果樹學科是安徽農業大學較早設立的傳統學科之壹。其前身是國立安徽大學農學院園藝系果樹學科，創建於1947。1952院系調整期間，專業轉入浙江大學農學院。1958年9月，我校再次成立園藝系，果樹專業成立。後來園藝系壹度撤銷並入林業部，設置為果樹專業。果樹專業在1979再次改建。1993農業部專業目錄調整，果樹專業和蔬菜專業合並為園藝專業。1996年5月，果樹學科獲得碩士研究生招生權和學位授予權，1997年開始招收碩士研究生。本學科擁有校級重點實驗室——果樹科學重點實驗室，下設分子生物學、組織培養、信息技術、生理生化四個實驗室，主要開展非常規育種、種苗脫毒與快速繁殖、信息技術在果樹科學中的應用和果樹生理生化分析。五年來，* * *承擔了26項科研項目；發表學術論文68篇，其中SCI 4篇，ISTP 1篇，國家核心期刊18篇，國家級15篇，省級25篇。美味獼猴桃新品種“萬脆”、獼猴桃潰瘍病有效防治技術、軟籽石榴系列新品種“白宇石籽”、“紅瑪瑙籽”、“紅玉籽”、早熟大果李“安農美麗”通過省級成果鑒定或品種審定；美味獼猴桃新品種“皖翠”的選育與推廣獲2004年安徽省科技進步三等獎；懷遠石榴新品種選育及配套栽培技術研究獲2006年安徽省科技進步二等獎。果樹學科建設的不斷發展，促進了果樹科研的發展，教師的教學水平有了長足的進步，培養的人才質量不斷提高。現代分子生物學技術的應用已成為果樹栽培生理研究進壹步發展的必要手段。我國對果樹栽培生理的分子生物學機制的研究還處於起步階段。本研究方向開展的研究工作如下:①研究果樹在溫度、水分、鹽度等逆境條件下的基因表達，篩選、克隆和表達抗性基因，揭示果樹抗性生理的遺傳本質，為果樹抗性預測和抗性改良提供分子生物學依據。②離子束提高果樹耐旱性、耐鹽性和堿性的生理機制研究。應用離子束改良重要經濟樹種，提高其對逆境的適應性具有重要意義。
果樹生理代謝的研究是這個方向的另壹個重要方面。今後要開展的研究內容有:①研究果實品質形成過程中控制糖、酸等化合物合成和轉化的相關酶和相應基因，從酶學和分子生物學水平上揭示果實中糖、酸的合成和轉化機理，為進壹步從基因本質上調控果實品質提供依據。②果實品質形成與質量控制的研究，特別關註壹些次生代謝產物——天然產物和具有保健功能的活性成分的形成規律和品質。天然產物、生理活性物質和功能性食品(或功能因子)是世界各國學者研究的熱點之壹。
果樹種質資源與生物技術育種
繼早熟大果形桃“安農水蜜桃”選育成功後，又培育出美味獼猴桃新品種——萬脆，軟籽石榴新品系“白玉石籽”、“紅寶石籽”、“紅瑪瑙籽”，早熟大果形李新品系“安農美麗”，這些果樹新品種在國內享有盛譽。
懷遠石榴是我省著名的優良果樹。對軟籽石榴突變體、突變體母株和普通石榴DNA進行RAPD和ISSR分析，研究其遺傳差異，構建軟籽石榴分子遺傳圖譜。研究結果將為探索石榴營養體變異機制和品種改良的分子輔助育種奠定基礎。
碭山酥梨是安徽果樹的拳頭產品，占中國梨總產量的48%，占世界梨總產量的25%左右。對碭山酥梨進行RAPD、AFLP、ISSR等分子標記研究，為梨資源的遺傳變異、品種鑒定、基因標記和進化研究提供重要信息，為合理利用和保護資源，加快梨育種進程提供依據。
果樹生物技術育種是目前的研究熱點。今後，我們將在以下領域開展系統研究:①果樹品質相關新基因的挖掘和克隆；②果樹品質相關新基因的原核表達技術；③果樹轉基因高效再生體系的建立；④果樹有價值基因遺傳轉化體系的研究。
現代分子生物學技術在果樹生理生化上的應用已成為果樹栽培生理研究進壹步發展的必要手段。我國對果樹栽培生理的分子生物學機制的研究還處於起步階段。本研究方向開展的研究工作如下:①研究果樹在溫度、水分、鹽度等逆境條件下的基因表達，篩選、克隆和表達抗性基因，揭示果樹抗性生理的遺傳本質，為果樹抗性預測和抗性改良提供分子生物學依據。②離子束提高果樹耐旱性、耐鹽性和堿性的生理機制研究。應用離子束改良重要經濟樹種，提高其對逆境的適應性具有重要意義。
果樹生理代謝的研究是這個方向的另壹個重要方面。今後要開展的研究內容有:①研究果實品質形成過程中控制糖、酸等化合物合成和轉化的相關酶和相應基因，從酶學和分子生物學水平上揭示果實中糖、酸的合成和轉化機理，為進壹步從基因本質上調控果實品質提供依據。②果實品質形成和品質控制研究，特別是重點研究壹些具有保健功能的次生代謝產物——天然產物和活性成分的形成規律和品質。天然產物、生理活性物質和功能性食品(或功能因子)是世界各國學者研究的熱點之壹。