(1)辦公室
負責文秘工作、會議組織、機要檔案、綜治維穩、信訪接待、電子政務、行政後勤等局機關日常行政事務；協調局機關各部門(辦公室)的工作；負責重大事項和決策的總體監督；負責承辦NPC代表和CPPCC委員的建議；負責本局的財務會計工作；負責管理全市商務發展資金、外貿發展資金和招商引資資金；由上級業務主管部門負責我市業務扶持資金的綜合管理；負責局直屬單位的資產和財務監管。
(2)政策法規司(市場秩序司)
牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序，推進商務領域信用建設，引導商業信用銷售，推進商務領域“誠信經營”示範活動，建立市場誠信服務平臺；參與組織打擊侵犯知識產權和商業欺詐行為，負責全市商業系統知識產權保護工作；負責國內外貿易、國際經濟合作和外商投資法律法規的研究、宣傳和實施；負責全市重大經貿協議、合同、章程和重大糾紛的研究和協調；組織起草相關地方性法規和規章；負責本局的行政復議和行政訴訟；負責政務公開和政府信息公開、行政審批改革、權力運行規範等工作；負責局機關和直屬單位的法律法規培訓；指導商務行政執法。
(3)綜合調研與宣傳部門
研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代貿易流通模式的發展趨勢，提出對策和建議；研究國內外商貿流通和管理體制改革，對重大問題提出意見和建議；研究分析國內外貿易和國際經濟合作形勢，研究提出完善現代市場體系的綜合性政策建議；負責起草局大型綜合材料；負責全市商業系統信息的統計分析、新聞發布和宣傳工作；負責指導和管理國內外貿易經濟學會的工作。
(4)外國投資促進辦公室
貫徹執行國家、省、市有關外商投資的政策和法規；擬訂全市外商投資中長期發展規劃、產業定位點和規劃布局建議；負責制定全市對外投資活動規劃；負責招商引資宣傳材料的制作；組織和參與國家、省、市招商活動；負責招商引資客戶群的建設；負責國內外招商活動的歸口管理和協調；負責外商的接待、洽談和考察；參與協調和指導全市高新技術、經濟技術開發區的相關工作；牽頭組織招商中介機構的認定和獎勵實施；負責管理以市政府名義聘請的商務顧問和全球投資代理人。
(5)外商投資管理服務辦公室
負責重大變更(增資、減資、轉股、合並、分立等)的審批。)在市商務主管部門權限內的外商投資企業合同、章程和法律特別規定中；負責審核上報國家規定限額以上外商投資企業合同、章程的重大變更、限制投資和法律法規規定需上級商務主管部門審批的事項；負責監督檢查外商投資企業執行有關法律法規、合同和章程的情況；牽頭組織全市外商投資企業聯合年檢；負責全市外商投資產品出口型和先進技術型企業的確認和考核；負責全市實際利用外資和合同利用外資年度計劃的制定和考核；負責全市外來投資的統計分析；負責為外商投資企業提供咨詢和跟蹤服務；按照國家和省規定的權限，負責新設立外商投資企業(含港、澳、臺企業)的審批(備案)；負責外商投資企業及其投資者的投訴和協調；負責本市涉外定點服務機構的管理和協調工作；指導長沙外商投資企業協會的相關工作。
(6)國內經濟技術合作辦公室
負責加強國內橫向經濟聯合與合作，研究全市橫向經濟聯合與合作的戰略、方針、政策並提出建議；負責編制和實施全市橫向經濟技術合作、內聯招商工作計劃；組織、指導和協調全市區域經濟合作、國內招商引資、資金、物資、技術和信息的交流與合作；加強市場開發的調查研究，組織、指導和協調全市內聯投資和以市場開發為主要內容的經貿洽談會及展覽活動；負責編制對口支援工作規劃和年度計劃，負責國內友好城市和市外對口支援的相關工作。
