1.業務不同:南京市公證處負責提供南京市範圍內的公證服務；建鄴公證處負責行使國家認證權，證明法律行為、法律事實和具有法律意義的文書的真實性、合法性。
2.服務內容不同:南京公證處的服務內容包括公證書、公證登記、公證書、公證查詢等。建業公證處的服務包括現場監管、存管、賦予債權文書強制執行效力等。