啟東法院現設有立案庭、刑事庭、少年庭、民事壹庭、行政庭、民事二庭、知識產權庭、執行局、審判監督庭、辦公室、研究室、政治部、監察部、鑒定部、行政裝備部、司法警察大隊等16個部門，管轄開發區、濱海園區、呂四、九龍、和合。