1955，第壹輕工業部發酵工業科學研究所在北京成立；
1960年，輕工業部食品工業研究所內的食品室與輕工業部發酵工業研究所合並，輕工業部食品發酵工業研究所在北京成立。
1969年底，輕工業部食品發酵工業研究所奉命遷至江西，更名為輕工業部食品發酵工業研究所、江西省食品發酵工業研究所；
1979年，國務院批準遷回北京，恢復輕工業部食品發酵工業研究所；
1995根據中央機構編制委員會辦公室1995 65438+10月19關於中國輕工業聯合會所屬事業單位機構編制的批復，機構更名為中國食品發酵工業研究所；
1999根據科技部《關於印發國家經貿委管理的10國家局科研機構轉制方案的通知》，我院轉制為中央直屬大型科技企業；
2002年更名為中國食品發酵工業研究所；
2003年後並入中國輕工業集團公司。下設食品工程研究部、發酵工程研究部、釀造工程部、標準與信息部、質檢部、國際合作與貿易發展部等下屬企業——北京法綜合經營部、北京鐘石化工工程設計咨詢公司。
擁有國家級中國工業微生物保藏中心(CICC)和國家食品質量監督。
檢驗中心、國家食品發酵標準化中心、國家食品發酵工業科技信息中心、國家食用菌研發中心，並具有工程咨詢和進出口業務代理資格。蔡:中國食品發酵工業研究院院長。
董守成:中國食品發酵工業研究院黨委副書記
張金澤:中國食品發酵工業研究院副院長。
程池:中國食品發酵工業研究院副院長。
張五九:中國食品發酵工業研究院副院長。
宋全厚:中國食品發酵工業研究院副院長。
王傑:黨委副書記、科技發展部部長。
黃雨桐:中國食品發酵工業研究院副院長；主席:蔡。
成員:張五九熊正和張金澤宋全厚王傑
程池黃雨桐塗順明裴江森劉玲
王義京龔淑麗李宋張旺
程勁松、、郭、段、潘興昌食品工程技術:飲料、植物蛋白、食品添加劑、食品安全、食品高新技術裝備的開發與應用；
工業生物技術:釀造、調味、酶制劑、有機酸、氨基酸、糖資源、蛋白肽資源、食用藥用真菌、環保綜合利用、節能降耗清潔生產、工程設計等。在工業生物技術、微生物菌種資源管理和開發領域，該研究所擁有全套儀器設備，包括進口-80℃超低溫冰箱、液氮保存和液相色譜、氣相色譜、微生物自動分析Biolog鑒定儀、PCR儀等。，從菌種保藏、分類鑒定、育種、開發應用、分子生物學評價分析，到發酵實驗室、中試工廠基地。擁有板框過濾、超濾濃縮、旋轉蒸發、連續色譜分離設備、噴霧幹燥、真空冷凍幹燥等各類搖瓶機、發酵罐，以及工業微生物發酵、下遊操作技術和產品檢測的多種中小型儀器設備組合，以及2萬億企業網絡專線，與國家自然科技資源e平臺相連，實現國家工業微生物資源平臺全國聯網資源共享和在線監測管理系統，是國家工業微生物資源管理系統。
在釀酒科技攻關基礎設施方面，實驗室研究設施齊全，設備完善，包括離子色譜、氣相色譜/質譜、液相色譜/質譜、原子吸收、蛋白質分析、氨基酸自動分析、DNA測序、PCR、超速離心機、微操作系統等儀器，以及進口啤酒中試放大設備和小型啤酒生產車間，在國內釀酒研發行業均屬壹流。
研究所形成了壹支學術水平高、結構合理、攻關能力強的科研隊伍，由歸國博士後、博士、碩士和具有豐富工程實踐經驗的中青年科研人員組成，國內著名學者組成的專家組組成了“專家技術委員會”。研究院不僅能勝任各學科的研究課題和任務，而且在該領域的基礎研究、理論創新和工程方案、裝備與控制等方面具有壹定影響力，具有多項目技術集成和推廣應用能力。該所註重以市場化方式整合和完善現有技術成果，積極搭建食品發酵工程基礎研究、技術開發和成果工程轉化的應用平臺。與相關行業協會保持了良好的合作基礎，緊密結合行業、企業和市場的直接需求，積極承擔行業大中型企業的科研開發任務，使項目的研究出發點始終基於市場發展需求。在成果轉化形式上，由過去單純的局部技術成果轉讓，逐步轉變為實施整體工程成果、重點產品出口和關鍵技術資本化，聯合組建企業工程技術開發中心、技術投資控股公司和合作開發企業。
特別是近10年來，中國食品發酵工業研究院作為國家綜合性R&D機構，以“創新發展服務業”為核心理念，全力打造公共服務平臺和科技創新平臺，努力為推動行業技術進步和產業結構調整發揮積極作用，為建設創新型國家和社會可持續發展貢獻力量。獲得30多項專利；已完成350多項國家標準、260項行業標準和20項軍用標準。是發酵工程碩士學位授予單位。承擔了國家高技術研究發展計劃(863計劃)、國家十五計劃、國家十壹五計劃、國家科技基礎平臺項目、科技部社會公益項目、科技部國際合作項目；科技部科研院所技術研發專項基金項目、北京市科委國際合作項目；商務部援建的培訓班，商務部中小企業市場開拓資金批準的項目；承擔國家標準和行業標準的制定任務，承擔國家質檢總局、國家工商行政管理局、國家美國食品藥品監督管理局下達的任務，以及CNCA的項目。