上海大數據中心內設八個機構，包括:辦公室(黨委辦公室)、政策法規部、數據資源部、技術開發部(數據安全部)、應用開發部、運維服務部、基礎設施部、門戶管理部。
主要職能是貫徹國家大數據發展方針政策，做好本市大數據發展戰略、地方性法規、規章草案和政策建議的基礎研究工作。