(1)辦公室
負責文電、會議、機要、政府信息、檔案等機關的日常運行；承擔綜合報告、文件起草、政務公開和保密工作；負責後勤保障、資產管理、聯絡接待、綜合協調、監督等工作。
(二)執法監督處
負責研究全市交通發展戰略和產業政策；負責地方交通規範性文件的調研、論證、起草和協調工作；負責咨詢交通法律法規；負責交通行政執法監督檢查和交通行政復議及訴訟；指導交通行業法制工作；負責治理公路“三亂”工作；負責交通行政審批的監督管理。
(3)綜合規劃科
負責編制全市綜合交通運輸體系規劃；編制全市交通行業發展規劃，參與物流業發展規劃；負責省廳交通行業下列項目的初審和規劃審批；負責全市交通工程可行性研究報告的審查和上報；承擔相關規劃和交通建設項目的初審和申報工作；負責全市公路、水路、港口、碼頭的綜合統計和信息工作。
(4)財務科
執行交通行業的財務會計規章制度；指導局直屬單位的財務工作，檢查監督全市交通系統的財務工作；指導全市交通規費的征收和管理工作；負責局機關直屬單位國有資產保值增值監管和專項控制商品審計；負責全省下撥資金的管理和使用；負責我局專項資金管理和與利用外資、融資相關的財務工作。
(5)施工管理部
指導交通基礎設施建設和維護；負責全市交通工程初步設計的編制、審查和上報；指導工程招投標、施工許可、質量監督、工程造價和工程竣工驗收；負責公路水運建設市場的管理；負責全市交通基礎設施項目的資金引進和融資；承擔工程技術咨詢、交流、引進和推廣；負責交通工程的招商引資。
(6)行政審批科
負責公路建設項目預算(本市投資)、公路建設項目施工許可(縣道、鄉道)、占用挖掘公路(縣道、鄉道)、超限運輸車輛行駛公路(縣道、鄉道)、鐵輪車、履帶車行駛公路(縣道、鄉道)、砍伐更新行道樹(縣道、鄉道)、道路運輸、道路。牽頭組織行政許可和行政審批事項的勘查、論證、檢驗、檢測、認證、審核和申報(含年檢、年檢和收費)；負責行政審批決定的送達和行政許可證件的發放和管理；負責行政審批的行政訴訟；負責制定和完善本部門和行政審批事項的工作制度和流程，以及行政審批專用章的使用和管理。
(七)科技教育處(宣傳處牌子)
擬訂公路水運管理、科技、教育等方面的政策，制定中長期發展規劃和年度計劃，並監督實施；組織重大科技項目的研究、推廣和應用；承擔開展對外交通科技合作與交流；承擔相關標準、質量和計量工作；承擔綜合交通運輸體系相關標準的協調工作。
(八)交通戰備處(牡丹江交通戰備辦公室牌子)
擬訂全市國防和邊防公路水路中長期發展規劃和年度計劃；承擔戰備公路、水路建設和維護的組織實施工作；負責公路、水路運輸戰備物資的儲存和調撥；指導、檢查、監督國防交通工作，協調處理有關問題。
(9)安全穩定監管科(應急辦)
負責安全生產方針、政策和法規的貫徹執行；負責全球安全工作；負責全市公路、水路和道路運輸業的安全管理、指導、檢查和監督；依法組織或參與相關事故調查和傷亡事故統計分析；負責各類交通突發事件的指揮、組織和救援；負責各類交通應急預案的制定、演練、啟動和指揮；負責全面信訪工作。㈩信息科
負責貫徹執行國家、省、市有關信息工作的政策法規，落實安全和防病毒工作；負責全市交通系統信息化管理以及與相關部門的聯絡和協調；負責制定全市交通信息化的中長期發展規劃、年度工作計劃和規章制度；負責交通局局域網的建設、維護和管理；負責交通信息公開；維護和更新交通政務公開信息；組織編制信息披露指引、信息披露目錄和年度信息披露報告；對擬披露的信息進行保密審查；承擔交通行業信息化建設和信息資源開發利用管理工作。
(十壹)建設資金監管科
執行國家、省、市審計規章制度和監督管理交通基本建設資金；負責全市交通專項資金的審計和局直屬單位行政首長的離任審計；指導交通系統審計工作；負責對全市交通系統的財務收支、經濟效益和投資項目進行審計監督。
(十二)人事勞動司(組織部牌子)
承辦機關及直屬單位的機構編制、人事、勞動工資和幹部管理工作；負責專業技術人員的繼續教育；負責離退休幹部的統籌管理；指導交通行業人才隊伍建設；承辦智力引進和對外勞務工作；負責交通行業職業資格和職業技能鑒定的資格申報、註冊和登記管理；負責交通從業人員的資格培訓、繼續教育、考試和資格證書發放。
(十三)紀檢監察
檢查監察局隸屬於各級黨組織、職能部門和各級黨員幹部、監察對象，執行黨的憲法路線、方針、政策、決議和國家法律、法規、決定、命令；受理對黨員幹部和監察對象違反國家法律、法規和黨紀政紀的舉報和投訴，並作出相應處理決定；受理對黨紀政紀處分的申訴；加強黨風廉政建設和黨風黨紀法律法規教育。(十四)工會
組織和教育職工依照法律規定行使民主權利，參與本單位的民主管理和民主監督，組織職工開展社會主義勞動競賽；開展群眾性合理化、技術革新和技術協作活動；對員工進行各種教育，提高員工素質，負責員工勞動模範、先進生產者(工人)的培養、推薦、評選、宣傳教育。
(15)機關黨委
負責召開黨支部委員會和黨支部總黨員大會，了解和掌握黨員的思想、工作和學習情況，搞好支部學習，按時召開生活會，組織開展“基層滿意，當好人民公仆”活動。
(16)團委
指導共青團的全面工作，組織共青團開展各項學習；加強青年團的組織建設，發展團員，收取團費，組織青年團開展各種活動。