辦公室下設綜合科(保衛科)、秘書科(宣傳部)、機關財務部。組織編制流域或者跨省(自治區、直轄市)的江河湖泊綜合規劃及相關專業或者專項規劃，並監督實施；負責流域管理範圍內水工程建設規劃同意制度的組織實施；組織開展流域控制性水利工程、跨省(自治區、直轄市)重要水利工程和中央水利工程的前期工作。根據授權，負責流域內相關規劃和中央水利工程的審批及相關水利工程的合規性審查。地方大中型水利工程的技術審計；審批委托的基礎設施建設項目。提出中央水利項目、前期水利工作和流域直屬基礎設施項目的年度投資計劃並組織實施。指導珠江河口的治理和開發；組織和指導流域內水利規劃建設項目後評價工作。組織實施流域防洪示範工作。負責流域水利統計；根據指導流域內農村水利和農村水電資源開發的規定，引導農村水電電氣化和小水電代燃料；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
策劃部有策劃部和策劃部。根據《水法》和其他有關法律法規，制定流域水利政策法規，負責職權範圍內的水行政執法、水行政監督和水違法行為查處；負責省際水事糾紛的調解；組織指導依法行政，規範行政許可工作，承辦行政復議和行政訴訟；組織實施取水許可制度和水資源有償使用制度的實施和監督；組織編制水資源專業規劃並監督實施；組織和指導流域水資源的調查、評價和監測；組織制定流域跨省水量分配方案，監督水資源調度的實施；組織或指導流域內重大建設項目的水資源論證工作；參與指導和協調飲用水源保護、流域地下水開發利用和保護工作。指導流域內地下水和非傳統水資源的開發利用以及流域內城市供水、節水和汙水處理回用；組織編寫和出版流域水資源公報；指導流域內地方節水和節水型社會建設。承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
水利部(水政監察總隊)下設水資源管理司、政策法規司、水政監察司(水政監察總隊辦公室)。研究制定財政管理、預算管理、政府采購管理、國庫資金集中支付管理、國有資產監督管理的規章制度並組織實施；負責編制中央水利部門預決算並組織預算執行，提出中央水利非建設性財政資金安排意見，研究制定水利預算項目規劃並組織實施；負責事業單位財政資金支付、政府采購和中共中央國有資產及經濟合同的監督管理；根據規定或授權，負責跨省(自治區、直轄市)的流域控制性水利工程和中央水利工程的國有資產運營和監督管理；參與中央直屬和中央直屬項目水價、電價管理的相關工作；承擔中央水利資金的監督檢查和績效評價；承擔本級委機關的財務管理和會計工作，指導委機關和直屬單位的財務管理和會計工作；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
財務部下設預算管理科、資產管理科和財務科。組織制定和實施委人才規劃，負責直屬單位領導班子和幹部隊伍建設及幹部監督，承擔委和指導直屬單位人事管理、勞動工資和社會保險工作；負責組織管理；承擔委托幹部的日常管理工作；組織制定委管幹部和委機關幹部培訓計劃，監督實施，指導直屬單位職工教育培訓和職業技能開發；負責人事勞動統計；歸口管理委員會的表彰和獎勵工作；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
人事部下設幹部科、綜合與勞資科、人才與培訓科。負責協調和處理與國際河流有關的外交事務；負責外事工作，歸口管理涉港澳水務相關工作；負責水利科技和質量技術監督工作；制定科技發展規劃；組織重大科研和技術引進項目的申報和歸口管理；組織科技成果的推廣；組織重大學術交流活動；參與制定水利行業技術標準並監督實施；組織科技成果的鑒定和評估；組織科學技術獎的評審，負責省(部)級科學技術獎的推薦；歸口管理對外科技經濟合作與交流；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
國際河流與科學技術部下設國際合作部和科技管理部。指導流域內河流、湖泊、河口、灘塗的管理和開發；按照規定的權限，負責流域內水利設施、水域和岸線的管理和保護，以及重要水利工程的建設和運行管理；根據授權負責流域內水利工程的質量監督；指導流域內水利建設市場的監督管理；在授權範圍內負責河道管理範圍內建設項目的審批和監督管理；負責組織授權範圍內建設項目的洪水影響評價和審查；負責授權河段采砂管理，指導和監督流域采砂管理相關工作；指導流域內重要水利工程的移民管理工作；基礎設施建設管理的歸口管理；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
