1.建設時間和規模不同:杭州地鐵2012開工建設。截至2023年8月，已開通17條地鐵線路，總裏程509公裏，成為中國第四長的地鐵系統。北京地鐵於2004年開始建設。截至2023年8月，已開通28條地鐵線路，總裏程達726公裏，成為中國最長的地鐵系統。
2.運營模式不同:杭州地鐵采用PPP模式，即政府和社會資本合作建設運營；北京地鐵采用BOT模式，即政府向企業出售特許經營權進行建設和運營。