區經濟信息工作管理，負責農牧區信息系統建設；監測和分析農牧區經濟運行情況，開展農牧區統計，發布農牧區經濟信息，指導農業信息服務。
11，負責制定全旗農牧業科研和技術推廣的規劃、計劃和相關政策，會同有關部門組織農牧業科研創新體系和生產技術體系建設；根據分工組織實施農牧業重大專項科學研究；組織實施農牧業領域高新技術、農牧業科研成果轉化和技術推廣，負責促進農牧業貿易及相關的經濟技術交流與合作；指導農業技術推廣體系改革和建設，負責農牧業新品種保護和農牧業轉基因生物安全監督管理。
12.組織指導農牧業教育和農牧業職業技能開發，參與實施牧區實用人才培訓項目，會同有關部門承擔牧區勞動力轉移就業培訓；配合有關部門依法實施牧區人才專業技術資格和職業資格管理。
13，指導農牧業用地、草地、宜農宜牧灘塗、宜農宜牧濕地的保護措施，並指導實施，依法管理耕地和基本農田質量保護措施，並指導實施，依法管理耕地質量；利用工程設施、農業、農機、生物發展節水農業。
14，負責實施農牧業生態建設規劃、草原生態建設保護和建設規劃，指導草原保護、建設和合理利用以及草原生態工程的組織實施，指導牧區可再生能源綜合開發利用；指導農牧區發展生物質產業節能減排，承擔農牧區水汙染治理相關工作；引導發展生態農牧業和循環農牧業。
農牧局是主要管理種植業、畜牧業、農業科技教育、農業管理和農作物種子管理的職能部門。
具體工作內容包括:
1，農牧局主要依靠經濟、法律、行政手段，通過調節市場來指導全縣農牧業生產，使農牧業生產從單壹的生產管理形式走向壹體化的管理和服務模式；
2、從過去的農業生產指標、計劃、壓力任務轉變為統籌規劃、提供服務和監督檢查；
3、將檢驗、培訓、咨詢、技術指導、監督管理、科學技術普及等具體業務移交給局相應機構，進壹步強化政策法規、市場信息、質量標準、科技服務等管理職能。