事業單位填寫《雲南省高層次人才直接聘用申報表》，按程序上報主管部門。

事業單位填報《雲南省高層次人才直接聘用申報表》並按程序上報主管部門是人力資源和社會保障部門。根據查詢的相關信息，經公示無異議的高層次人才擬由事業單位直接聘用人選，由事業單位填寫《雲南省高層次人才直接聘用申請表》，按程序上報主管部門和政府人力資源社會保障部門。