因為這次飛行沒有交會對接任務，神六為了這個功能取消了附加段。此外，飛船增加了40多個設備和6個軟件，使設備和82個軟件的數量超過654.38+萬。
神六的改進大致可以歸納為四個方面:
第壹，圍繞兩人多日任務的改進。首先，準備了充足甚至過剩的航天員消耗品，包括食物、水和睡袋。食品櫃放在軌道艙裏，以前是空著的。按照每人每天壹個半熱水瓶的用水量，航天員的水是用水箱和單獨的軟包裝準備的。其次，提高了駕駛艙的環境控制能力。壹個人壹天呼出近壹升水。神六提高了凝結水汽的能力，擴大了凝結水箱，在所有裸露的管道上貼上了吸水材料，保證飛船的濕度控制在80%以下。艙內的氧氣、溫度和濕度可以自動感應和調節。
第二，軌道艙功能和用途的改進。宇航員的生活必需品很多，比如食物加熱裝置、餐具等。軌道艙裏掛著壹個睡袋，供兩名航天員輪流休息。在失重狀態下，人其實可以在空中睡覺，但考慮到地面人的習慣，通過睡袋人為制造壹種“床”的感覺，否則宇航員睡覺時可能會有墜入深淵的錯覺。軌道艙裏還有專門的清潔櫃，宇航員可以用濕巾等物品進行清潔。這是第壹次使用集尿器。
第三，提高航天員的安全性。返回艙的航天員座椅設計有著陸緩沖功能，這是為了在推力火箭出現故障時保證航天員的安全。在神舟五號飛船中，只有楊利偉乘坐的座椅具有著陸緩沖功能，而且有壹個小缺陷，就是座椅升級後宇航員很難在返回前看到舷窗外的情況。神六重新設計了緩沖器，結合全船進行了反復試驗。從塔上和飛機上投下的三次試驗每次都成功。如果返回艙和軌道艙之間的艙門在返回時沒有關緊，就會威脅到航天員的安全。三名宇航員在俄羅斯遇難。神六科研人員成功研制出艙門密封快速自動檢查裝置，並歷時數月研制出壹種專用抹布，不產生纖維、靜電、異味，專門用於清潔艙門。
第四，持續改進。中國載人航天工程於1992年正式啟動，至今已13年。飛船上原來用的壹些部件和原材料已經不生產了，有些技術也有點過時了。神六做了壹些日常的持續改進。比如神舟壹號到神舟五號上的“黑匣子”是1994年研制的，存儲容量只有10兆。如今黑匣子的存儲容量不僅比原來大了100倍，數據的讀寫速度也提高了10倍以上，體積卻不到原來的壹半。
神舟六號飛船的組成
軌道艙:“多功能廳”
神舟飛船軌道艙為圓柱體，全長2.8米，最大直徑2.25米。壹端與返回艙連接，另壹端與空間對接機構連接。神六的軌道艙之所以叫“多功能廳”，是因為除了起飛和返回的時候，其他時間兩位航天員都在軌道艙裏。軌道艙集工作、吃飯、睡覺、洗漱、方便等多種功能於壹體。
逃逸塔:保證飛船的安全。
逃逸塔:位於飛船前部，高8米。它實際上是由壹系列火箭發動機組成的小型運載火箭。運載火箭的火箭發射前900秒到發射後160秒期間？火箭的運行距離從0到100公裏不等。在緊急情況下，這個救生塔將緊急啟動，將神舟六號飛船的返回艙和軌道艙拖離火箭，迅速逃離危險區域，通過降落傘降落到安全地帶。
軌道艙:宇航員的“家”
軌道艙:也稱為工作艙。它的形狀是兩端有錐角的圓柱體，是航天員的“太空臥室”和“工作間”。它還具有航天員生活艙和軌道實驗艙兩種功能，所以又叫軌道艙。軌道艙裝有多種實驗設備和儀器，可用於對地觀測，其兩側裝有可伸縮的大型太陽能電池帆板、太陽敏感器、各種天線和各種對接結構，用於將太陽能轉化為航天器能量，並與地面進行通信。作為航天員的“太空臥室”，軌道艙的環境非常舒適，艙內溫度壹般在17到25攝氏度之間。
返回艙:宇航員的“駕駛室”
返回艙:又稱座艙，是航天員的“駕駛室”。它是供宇航員往返太空的船艙。這是壹個封閉的結構，前面有壹個艙口。“神舟六號”完成繞地球飛行任務後，兩名宇航員也將乘坐返回艙返回地球。
推進模塊:也稱為儀表模塊。通常安裝推進系統、電源、軌道制動，並為宇航員提供氧氣和水。推進艙兩側還裝有面積超過20平方米的主太陽能電池帆。
為什麽選擇秋季上市？
晨報綜合新華社細心的人會註意到，兩年前的這個時候，中國第壹艘載人飛船神舟五號成功發射。今年神六發射恰逢金秋時節，是巧合嗎？不會。這是因為秋季的氣象條件最適合中國發射載人飛船。
航天器發射季節的選擇要考慮可能影響發射的各種因素，其中氣象條件是最直接、最關鍵的決定因素。
航天器入軌後，空間TT&C網絡將對航天器進行TT&C管理。如果把神舟飛船比作飛向太空的風箏，那麽太空TT&C網就是重要的風箏線。中國的空間TT&C網絡由幾個TT&C地面站和四艘王源空間測量船組成。這四艘調查船是太平洋上的王源1號和王源2號，印度洋上的王源4號和大西洋上的王源3號。其中，三艘調查船都在緯度相對較高的南半球。
南半球的季節與我國正好相反。我國春夏季節是南半球的秋冬季節，海況惡劣，即使正常航行也難以保證安全，更別說在海上執行測控任務，不適合發射航天器。我國秋冬季節是南半球的春夏季節，海況好，便於航行和調查任務。因此，我國神舟壹號至神舟五號飛船的發射時機選擇在與南半球相反的秋冬季節。
此外，相對於秋季的冬季，雖然2002年6月30日發射的神舟四號打破了我國低溫發射的歷史紀錄，但在載人航天中，以人為本、充分保障航天員安全成為發射的最大特點，因此發射段的氣象條件也非常重要。顯然，秋天比冬天更適合。因此，兩年前的神舟五號和今年的神舟六號載人飛船都選擇在秋季發射。
在中科院空間環境預報中心研究員龔建存看來，“今年已經接近周期的底部。預計神六飛行期間太陽活動穩定，適合人類太空活動。”
龔建存說，人們已經掌握太陽活動周期為11年，2000年為高峰，2006年為低谷。因此，今年太陽活動異常的頻率較低，總的趨勢有利於人類的空間活動。神舟六號將在“好天氣”飛行。