交通、港口、安全生產監督、海洋與漁業等行政主管部門按照職責分工負責相關的海上交通安全管理工作。第四條福州市人民政府依法設立的海上搜救機構負責組織、協調和指揮海上交通事故和險情的應急救援。
海上搜救機構由海事、交通、港口、安全生產監管、海洋與漁業行政主管部門等相關單位組成，其日常工作由海事管理機構具體負責。
福州沿海縣(市、區)人民政府應當加強海上交通安全管理，建立健全海上交通安全管理責任制。第二章船舶、設施和人員第五條船舶、設施應當持有船舶檢驗機構簽發的有效檢驗證書，並依法登記。
船舶、設施應當保持持續符合檢驗技術規範的狀態，並保證適合安全航行、停泊和作業。第六條船舶、設施應當按照國家規定的人員配備要求配備船員和其他從業人員。
船員和在船舶、設施上服務的其他員工應取得相應的有效證書。
船舶、設施的所有人或者經營人不得雇用無有效證件的船員和其他從業人員。第七條船舶、設施的所有人或者經營人對船舶、設施的交通安全負責，應當建立健全相應的交通安全管理制度，合理調度船舶或者使用設施，不得指使或者強令船員違章作業。第八條禁止無船名、船號、船舶證書和船籍港的船舶以及國家強制報廢的船舶在海上航行和作業。
禁止偽造、塗改、冒用、買賣或者出租船舶、設施和船員的合法證書。第三章航行、停泊和作業第九條船舶應當在批準的航區內航行，並遵守海事管理機構頒布的航行規則。第十條海事管理機構應當根據海上交通安全管理的需要，在福州海域劃定並公布船舶申報區域，制定船舶申報管理規定。進出船舶報告區的船舶應當向海事管理機構報告，海事管理機構接到報告後應當及時通知港口行政管理部門。
船舶進出港口，應當遵守船舶簽證管理的有關規定，並向海事管理機構申請簽證。
海事管理機構應當根據福州海域的交通狀況，及時發布相關航行安全信息。第十壹條下列船舶進出港口、在港內航行、移動泊位(沿岸兩個泊位間平行移動除外)或者停靠碼頭時，應當向引航機構申請引航:
(壹)外國籍船舶；
(二)法律、行政法規規定應當申請引航的中國船舶；
(三)海事管理機構會同港口行政管理部門辦理上級機關批準的中國船舶引航申請。
前款規定以外的船舶可以根據需要申請引航。第十二條引航機構應當按照有關規定安排引航員。
引航員應當持有有效的引航員適任證書，按照引航員等級的規定引導船舶，遵守航行管理規定，服從安全監督管理。引航員引領船舶時，應當在指定地點登離被引導船舶。遇有大浪等特殊情況需要變更上下船地點的，應當事先向海事管理機構報告。第十三條船舶應當保持足夠的豐水深度。
空船在港口水域航行時，應進行壓載，以保證船舶的操縱性。第十四條船舶裝載貨物和集裝箱，應當符合國家規定的積載、系固、穩性和載重線要求，不得超載或者超速。
禁止船舶未經批準載客，禁止客船超定額載客。第十五條船舶進出港口時，應當盡可能靠航道右側行駛，並在不危及自身安全的情況下使用安全航速。
穿越航道的船舶不得妨礙在航道航行的船舶通行，不得搶奪其他船舶的船首。穿越時，應盡可能與主航道成直角。
船舶靠近渡口、渡船航線時，應當采取鳴喇叭、減速等有效避讓措施。第十六條船舶通過狹窄水道和特殊水域時，應當遵守海事管理機構關於避讓和限速的規定，服從海事管理機構的指揮。
船舶在大馬角以下閩江航道航行時，如果是同噸位級，逆流航行的船舶應避讓順流船舶；3000總噸以上船舶航行時，3000總噸以下船舶應當及時讓出深水航道。
船舶在進出港口前，應發出長時間的警報聲，並在通過符登馬祖音和中沙符登之間的航道前，用甚高頻無線電話保持聯系。通過馬祖音符登至中沙符登之間的航道時，同噸位等級的輕型船應當讓重型船通過。船舶通過金門時，五千總噸以上船舶不得相遇，五千總噸以下船舶不得妨礙五千總噸以上船舶的航行。
3000總噸以上的船舶，在馬祖銀燈浮與中沙符登之間的航段和天安門東高寨(南移)燈柱與青州大橋之間的航段，不得超車或並排航行。1000總噸以上的船舶不得在齊奎碼頭至鰲峰大橋之間的航段超車或並排航行。