建設管理辦公室下設建設管理科和工程管理科。指導和協調流域水土流失防治工作。組織開展重點防治區水土流失的預防和監督管理工作；負責實施流域內中央投資的水土保持建設項目，指導和監督流域內國家重點水土保持建設項目的實施。組織編制流域水土保持規劃並監督實施。負責監督檢查國家批準的流域內大中型生產建設項目水土保持方案的實施。組織開展流域水土流失動態監測、預報和公告。指導流域內地方水土保持工作；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
水土保持部門有綜合部和監督部。參與指導國家農村水利專項規劃的編制和實施；組織開展流域農村水利省級專項規劃、重大項目前期工作的咨詢、技術審查和相關水資源論證；組織對流域內重點農村水利工程進行專項檢查監督，對流域內反映的農村水利相關問題進行調查，提出處理意見；組織開展流域內農村水利重大政策研究和農村用水形勢分析；負責流域內農村水利相關數據的統計、分析和匯總；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
農村水利部門有農村水利部門和監督管理部門。指導流域內水利安全生產工作，負責委內安全生產和委直管水利工程的安全監督；根據授權，組織和指導流域內水庫、水電站大壩等水工程的安全監督檢查；負責委內生產安全事故的統計和報告；承擔安全生產領導小組辦公室的日常工作；開展流域內中央投資水利建設項目檢查；應急管理的集中管理；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
安全監督部下設安全生產部和檢查部。負責珠江防汛抗旱指揮部的日常工作；組織、協調、指導和監督流域防汛抗旱工作；組織、協調和指導臺風、山洪等災害防禦和城市防洪工作；組織或者參與制定流域防洪方案和洪水調度方案，並負責監督實施；按照規定和授權對重要水利工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度；負責流域內蓄滯洪區洪水影響評估，指導和監督流域內蓄滯洪區的管理和補償；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
防汛抗旱辦公室下設綜合部、調度部、工程減災部。根據國家有關政策、法律、法規，履行監督、處罰、教育和保護職能。監督檢查國家法律、法規、政策、決議、命令的執行情況，查處違法違紀行為。受理對被監察對象違法違紀行為的舉報和投訴，受理被處分人員的投訴；組織開展廉政教育。組織制定各項內部審計規章制度，對投資計劃、預算和專項資金的使用進行審計監督；審核所屬單位負責人任期(離職)情況；審計嚴重違反財經紀律的行為。承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
監察室(審計局)有壹個綜合科。貫徹黨中央、國務院關於離退休幹部工作的方針、政策，組織制定實施辦法；組織落實離退休幹部的政治生活條件，引導離退休幹部發揮積極作用；參與本委離休幹部基金的管理；負責委機關離退休幹部的日常服務管理；組織委員會離退休幹部開展文化體育活動；指導掛靠單位離退休職工的管理工作；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
退休工人管理處有壹個綜合部。直屬機關黨委宣傳貫徹黨的路線、方針、政策和上級黨組織的決議、指示；負責委機關和直屬單位的黨建工作；負責精神文明建設和思想政治工作；領導工會、* *共青團和婦聯的工作；指導各級黨組織開展對黨員和黨員的教育、管理和統戰工作；負責全國委員會精神文明建設規劃，並組織相關活動；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
直屬機關黨委有直屬機關黨委辦公室和直屬機關團委。負責委員會內的工會工作；組織員工參與和討論國家事務；維護員工的合法權益；建立長效幫扶機制，為困難職工排憂解難；開展群眾性文化體育活動；協助和督促有關部門做好勞動安全衛生和社會保險工作；承辦上級部門和委員會領導交辦的其他工作。
中國農林水利工會珠江委員會設有工會辦公室。