(7)項目辦公室
負責全市招商項目的開發、策劃和包裝，定期發布招商項目信息；負責重大商務活動承包項目的進度安排，跟蹤承包項目的履約情況；負責市級以上重大商業項目的申報和調度；負責商業項目庫的建設和維護，對重大商業項目的進度進行統計、分析、監督和協調；負責項目的考核和評估工作。
(8)對外貿易辦公室(反壟斷辦公室)
擬定全市外貿發展的中長期規劃和發展戰略，提出促進外貿發展的建議；負責協調全市進出口通關，指導和協調企業開拓國際市場；研究和推廣各種新的國際貿易方式；組織協調在市內外舉辦的各類進出口商品交易會、展銷會和交易會的工作；對全市外貿發展基金和上級撥付的外貿專項資金的使用提出管理意見；指導和協調外經貿企業的進出口商品配額、許可證、外匯和出口退稅工作；負責本市企業對外貿易經營者的登記；負責全市進出口結構優化和出口基地建設；協調和指導外貿信用體系建設，規範進出口經營秩序；負責全市進出口業務的調度和綜合統計分析；協助上級商務部門做好反壟斷立法、反壟斷調查、反壟斷裁決結果的監督執行工作，配合產業損害調查，聯系進出口商和協會。
(9)加工貿易司(機電與科技工業部)
貫徹國家承接產業轉移和發展加工貿易的方針政策，擬定全市承接產業轉移和促進加工貿易發展的規劃，提出吸引加工貿易投資的具體措施和辦法；負責審核全市各類企業的進出口加工能力；負責加工貿易項目合同；負責全市出口加工區和保稅物流中心的指導和協調工作；負責全市加工貿易進出口的統計和分析；擬訂並組織實施全市機電產品和高新技術產品進出口發展規劃和政策；負責全市機電產品和高新技術產品出口結構的優化和產業聯動機制的實施；負責全市科技促貿，加強貿易與產業聯系的實施；負責收集、篩選、匯總和上報全市機電進出口產品、高新技術產品和加工貿易的各類金融支持項目；承擔長沙市承接產業轉移和發展加工貿易領導小組辦公室的日常工作。
(10)對外經濟合作辦公室
貫徹執行國家對外經濟合作的法律、法規和政策，制定全市對外經濟合作的政策和措施；編制並組織實施全市對外經濟合作中長期規劃；指導地方企業境外投資、對外經濟合作企業取得經營資格、援外工程境外承包、派遣勞務人員培訓；負責全市境外就業職業介紹機構的資格初審、監督檢查和境外勞務服務秩序的規範管理；負責境外勞務糾紛或突發事件的應急處理；負責對外經濟合作的統計和分析；組織對外經濟合作企業向上級申報專項資金。
(11)市場運行調節辦公室
負責市場運行和商品供求的監測分析，負責市場預測、預警和信息發布；負責全市社會消費品零售總額的監測和分析；研究提出市場運行和調控的政策建議，組織協調市場運行的重大問題；負責組織實施重要生活必需品的風險儲備和市場調控；指導全市流通領域食品消費安全工作，配合有關部門完善流通領域質量安全標準和認證體系；負責肉菜商品流通的相關工作；監督管理副食品風險調節基金和業務發展基金的使用。
(12)行業指導辦公室
擬訂並組織實施全市商品流通業和商業服務業(含餐飲住宿業)的發展戰略、行業規劃和相關政策；擬訂並組織實施優化流通產業結構調整的政策；貫徹落實國家、省、市關於深化流通體制改革的政策；負責全市商業服務業的等級評定、資質認定，以及從業人員勞動技能和技術水平的培訓、考核和鑒定；推進連鎖經營、特許經營和內貿代理制，指導商品流通行業的行業管理，會同有關部門對流通領域商品的質量、計量、標準等進行監督檢查；負責對全市相關行業協會的指導和管理。
(十三)市場體系建設部
