1，級別不同:滇中海關行政級別為正處級。昆明海關是直屬海關總署的局級機構，實行垂直領導體制。
2.職能範圍不同:雲南中心海關主要承擔昆明、楚雄出口申報前的檢驗檢疫監管，以及昆明海關授權的關區審核專項工作；受昆明海關委托，承擔關區內各職能處室承擔的行政審批事項的統壹受理和發證工作。昆明海關依法對進出境運輸工具、貨物、物品的進出境活動進行行政管理。還管理著總局昆明教育訓練基地和瑞麗緝毒犬基地。