擬訂完善和規範全市市場體系和流通秩序的政策法規，協調有關打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的工作；研究提出引導境內外資金投資市場體系建設的政策；指導城市商業體系建設，推進農村市場體系建設，培育和發展農村市場；指導區、縣(市)商業網點規劃，規範城市商業設施建設；負責外商投資商業項目的審批和申報；組織制定市場體系標準，推進商品流通市場規範化建設；根據有關規定對全市拍賣、典當、租賃、舊貨流通、成品油、直銷、報廢汽車回收、舊機動車交易(含二手車)等活動進行監督管理；承擔長沙市市場建設領導小組辦公室、長沙市汽車更新報廢回收協調領導小組辦公室、長沙市成品油市場管理領導小組辦公室的日常工作。
(十四)酒類監督管理辦公室(長沙市酒類產銷管理辦公室)
負責貫徹執行國家和省有關酒類商品監督管理的法律、法規和政策；負責全市酒類生產和流通的監督管理，酒類產業結構的調整和行業規劃的制定；負責酒類批發、零售許可等相關方面的監督管理；負責全市範圍內酒類展覽和促銷活動的管理；查處無證生產、銷售、制售假冒偽劣酒類商品等違法行為；承擔長沙市酒類產銷管理領導小組辦公室的日常工作；指導長沙市酒類行業協會的相關工作。
(15)藥品流通管理辦公室
研究制定全市藥品流通行業發展規劃、政策和相關標準；配合國家基本藥物制度的實施，推動全市藥品流通行業結構調整，指導全市藥品流通企業改革，促進現代藥品流通方式發展；建立藥品流通行業統計制度和經營信息報告制度；推進行業信用體系建設，指導全市相關行業協會的工作。
(16)服務貿易辦公室(商務服務機構指導辦公室)
擬訂並組織實施全市服務貿易和服務外包產業發展規劃、政策和措施；指導和管理全市服務貿易和促進工作；負責全市服務貿易跨部門協調機制的聯絡工作；負責指導和協調服務全市的對外承包企業國際資質認證和國內外市場拓展工作；負責全市服務外包產業的統計和綜合分析；負責指導、協調和管理全市技術引進和技術及軟件產品出口工作；負責全市服務外包專項資金的申報、審核和管理；負責指導和協調全市服務外包人才的培訓工作；承擔長沙市服務外包領導小組辦公室的日常工作；指導長沙市商業服務機構(單位)和服務外包協會的相關工作。
(十七)現代物流部
負責制定促進全市現代物流業發展的相關政策；負責指導和協調全市物流企業標準化評價工作；指導和協調全市物流園區、物流配送中心和重點現代物流項目的建設；負責市重點物流項目的申報和審核；培育和建立現代物流市場體系，探索現代物流管理模式，組織物流企業間的交流與合作；負責組織物流行業的招商工作；負責組織物流管理人員的培訓，進行行業統計、行業調查和市場形勢分析；承擔長沙市現代物流業發展領導小組辦公室的日常工作；指導長沙物流協會的相關工作。
(十八)電子商務管理處
擬訂全市電子商務發展戰略、中長期發展規劃和政策；負責全市電子商務行業的統計和綜合分析；指導和服務全市商業企業和商業系統的信息化工作；負責全市網上招商、網上洽談和網上貿易指導；負責全市商務門戶網站和商務公共網站的建設和管理；負責全市商務信息平臺的管理。
(十九)人事教育司
負責局機關和直屬單位的機構編制、人事、勞動保障、教育培訓和績效考核；負責局機關及直屬單位因公出國(境)和因私出國(境)人員的備案工作；負責局直屬單位領導班子建設和後備幹部管理；協助有關部門選拔境外外經貿人員和境外機構工作人員；負責出國經貿人員的培訓。
退休人員管理服務辦公室。負責局機關離退休人員的管理和服務工作，指導直屬單位離退休人員的管理和服務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢(監察)機構按照有關規定設置。